仲長統作為一位身處衰世的政論家和思想家，他的管理思想是在對社會現實的反思、批判中提出來的。其《昌言》一書原已亡佚，僅範曄《後漢書·仲長統傳》、《群書治要》、《意林》等書中保存了若幹段文字，表達了其一係列政治主張和管理思想。
一、強化集權
東漢後期，尤其是獻帝時期，宦官專權，皇權衰微，軍閥混戰，社會動蕩，民不聊生。麵對這樣的社會現實，仲長統提出了強化中央集權的管理思想。他認為要改變混亂的社會現狀，實現國家穩定，必須強化中央集權，做到“政不分於外戚之家，權不入於宦豎之門”（《昌言》）。（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第948頁。他認為實現這一目標的關鍵在於加強君主的權威。在地主階級專製社會中，權力是一切政治問題和管理問題的核心，權力的歸屬和分割直接影響到國家管理。因此，他認為加強中央集權是國家管理的首要問題。
首先，仲長統認為加強中央集權，必須革除外戚宦官專權。他深入地考察曆史和現實，分析了東漢後期外戚和宦官專權的原因，認為外戚和宦官主要是依托君權而蠶食君權，才逐漸掌控國家權力，隨著他們權勢的發展，君權被不斷分割、削弱，最終君主成了他們的傀儡。在外戚宦官實現專權過程中，君主決策無法實現，君主權威受到削弱，給封建中央管理的統一帶來嚴重的衝擊和災難。《昌言》雲：“權移外戚之家，寵被近習之豎，親其黨類，用其私人，內充京師，外布列郡，顛倒賢愚，貿易選舉，疲駑守境，貪殘牧民，撓擾百姓，忿怒四夷，招致乖叛，亂離斯瘼。怨氣並作，陰陽失和，三光虧缺，怪異數至，蟲螟食稼，水旱為災，此皆戚宦之臣所致然也。”③（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第951頁。尤其是靈帝時期，宦官專權達到鼎盛，“靈皇帝登自解犢，以繼孝桓。中常侍曹節侯覽等，造為維綱，帝終不寤，寵之日隆，唯其所言，無求不得。凡貪淫放縱，僭淩橫恣，撓亂內外，螫噬民化，隆自順、桓之時，盛極孝靈之世，前後五十餘年，天下亦何緣得不破壞邪？”（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第952頁。因此，要避免這些弊端，使國家各項事務正常運行必須加強君權。他告誡統治者不要給外戚宦官專權的機會，把他們與國家權力分離開來。《昌言》雲：“母後之黨，左右之人，有此至親之勢，故其貴任萬世。常然之敗，無世而無之，莫之斯鑒，亦可痛矣。……夫使為政者，不當與之婚姻；婚姻者，不當使之為政也。”③（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第951頁。他告誡統治者，外戚當權未有不敗的；同時，皇室不應當與執政貴族結親。仲長統反對外戚宦官專權，希望加強君權來革除外戚宦官專權有一定的可行性。但是，東漢後期，外戚宦官已經長期專製朝政，他們的勢力盤根錯節，根深蒂固，要想改變這種現狀是極為困難的。
其次，他認為要加強中央集權必須廢除分封製。漢初施行分封製，讓一些諸侯獨霸一方，種下了分裂割據的禍根。仲長統認為這是政治管理的失策。《昌言》雲：“漢之初興，分王子弟，委之以士民之命，假之以殺生之權。於是驕逸自恣，誌意無厭。魚肉百姓，以盈其欲；報蒸骨血，以快其情。上有篡叛不軌之奸，下有暴亂殘賊之害。雖藉新屬之恩，蓋源流形勢使之然也。降爵削土，稍稍割奪，卒至於坐食俸祿而已。然其洿穢之行，淫昏之罪，猶尚多焉。故淺其根本，輕其恩義，猶尚假一日之尊，收士民之用。況專之於國，擅之於嗣，豈可鞭笞叱詫，而使唯我所為者乎？”（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第949頁。由於封建諸侯權力太大，給中央集權帶來威脅；即便削奪了他們的大部分權力，但中央要對其進行完全管理，還是十分困難的。因此，為了維護中央權威必須徹底廢棄分封製。
除此之外，要進一步加強中央集權，最有效的是完善中央集權的政體，從中央到地方各級官僚機構都要建立集權體製，使權力結構一體化。《昌言》雲：“夫任一人則政專，任數人則相倚。政專則和諧，相倚則違戾。和諧則太平之所興也，違戾則荒亂之所起也。”②（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第951頁。權力分散導致互相推諉，集權就可以避免推諉事件的發生。但是，光武帝有鑒於三公權力過重與君權發生矛盾，設立了尚書台，分割了三公的權力，後來就出現了東漢後期的外戚宦官專權。因此，仲長統建議恢複丞相製，統一中央決策權與執行權。《昌言》雲：“春秋之時，諸侯明德者，皆一卿為政。爰及戰國，亦皆然也。秦兼天下，則置丞相，而貳之以禦史大夫。自高帝逮於孝成，因而不改，多終其身。漢之隆盛，是惟在焉……光武皇帝慍數世之失權，忿強臣之竊命，矯枉過直，政不任下，雖置三公，事歸台閣。自此以來，三公之職，備員而已；然政有不理，猶加譴責。而權移外戚之家，寵被近習之豎，親其黨類，用其私人，內充京師，外布列郡，顛倒賢愚，貿易選舉……”②（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第951頁。因此，他認為要改變上述弊端，“未若置丞相自總之”，恢複相權；“若委三公，則宜分任責成”。這樣既加強中央集權，又避免外戚宦官專權。他認為恢複相權，並不是要限製君權，而是要鞏固君權。恢複相權可以杜絕權力糾紛，防止政出多門，保證政令的製定和執行的一致性。出於對東漢後期外戚宦官專權混亂政局的強烈不滿，仲長統提出恢複相權的主張，注意到相權與君權的一致性，但是忽視了兩者的矛盾性。漢代相權的削弱實際是相權與君權矛盾的結果。
二、富國興邦
仲長統認為，在經濟上增強國家實力，富國興邦是國家管理的重要方麵。因為這樣不僅可以提高政府的執政能力，還可以鞏固政權，穩定社會秩序。
首先，增加國家蓄積是富國的重要手段。國庫儲蓄可以備不時之需。《昌言》雲：“夫人待君子然後化理，國待蓄積乃無憂患……蓄積誠多，則兵寇水旱之災不足苦也……天災流行，開倉庫以稟貸，不亦仁乎？”（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第950頁。儲積充足，天災、戰亂之年，便可開倉振貸，解民之急。因為如果不能保障最基本的生活條件，一些民眾就會鋌而走險。那麼，怎樣增加蓄積呢？首要的是發展農業和手工業，“急農桑以豐委積”（《昌言》），④⑤（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第950頁。增加社會財富。但是，國家財富來源於民眾，不能橫征暴斂，應當取之有道。《昌言》雲：“蓄積非橫賦斂以取優饒者也。”認為征斂要在保證民眾衣食有餘的前提下進行。
其次，可以適當提高賦稅標準。他認為賦稅是國家的重要財源，稅率也不能過低，輕稅會使國家的財政緊張，國力衰弱。《昌言》雲：“不循古法，規為輕稅，及至一方有警，一麵被災，未逮三年，校計騫短，坐視戰士之蔬食，立望餓殍之滿道，如之何為君行此政也？”③（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第951頁。所以他不讚同漢初曾實行過的“三十稅一”，要求恢複“十一稅”：“二十稅一，名之曰貊，況三十稅一乎？夫薄吏祿以豐軍用，緣於秦征諸侯，續以四夷，漢承其業，遂不改更，危國亂家，此之由也。今田無常主，民無常居，吏食日稟，班祿未定。可為法製，畫一定科，租稅十一，更賦如舊。”如果按照“租稅十一”的標準，“一歲之間，則有數年之儲，雖興非法之役，恣奢侈之欲，廣愛幸之賜，猶未能盡也”（《昌言》）。③（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第951頁。他雖然也考慮到民眾的承受力，卻完全從封建地主階級國家的利益出發，未脫離階級的局限性。
最後，必須限製土地兼並。他認為自從井田製廢除後，豪強勢力強大起來，他們在政治上爭國權，在經濟上爭國利，成為妨礙國家統一管理的障礙。《昌言》雲：“井田之變，豪人貨殖，館舍布於州郡，田畝連於方國。身無半通青綸之命，而竊三辰龍章之服；不為編戶一伍之長，而有千室名邑之役。榮樂過於封君，勢力侔於守令。財賂自營，犯法不坐。刺客死士，為之投命。至使弱力少智之子，被穿帷敗，寄死不斂，冤枉窮困，不敢自理。”④（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第950頁。他認為，“雖亦由網禁疏闊，蓋分田無限使之然也”，即“分田無限”是豪強勢力增大的原因。因此，他認為必須限製土地兼並，“限夫田以斷並兼”（《昌言》），⑤（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第950頁。從經濟上去除豪強勢力做大的基礎。他還認識到豪強地主兼並土地，發展勢力，必然會與國家爭利爭權。《昌言》雲：“今欲張太平之紀綱，立至化之基趾，齊民財之峰寡，正風欲之奢儉，非井田實莫由也。”③④⑤⑥（清）嚴可均校輯：《全上古三代秦漢三國六朝文》（第一冊），中華書局1958年版，第950頁。他把政治管理問題的基礎放在經濟問題上，識見頗高。