（一）非公企業黨建科學化的基本原則。從世界馬克思主義政黨發展情況來看，從中國共產黨的群眾基礎和執政基礎來看，從中國特色社會主義初級階段基本經濟製度和非公有製經濟發展狀況來看，非公企業黨建科學化應該遵循以下幾個基本原則。
堅持政治核心地位原則。《黨章》中明確規定，“中國共產黨是中國工人階級的先鋒隊，同時也是中國人民和中華民族的先鋒隊，是中國特色社會主義事業的領導核心”。同時《中華人民共和國憲法》中也明確規定，“中華人民共和國是工人階級領導的、以工農聯盟為基礎的人民民主專政的社會主義國家”。黨和國家的兩個根本大法均規定工人階級政黨中國共產黨是我國的領導核心，這就為非公企業中的黨在企業中確立政治核心地位提供了法理性依據。黨的建設一定不能脫離這個原則，非公企業中的黨要“宣傳貫徹黨的路線方針政策，維護職工群眾合法權益，積極推進企業先進文化建設，還要通過企業黨組織和黨員創先爭優推動企業發展”[1]，以此來保證黨在企業中的政治核心作用的發揮。
堅持夯實黨的執政基礎的原則。“基礎不牢，地動山搖”，黨的執政基礎的牢固與否關係著共產黨的執政地位是否牢固、關係著中國特色社會主義事業能否取得成功。非公企業中黨的建設速度遠低於非公有製企業發展速度，非公企業黨組織的戰鬥堡壘作用未得到充分地發揮，非公企業黨組織教育、培訓、發展黨員的情況遠差於國有企業、高校、機關、各事業單位的情況。非公企業黨建科學化務必堅持夯實黨的執政基礎為原則，離開這個原則的指導勢必會弱化黨的執政基礎，削弱黨的領導核心地位，黨的建設更稱不上科學化了。
堅持服務企業科學發展原則。非公企業黨的建設必須遵循現代企業發展的自身規律，這是非公企業黨建的前提，是黨組織存在的物質載體。非公企業首先要遵循其自身發展規律使其發展壯大，能夠創造價值同時也能為我國經濟社會發展做出貢獻。所以，非公企業黨建能否為非公企業的健康發展提供服務，保證非公企業生產經營順利進行，促進非公企業內部關係和諧、外部環境寬鬆，這是非公企業黨組織能否發揮政治核心作用的關鍵，也是非公企業黨建科學化的題中之義。服務企業科學發展，首先要使非公企業主理解、接納、支持黨建工作，找準企業發展與黨建的結合點，促使黨建與企業之間的關係正常化、製度化、合理化。其次非公企業的黨建工作確實能夠為企業的科學發展服務，例如，參與企業決策、參與企業管理，為企業科學發展獻言獻策，為企業發展培養優秀人才，開展“創先爭優”活動和設置“黨員示範崗”“黨員責任區”等亮出黨員政治身份的方式發揮黨員的模範帶頭作用，利用黨組織的文化優勢引領企業文化建設，利用黨的政治資源為企業發展創造良好的外部環境，等等。
堅持引導非公企業承擔社會責任原則。非公企業的本質是盈利型的經濟組織，企業盈利是首要目標，它本沒有參與社會建設、承擔社會責任的法定義務。但是，非公企業是社會組成中的一個重要部分，企業的外部發展環境直接受社會建設情況的影響，非公企業的自身發展與社會建設之間應該是相互促進、相互影響的，它們之間存在著共同利益。所以，通過非公企業黨建工作教育引導企業主動承擔社會責任是必要的也是可能的。
（二）非公企業黨建科學化的衡量標準。科學具有三大特征，其中一大特征就是“驗證性：科學研究的結論必須是可驗證的”[2]P19，即在相同條件下，會得出相同的結果或者重複相同的現象。那麼非公企業黨建科學化也是可以驗證的，這種驗證就必須有衡量標準。
設置非公企業黨建科學化的衡量標準必須遵循三個準則。第一，要有利於非公企業黨建工作的順利開展，即按照《黨章》的基本要求和根據非公企業發展的實際，形成合理的領導體製、健全的運行機製和完善的工作製度。第二，要有利於非公企業科學發展。通過非公企業黨建能夠保障科學發展觀在企業中貫徹實施，能夠提高企業內部的運行效率，能夠優化企業外部的發展環境。第三，有利於黨的建設新的偉大工程的實現。非公企業黨建是黨的建設新的偉大工程的一部分，必須服從黨的建設新的偉大工程的總體目標要求來開展非公企業黨建工作。