在煤炭價格方麵，雖然自1992年就已經放開，但這是一種不同於其他商品的放開，煤電價格實行的是“計劃煤”（電力用煤）與“市場煤”的雙軌價格體係。“計劃煤”也就是電力用煤占煤炭總產量的60%；其餘40%的煤炭價格則趨於市場化。用計劃煤發的電利潤很高；用市場煤發的電，利潤很低。中國的電力行業憑借其壟斷地位，一直使用政策性的低價煤。
計劃煤的超低價格，使得煤礦行業長期在微利與虧損的邊緣徘徊。同時電力行業憑借超低成本價和非市場化的終端電價，始終保持相當高的利潤率。自1992年放開煤炭價格後的11年裏，絕大部分時間段是市場煤價高於重點煤炭合同價，這期間電力部門與煤炭企業以國家重點電煤合同形式簽訂的煤炭供應量為20億噸，由於這20億噸煤是煤炭企業以低於市場煤炭的價格銷售，僅此一項，11年中煤炭企業實際少收入約328億元。由於兩種價格的同時存在，人為地扭曲了煤炭價格，使煤炭行業的利潤水平長期低於社會平均水平。同時也把中國電力行業推到居高的地位，民間總是戲稱電力行業就是“電老虎”。
在2000年的時候，隨著中國市場經濟體係的逐步完善，政府順應形勢把煤炭定價權由過去的政府主導價格改為由政府協調下的企業協商。但是由於中國電力正處在改革的敏感時期，為保證電力改革的平穩過渡，政府實際上仍對煤價實行指導。在這樣的半市場化煤炭定價機製下，煤炭交易主要仍是采取通過全國煤炭訂貨交易會的形式，組織宏觀調控。煤炭訂貨會作為計劃經濟的產物，與市場經濟發展程度明顯脫鉤，不僅交易方式落後，而且成本高、效率低，已不利於建立統一開放的市場體係，弱化了市場配置資源的有效性。前幾年由於國際煤價的上揚及國內通貨膨脹的影響，煤炭價格出現了大幅度上漲，這種在雙軌機製下的煤炭價格上漲導致了煤炭企業的無序競爭。還攪亂了煤、電、運的生產運行格局，由於政府部門在煤電價格之爭中的協調乏力，導致了所謂的“電荒”和“煤荒”。煤、電兩大行業之間存在的矛盾，從表麵上看，是電煤價格相差太大，而實質上反映出的是行業間改革的不同步、市場準入的行政性限製等突出問題。
煤炭產業是電力產業的上遊產業，煤炭市場化的健康協調發展，是電力產業發展的必要前提。但是，在煤炭企業已經走向市場，產品價格和分配由市場競爭決定，而電力行業在很大程度上仍然是計劃和政策的載體的情況下，這種市場煤、計劃電的結果隻能是讓市場價格機製常常失衡。
為了協調煤電價格，國家發改委出台了《關於建立煤電價格聯動機製的意見》，決定建立煤電價格聯動機製。就煤電聯動的方案設計分析，煤電價格聯動措施隻在一定程度上緩解了發電企業成本上升的壓力，而沒有完全考慮相關行業的利益平衡問題。
實際上，煤電聯動導致了電力行業計劃經營的鞏固和加強。當電煤指導價和市場煤價相差太大而出現電煤供應的價格政策性短缺時，同時由於油價上漲、熱價較低以及各地陸續開始收取的水資源費和環保排汙費等，發電企業的生產成本就會加大，成本的迅速上升導致企業經營效益的普遍下滑，甚至虧損，電力企業特別是火力發電企業的生產經營效益整體情況仍然會不容樂觀。
亞洲開發銀行專家林伯強分析煤電價格並軌時認為，從短期來看，並軌之後電價會上漲，但是從中期來看，也許電價反而會下來。因為，煤電價格真正並軌，對電價的影響從中期來看可能是中性的，不會導致宏觀經濟的大起大落。理順煤電價格，可以減少缺煤的預期，中間環節的費用可以降下來，這會消化部分漲價因素。
國家在堅持放開煤價的基礎上，對電力價格實行競價上網，建立市場化的煤電價格聯動機製，無疑是正確的。但是，煤電價格真要聯動，就應該一次性到位，實現煤電價格並軌，由市場來調節。
同時對電力行業內部進行一次徹底的改革是必須的。因為電力企業消化煤炭漲價成本，除內部加強管理、降低消耗外，需要外部環境的配套改革，這包括建立市場化的電價機製，以及電力行業與煤炭行業改革的同步進行。以電力行業而言，引入市場化競爭機製尤為重要。以“競價上網”為主的電價改革已經起步，隻有在終端電價上引入競爭，才能使發電集團之間以聯盟關係為主轉向以市場競爭關係為主。
政府已經著手對電價進行改革。國務院發布《電價改革方案》，電價改革的基本思路是在穩步推進電力體製及電力市場改革的基礎上，建立清晰的、分環節的電價體係和相應的電價形成機製。同時建立規範、透明和高效的電價監管製度。