2006年美國舊金山加州大學的瑪麗·克勞蓋恩對2000名通過人工授精產下試管嬰兒的女性和2000名自然懷孕分娩的女性進行了跟蹤對比調查。結果發現，通過人工授精懷孕後的女性出現更多的並發症，如早產、驚厥、難產和剖腹產。她們所生子女的體重也比自然孕育出生的嬰兒輕20%以上。
2006年7月，英國倫敦一家醫院的醫護人員報道稱，自閉症在一般人群中的發病率是0.39%，而在試管嬰兒中患病的風險高達1.56%，是普通人的4倍。同時，試管嬰兒患白血病和腦腫瘤的幾率也高得多，影響聽覺和視覺的疾病更是比普通人高出2倍。
芬蘭研究人員賴婭·克萊米蒂對人工授精生產的4559例嬰兒與19萬名自然孕育的嬰兒做對照研究發現，人工授精所產嬰兒的健康狀況較差，4歲前患精神疾病的比例均高於正常兒童。
2008年美國疾病控製預防中心的流行病專家傑裏塔·裏夫惠斯等人在11月份的美國《人類生殖》期刊上發表文章稱，試管嬰兒存在先天缺陷的可能性是普通嬰兒的2到4倍。例如，試管嬰兒發生先天心髒缺陷的可能性是正常嬰兒的2到3倍，發生天生唇裂的風險是普通嬰兒的2倍，發生先天腸胃缺陷的風險是普通嬰兒的4倍。
2010年7月美國《兒科學》雜誌發表的瑞典一項大規模研究結果顯示，試管嬰兒早期罹患癌症的危險比正常兒童高42%。瑞典隆德大學的本格特卡倫等人分析了26000多名試管嬰兒的資料，並與其癌症診斷記錄進行對比研究。結果發現，53個孩子（從很小年齡到19歲）罹患癌症，比預期的38例癌症多出15例。這些癌症包括，白血病、眼睛和神經係統腫瘤、實體腫瘤和6例朗格漢斯組織細胞增多症（LCH）。即使排除良性腫瘤的可能，試管嬰兒的癌症發病率也仍然高出自然孕育嬰兒34%。另外，在這53名癌症患兒中，有7人同時還存在其他與癌症關係密切的健康問題，如先天畸形和唐氏綜合征等。
2012年澳大利亞阿德萊德大學一項涵蓋了30萬名嬰兒的研究顯示，ICSI技術可能導致出生缺陷的風險加倍。通過ICSI技術產下的嬰兒中有1/10出現了某種形式的異常。不過，研究人員並不能確定是ICSI技術所導致，還是精子本身的質量導致了這些缺陷。
以上這些研究都表明，試管嬰兒似乎比自然孕育的孩子具有患更多疾病的高風險。事實真的是如此嗎？從試管嬰兒和自然孕育的孩子患癌症和自閉症的患病率比較可以獲得一些答案。
試管嬰兒患癌風險未必高
對於試管嬰兒是否更具患癌風險的問題，瑞典隆德大學的本格特卡倫也承認，試管嬰兒患癌危險性高可能與人工授精過程本身無關，更可能跟不孕女性有關，即與不孕不育本身有關，或是由早產、嬰兒低出生體重等出生並發症造成的。
英國的科學家調查了1992年至2008年間利用試管嬰兒技術出生的10萬多名英國兒童，並與英國全國兒童腫瘤數據庫中的數據進行比較，結果發現，試管嬰兒罹患白血病、神經母細胞瘤、視網膜母細胞瘤、中樞神經係統腫瘤、腎或生殖細胞腫瘤等常見兒童癌症的風險，與自然孕育的兒童相比沒有不同。
不過，研究人員確實發現試管嬰兒罹患肝母細胞瘤與橫紋肌肉瘤的風險略有增高。然而，這兩種腫瘤是比較罕見的兒童腫瘤，如果以絕對風險來看，試管嬰兒患這兩種腫瘤的幾率仍然很小。例如，每100萬名試管嬰兒中可能隻有6人會患肝母細胞瘤。研究人員同時承認，他們並不清楚試管嬰兒患這兩種腫瘤略微增加的風險到底是因試管嬰兒技術，或低出生體重、父母不孕等因素導致的，還是幾率問題。
顯然，薩特克利夫等人的研究針對的是2010年瑞典隆德大學的本格特卡倫等人的研究。但是，後者的研究樣本隻有26000多名試管嬰兒，而薩特克利夫等人的研究樣本有10萬多名兒童。從樣本數量來看，薩特克利夫等人的研究是本格特卡倫等人的研究的4倍，因此結論更可信。
而且，一些研究還發現，與自然孕育的嬰兒相比，試管嬰兒在3歲之後患癌症的危險會呈下降趨勢。所以，薩特克利夫等人表示，未來5年他們還將繼續跟蹤這些孩子，看看孩子長大一點後患癌的幾率是增高還是減少，因而會使研究更有說服力。
試管嬰兒患自閉症的風險略有增高
試管嬰兒易患自閉症主要與第二代試管嬰兒技術——卵子胞漿內單精子注射技術（ICSI）有關，而且英國人類生育與胚胎學管理局的負責人麗莎·雅丹最近指出，ICSI技術使用得太過頻繁，使得通過該技術出生的男嬰很可能會具有較低的精子數量。
現在，人們喜歡選擇ICSI技術的原因是，它在操作和程序上較為簡易，而且它比標準的試管嬰兒技術成功率更高。在英國，不育夫婦中有半數選擇了該技術，在北美和歐洲這一比例則高達90%到95%。但是，如此大範圍地使用該技術卻令人擔憂。