倪捷和他的同盟軍訴訟效果並不如意，雖然倪捷對這個結果早有心理準備，但有關部門提供的調查報告還是讓他心寒。此事引起了全國媒體的普遍關注和同情。據統計，共有53家媒體、數百篇報道為電動自行車這一“悲情行業”抱不平。此時，倪捷已經進一步確信，為了電動自行車產業的明天，必須依靠公共力量。
2005年12月初，海南省舉行《海南省電動自行車登記管理規定》立法聽證會。在網上看到這一消息之後，倪捷立即發函報名並成為參會代表。
隨後，他飛赴海南，以一名業內人士的身份將當地政府的封殺理由悉數批駁。
針對北京的情況，倪捷提筆寫了一篇《電動自行車可封殺不可罵殺》的萬言文章，還向當時的北京市主要領導寫了一封兩萬多字的長信陳情。盡管北京方麵並未就此事作出直接回應，但是2005年12月31日，北京市政府宣布，電動自行車“開禁”——也就是說，在封殺政策即將完全生效的最後一刻，北京市政府宣布放棄該決定。
北京“開禁”後，各地政府管理部門對電動自行車的管製也逐漸鬆動。
但是，自2004年開始，標準之爭又成了倪捷為電動自行車發展奮力抗爭的新主題。不同於以往的是，這次吵架的對象不再是各種地方勢力，而是中國自行車協會（以下簡稱“中自協”）。爭吵緣於“標準之爭”，即一份名為《電動自行車通用技術條件》的標準。
現行的電動自行車國家強製性標準製定於1999年，隨著電動自行車產業的飛速發展，標準中的許多規定已經滯後。現行標準對電動自行車的要求是：重量不超過40千克，寬度不超過220毫米，最高時速不高於20千米。但是，目前市場上銷售的產品相當部分超過了標準，都屬於超標產品。
為了適應行業的發展，中自協啟動了標準的修訂工作。
但就是在修訂工作中，業內產生了嚴重分歧，分為以倪捷為代表“輕摩托化”和以王鳳和為代表的“反對摩托化”兩派。“輕摩托化”認為電動自行車應當向輕摩托化發展；“反對摩托化”則認為電動自行車是自行車的衍生品不能向摩托化方向發展。為此，雙方圍繞電動自行車的重量、寬度等問題進行了激烈的爭論。當時有消息稱，新的電動自行車國家強製標準即將於近期被批準公布。新標準增加了否決項，高達32項，這意味著任何一輛電動自行車隻要達不到32項中的任何一項，都將被視為不合格。
得知消息後，倪捷立即出麵牽頭，組織了110多家電動自行車企業，聯名向國家標準化管理委員會提出書麵申請，質疑由中自協提出的新的電動自行車國家強製性標準（以下簡稱“新國標”），並要求暫緩公布。他們的請求得到了國家標準化委員會的支持，新國標的報批稿被退回給了中自協，並被要求重新組織起草工作。2004年6月，以倪捷為代表的眾多企業和自行車協會就“新國標”的分歧進行了研討，但雙方未達成一致。後來，中國輕工業聯合會召開會議解調此事，但因為倪捷的再次帶頭反對，調解未果。
2005年11月27日，中央電視台的“實話實說”欄目製作了一期題為《誰來決定電動自行車的命運》的節目，倪捷作為特邀嘉賓出席，圍繞著電動自行車的標準問題，發表個人見解。
標準之爭盡管至今仍未有明確的勝負輸贏，但倪捷卻步步為營逐漸占據上風。2006年5月至7月，《財經時報》、《中國經濟周刊》、《中國青年報》、《中國經濟時報》、《南風窗》等國內媒體陸續發表《電動自行車標準誰說了算》、《電動自行車標準之爭》、《電動自行車撞上標準藩籬》、《電動自行車的戰爭》等文章，新浪、網易、搜狐等各大門戶網站相繼轉載，引發全國範圍內關於電動自行車標準的大討論。2006年5月4日，綠源董事長倪捷接受《南方周末》專訪，就如何利用公共討論建立誠信、陽光、公正的市場經濟秩序發表《公共討論是市場經濟的清道夫》的觀點。2008年2月，倪捷領銜撰寫《兩輪電動自行車交通安全研究報告》，“用數據說話”，從理論上為電動自行車的發展提供了支持基礎。