國家實施差別化產業政策，優先在內蒙古布局建設具有比較優勢的煤炭、電力、煤化工、有色金屬生產加工等產業，支持呼倫貝爾、錫林郭勒和鄂爾多斯等重點煤電基地建設。對富鋁煤、富鍺煤、焦煤和無煙煤等資源實行保護性開發。
要求自治區強化資源開發的環境監管力度，嚴格礦業權審批權限，建立健全資源型企業可持續發展準備金、礦山地質環境治理恢複保證金和生態恢複保證金製度，優化興安、赤峰、錫林郭勒等地區的水煤資源配置，有序發展煤電、煤化工、有色金屬加工、裝備製造、農畜產品深加工等產業，全麵推進采空區、沉陷區治理、植被恢複和尾礦庫安全閉庫，支持礦區棚戶區改造和轉產轉業人員安置，加強危險廢物全過程規範化管理。
四、加大沙地沙漠和水土流失治理力度
近年來，自治區荒漠化及沙化加劇的勢頭稍有緩減，水土流失治理也開始受到重視。據監測，2004年我區荒漠化土地比1999年減少了2400萬畝，2004年至2009年自治區沙化土地減少了1253平方公裏。截至2010年底，全區累計治理水土流失麵積11.02萬平方公裏，已有的水土保持措施每年可保持土壤11萬噸左右。但是，相對於自治區龐大的沙地沙漠和水土流失麵積，以往的治理成效可謂杯水車薪，進一步加大沙地沙漠和水土流失的治理刻不容緩。
為此《意見》中提出，要加強沙地沙漠綜合治理，在京津風沙源治理工程建設中繼續把內蒙古作為重點。2000年國家啟動了京津風沙源治理工程，該工程在內蒙古涉及4個盟市36個旗縣，以牧區及半農半牧區為主，工程實施以來，通過圍欄封育、飛播牧草和人工草地、青貯窖的建設，以及禁牧舍飼料糧的補充，提高了項目區飼草料的保障程度和抵禦風險的能力。進一步加大京津風沙源治理工程的建設力度，對內蒙古沙地沙漠綜合治理的意義重大。
《意見》中專門安排了新的沙地沙漠治理工程，如啟動重點地區防沙治沙專項治理工程和沙化土地封禁保護區建設，推廣實用技術和模式，鼓勵發展沙產業；實施阿拉善生態綠洲保護與治理工程。《意見》中強調要加大水土保持重點工程建設規劃實施力度，啟動黃土高原綜合治理工程，以多沙粗沙區為重點，實施黃河沿岸十大“孔兌”綜合治理；加強江河源頭地區水土保持和嫩江、遼河流域黑土區及中小河流水土流失治理，提高水土流失監測能力。
五、堅持可持續發展，減輕生態壓力，促進生物多樣性保護
內蒙古位於京、津的上風、上遊區域，是我國東北地區重要的地表水源頭區，是抑製大氣汙染和風沙的天然屏障，是緩解酸雨的重要廊帶，是黃河中上遊水侵強烈區與調汛區，是重要的生態碳彙地，生態區位極為重要，維係著北方的生態安全。主要受水份條件的影響，內蒙古從東至西形成森林、草原、荒漠分布帶。養護水源是內蒙古的發展主題，保護好現有的河流湖庫水質安全，保證生態用水得到落實，實行“保護與建設並重、保護優先”的戰略，加強對重要生態功能區的保護保育，實施生物多樣性保護，才可作為保證內蒙古可持續、穩定發展的基本條件。
《意見》中要求構築祖國北方生態屏障的生態保護戰略。按照《內蒙古自治區主體功能區規劃》（2009-2020年），針對國家和自治區確定的限製開發區，實施“減輕壓力、休養生息”的方針，建立水源涵養型、防風固沙型、水土保持型和生物多樣性保護型等重要生態功能保護區。推動地方落實生態功能區劃，加強生態功能保護區管理機構、管理機製與製度建設，發揮生態功能區劃對資源開發和建設活動的引導和約束作用。
內蒙古草原曆史悠久，但經過多年自然與人為因素的擾動，草原生態係統植被覆蓋度降低，生產力下降，物種減少；土壤結構簡單，養分降低，水土流失加重；係統對外界環境的變化敏感，抗幹擾能力降低。
《意見》中要求逐步建立與區域生態承載力相適應的產業結構，降低對生態環境壓力，要求以草定畜，加強飼草料供給能力，實現農牧業結構由種植業主導型向養殖業主導型的轉變，實行階段性禁牧休牧製度，緩減草原壓力，把生態建設與農牧業結構調整、增加農牧民收入、扶貧開發、生態移民等緊密結合起來，建立生態保護與建設的長效機製，走出一條生產發展、生活富裕、生態良好的文明發展道路。《意見》中也要求深化農牧林業改革，穩定農村土地和草原家庭承包經營責任製。按照依法自願有償的原則，規範引導農村土地、草牧場承包經營權有序流轉，穩妥推進農牧業規模化經營。深化農墾體製機製改革，建立有利於現代農業發展的經營管理製度，將國有農牧場納入強農惠農政策範圍，逐步實現墾區與地方的資源共享，支持墾區企業集團和國有農牧場發展。以上措施對保護好草場資源，走持續發展的道路，保障社會的進步極其重要。
內蒙古擁有多樣的生態環境，包括大興安嶺北部寒溫帶針葉林生態區、大興安嶺中南部落葉闊葉林－森林草原生態區、內蒙古高原中東部草原生態區、內蒙古高原荒漠草原生態區、內蒙古高原中部草原化荒漠生態區、內蒙古高原中西部——山北荒漠生態區、黃土高原生態區、東北平原農業生態區。生物多樣性及環境敏感區域主要分布於大興安嶺山地、陰山山地、西鄂爾多斯——東阿拉善區、賀蘭山山地、額濟納綠洲以及烏梁素海等較大湖泊濕地、森林、中部、西部和南部草原區。目前85％的陸地生態係統類型，85％的野生動物種群，60％的高等植物群落，30％的天然林，40％的河流、湖泊、沼澤濕地，以及國家重點保護野生動物物種的主要棲息地和珍貴樹木的主要分布地都已得到有效保護，並取得了一定的成效。但由於氣候幹旱和經濟發展的人為活動對自然生態的影響，內蒙古的生態係統和生物多樣性的保護仍亟待加強。
保護大自然，保護生物多樣性，就是保護人類自身。因此應繼續加強濕地、野生動植物保護及自然保護區建設，有效保護生物多樣性，進一步建立和完善自治區生物多樣性保護體製與機製，強化生態係統、生物物種和遺傳資源保護能力，實現保護和可持續利用生物多樣性的目標。《意見》中提出對呼倫貝爾草原草甸、科爾沁草原、陰山北麓草原等重點生態功能區保護與建設工程的建設。
《意見》中提出堅持節約資源保護環境，樹立綠色發展理念，加強生態建設和環境保護，開發利用低碳技術，推廣應用低碳技術，實施森林草原固碳增彙技術示範工程，控製溫室氣體排放，利用市場經濟有效地減輕生態壓力，促進生物多樣性保護，提高生態文明水平，既反映了生態係統保護的價值，也為保護與示範指明了方向。
六、加強環境綜合整治
在自治區經濟快速發展、環保工作基礎薄弱的情況下，內蒙古以汙染減排為中心，著力加強環境保護，積極推進汙染防治。目前，全區環境質量明顯改善，主要汙染物減排成效顯著，重點流域治理紮實推進，環境監管能力大幅提升。
流經內蒙古的黃河、鬆花江、西遼河與海灤河河段水汙染防治工作得到紮實推進，斷麵考核全部達標；開展了城市環境綜合整治，保護建設飲用水水源地，排查治理環境風險隱患，全區環境質量得到明顯改善。
內蒙古國土麵積廣闊，開發建設用地不足國土麵積的2％，在現有的汙染物排放水平下，絕大多數地區的環境空氣質量都優於一級水平，基本保持在清潔的背景水平內。農村牧區、自然保護區和傳輸出界的空氣質量基本優於一級水平，區域環境重點是在城市、工礦區及規劃建設的工業基地。
內蒙古水環境質量總體較好，且多位於大江大河的上遊。區域的水資源主要分布在東部地區，多年來，東部區域經濟發展滯後，工業化處於起步階段，而水環境容量則東北區域有優勢。目前流域的水環境問題主要是支流的汙染，飲用水的安全及湖泊堿化、富營養化問題。