這種擔心確實是有理由的。倫敦國王學院倫敦精神病學研究所的斯文·山丁等人發表在2013年7月3日的《美國醫學會雜誌》上的一篇論文指出，ICSI技術與兒童智力障礙和自閉症風險增加有關。在這項研究中，研究人員分析了從1982年至2007年超過250萬孩子的出生記錄，並隨訪這些孩子是否被臨床診斷為自閉症或智障，該隨訪持續到2009年。在這250多萬兒童中有1.2%（30959）人是通過IVF技術出生的；在6959名診斷為自閉症的兒童中，有103人通過IVF技術出生；在15830個診斷為智障的兒童中，有180人通過IVF技術出生。
不過，山丁在解釋他們的研究結果時稱，把多個IVF治療聯合到一起觀察時，並未發現自閉症整體風險增加，但是智障風險小幅增加。當把不同的IVF治療分開觀察時，發現傳統的IVF是安全的，但是當涉及到ICSI時，兒童智障和自閉症風險都增加了。
是什麼原因導致了ICSI技術產生的後代增加了智障和自閉症風險呢？山丁表示，在他們的這項研究範圍內，不可能確定ICSI技術產生的後代智障和自閉症風險增加的確切機製。而英國人類生育與胚胎學管理局的雅丹也表示尚不能確認ICSI技術產生的男嬰在成年後產生生殖問題的原因。在雅丹的研究中，受治者全部都是因為男性不育症而選擇ICSI技術。從遺傳的角度來說，孩子的父親在生育上有障礙，那麼孩子也有可能隻是因為遺傳而導致未來生育能力有別於正常人，而不是因為ICSI技術的原因。研究人員或許在今後進行深入研究才能解開其中的奧秘。
但是，雅丹的研究情況或許能提供一些線索，也許人類還真的並不了解自然生殖的規律和奧秘。因為，既然是男性不育而采用ICSI技術，那麼醫生是很容易采用精細的玻璃針獲取一個精子並將其直接注射到卵細胞中。這個過程就是對自然生殖過程的模仿，但卻是一種改進，甚至是一種革命，因為這一技術妨礙了精子的競爭。
在自然生殖中，成千上萬的精子需要競爭才有一兩個優秀的精子衝破艱難險阻與卵子結合，從而受精成功並孕育為胎兒。所以，每位經過自然生殖過程誕生的生命至少其父本的精子來源都是千萬中挑一的佼佼者，這樣的生命是通過了自然選擇和競爭的優秀者，所以強健、優秀和出類拔萃。
然而，ICSI技術隻是隨機選取了一個精子與卵子結合，顯然違背了自然狀態下的“競爭上崗”的原則。由於沒有競爭，也不是自然狀態下優選的，形成胚胎並成長起來後出現問題也並不奇怪。
3P嬰兒也有風險
從上述研究結果來看，第一代試管嬰兒的風險不大，但是，第二代試管嬰兒（ICSI孕育的後代）風險較大。最近，一項新的研究又指出，第四代試管嬰兒（3P嬰兒）也麵臨較大的風險。
3P嬰兒的原理是，用捐贈者卵子中健康的線粒體來替換母體有缺陷的線粒體，因此這樣的試管嬰兒擁有兩位母親的遺傳物質，一是線粒體DNA，另一是細胞核DNA，但以後者為主，所以嬰兒將獲得來自母親、父親和第二位母親（女性）線粒體的遺傳信息。不過，這也意味著線粒體DNA與來自雙親的細胞核DNA或許會出現不匹配的問題，兩者之間存在相互作用。
英國謝菲爾德大學的克勞斯·賴因哈特等人稱，英國在線粒體置換（3P嬰兒）領域處於世界領先地位，但是DNA的混合有可能帶來危害嚴重的副作用。他們對果蠅的研究表明，細胞核和線粒體遺傳信息的不匹配可能對後代的生育、學習和行為產生影響。盡管這隻是對動物的研究，但賴因哈特指出，在此之前把用正常線粒體取代缺陷線粒體以孕育後代的方式比喻為更換攝像機的電池有點過於簡單化。
但是，英國人類授精與胚胎管理局受命對線粒體置換技術的安全性進行評估的專家小組卻認為，線粒體DNA與細胞核DNA出現不匹配的風險是微不足道的。該小組的羅賓·巴傑教授認為，人類擁有多種線粒體DNA和細胞核DNA，因此任何不匹配的影響都將是表麵上的。正在研究線粒體置換療法的英國紐卡斯爾大學的道·特恩布爾教授也認為，雖然在線粒體DNA和細胞核DNA的不匹配是一種潛在風險，但是它的風險程度並不像賴因哈特等人描述的那樣。
不過，研究人員認為，應當進一步對3P嬰兒進行安全檢測，而且長期追蹤調查也是非常重要的。麵對想要利用這項技術孕育後代的不孕不育夫婦，也需要讓他們認真考慮其所麵臨的潛在風險和好處。