獲準傳教以來，囿於中西方文化差異，保守的士大夫始終對洋教心懷芥蒂。利瑪竇時代的傳教士本著海納百川的進取之心，積極學習並接受中華傳統禮教。然而在他之後，受羅馬教廷影響，來華傳教士急於將中國信徒改造為徹底的基督徒，以維護基督教的純潔。傳教士嚴厲斥責尊儒崇佛思想，罔顧親情倫理，嚴禁教民參與尊孔、拜佛、祭祖等活動，激起了士紳與官僚的強烈抵製。1616年，南京禮部侍郎沈灌連續3次上疏萬曆皇帝，曆數傳教士以夷變夏、僭越儒禮、褻瀆先祖的行為。迫於輿論壓力，明廷決心禁教。大批傳教士被驅逐至澳門，公開的傳教活動被勒令取締。崇禎末年，因欽天監官員無法測算日蝕、月蝕，遂不得已求助西洋傳教士。當時，隨金尼閣一同來華的有5名傳教士，尤以湯若望和鄧玉函精通曆法。1629年，鄧玉函經人舉薦，在京開設曆局，著手編纂《崇禎曆書》；他還將西方講授人體結構與生理學知識的《人身說概》及介紹力學和機械學知識的《奇器圖說》介紹到中國。翌年，鄧玉函辭世，湯若望接替他的工作，5年後《崇禎曆書》終於完成，這部曆書堪稱是對中國天文學較為科學化的一次革新。
清初的傳教活動
《崇禎曆書》問世後10年，清朝取代明朝得天下。依照封建王朝的傳統，新的統治者需樹立正統地位暗合天理，製定新曆法成為當務之急，即“頒正塑，以告天下”。湯若望因具備天文知識及製定曆法的經驗，被清王朝當政者所倚重。1644年，湯若望將舊時的《崇禎曆書》刪編成《時憲曆》呈給攝政王多爾袞，當即獲得認可，並被欽命為欽天監監正。新朝鼎立，傳教士頗受清王朝當政者恩寵。然而好景不長，康熙皇帝即位後，權宦鼇拜執掌朝綱，鼇拜抗拒西學，公然反對傳教士活動，最終釀成“康熙教案”，也稱“康熙曆獄”。
1664年，前明舊臣楊光先誣告湯若望、南懷仁等傳教士意圖謀反，荒謬提出“寧可使中夏無好曆法，不可使中夏有西洋人”。1665年，在鼇拜的暗中支持下，楊光先上疏準以廷議，結果判處湯若望淩遲，南懷仁流放，欽天監中與傳教士合作的中國人李祖白等亦判問斬，史稱“康熙教案”。在孝莊皇太後的積極斡旋下，湯若望、南懷仁等人才免遭一難。“康熙教案”後，楊光先被清廷任命為欽天監副監，但楊光先對曆法一竅不通，於是再三請辭。然而，清政府非但沒有責備他，反而擢升他為欽天監監正，楊光先無奈上任。1668年康熙皇帝親政，鼇拜亂黨傾覆。康熙皇帝洞察楊光先確實無法勝任曆法推算之職，遂複用南懷仁。南懷仁以事實佐證西洋曆法的準確度，於次年曆法推算競賽中戰勝楊光先、吳明烜的“回回曆”。
1669年，鼇拜勢力被徹底鏟除，湯若望平反昭雪，外國傳教士的傳教活動一度複燃。比利時傳教士柏應理編纂有《中國賢哲孔子》一書，此書涵蓋《大學》《中庸》《論語》等經典，主要向西方介紹中華儒學，讓西方人深入了解孔子在中國的崇高地位及生平事跡，書中盛讚孔子為“道德及政治哲學上的最博學的大師和先知”。法國馬若瑟神父將元曲《趙氏孤兒》譯成法語在歐洲廣為流布，給西方文人展示了中華文明的道德精髓，激發了他們的創作靈感。啟蒙運動發起者伏爾泰以此為藍本，編撰了流傳於世的《中國孤兒》。這部宣揚中國傳統道德和文化的作品轟動了法國劇壇，隨後英國、意大利等國陸續上演類似劇作。可以說，一部《趙氏孤兒》的譯本已然成為中西文化交流的先行者。法國巴多明神父在華期間細致研讀李時珍所撰《本草綱目》，返抵歐洲後，他在給法國科學院的報告中周詳介紹了大黃、冬蟲夏草、三七、阿膠等中草藥的藥性及用法。
傳教士與清廷的密切交往未能挽回在華傳教士慘遭驅逐的厄運。羅馬教廷再度迫不及待地禁絕信徒參與敬天、祭祖、祀孔等活動，摒棄了利瑪竇遵行的“合儒”“補儒”“超儒”的傳教方針，這種泯滅中華文化根基的做法引起了康熙皇帝與權臣們的不滿。1717年，康熙皇帝敕令隻有授予信票的傳教士方能駐蹕中國，但禁止一切傳教活動。後來，部分傳教士卷入康熙末年的奪位之爭。雍正皇帝即位後，出於對部分傳教士在奪位之爭中支持其他皇子的不滿，便對傳教士大肆韃伐，勒令教徒棄教，剪滅了基督教的在華勢力。此後，除在天文曆法和繪畫領域有些許傳教士外，其他中西文化交流一概禁絕。而此時的歐洲正醞釀著史無前例的社會革命，中國卻與世界文明革新時代失之交臂，以致東西方裂隙越來越深。（未完待續）