目前，內蒙古列入國家財政補貼範圍的農作物品種僅限於主要糧食作物和油料作物，包括玉米、小麥、大豆、油菜籽、葵花籽、馬鈴薯，養殖業品種限於近兩年社會反映強烈的能繁母豬和奶牛，承保補貼品種隻有8個，農產品數量品種繁多與政策性農業保險極小的承保品種形成明顯的衝突。而且在實際運作中，由於各地政府提倡“一鄉一品、一村一品”， 各地種植品種和養殖品種差異很大，一些鄉村的主要農作物不在中央財政補貼範圍，地方財政也不具備單獨補貼能力，造成政策性農業保險開展中事實上的不公平，不利於惠農麵的拓寬。
很多國家的農業保險範圍覆蓋主要糧食主產區，美國、日本、加拿大的承保範圍不僅僅覆蓋一般的農業風險，而且還提供農民收入保險，而當前我國的政策性農業保險僅在試點範圍內進行，承保的範圍十分有限。
（三）保費補貼撥付劃轉機製不盡合理
內蒙古政策性補貼保費是由中央和自治區兩級財政共同負擔，各級財政通過轉移支付層層下撥，最後由旗縣財政統一劃撥給縣級保險機構。有些旗縣由於資金周轉原因，不能將財政補貼資金及時劃撥保險公司，影響了資金的正常周轉。以2009年為例，2009年的財政補貼在2010 年初才陸續下撥到縣級保險機構，而保險機構實施收支兩條線，收來的農業保險保費又要逐級上劃給總公司，總公司再撥付賠款。這種劃撥機製不僅增加了資金流轉時間，而且嚴重影響了農業保險賠款的正常支出，農業保險的補償作用不能及時發揮。中央財政資金補貼製度缺乏穩定性，2009年以前實行的是預付結餘滾存製，2009年又改為實報應付製，這對基層部門工作的開展形成了不利的影響。
（四）投保人存在逆向選擇與道德風險問題
農業保險中由於農業保險的經營標的在被保險人的控製之下，受被保險人的行為影響很大，保險人與被保險人之間的信息不對稱，使保險雙方在農業保險商品交易中處於不對等的地位；加上自然災害的種類、發生頻率及周期難以確定，農業生產的地域性，極易發生逆向選擇和道德風險，使農業損失中的道德風險難以分辨，逆向選擇突出，保險人難以控製。例如內蒙古2008 年農業保險政策出台時間與農業生產周期不相匹配，正常情況下經營農業保險的保險公司每年都會等政府農業保險方案出台後才能開始承保工作。但《內蒙古自治區人民政府辦公廳關於印發自治區2008 年農業保險保費補貼實施方案的通知》（內政辦發【2008】44號）於2008 年6 月2 日下發，政策性種植業保險的承辦區域劃分結果、保險條款費率等於2008 年7月2 日下發。由於時間緊任務重，各承辦公司的承保工作在2008 年8 月20 日左右倉促完成。事實上內蒙古主要農作物播種時間在5 月份基本完成，承保基礎材料大多依賴農牧業部門和旗縣政府提供，由此導致大部分地區普遍出現先出險、後簽單的現象，逆向選擇現象比較普遍。在農業生產災害顯現的時候，極少數參保農民就要減少農業生產的正常投入，使受災的成數提高，加大了農業保險理賠資金的額度，從而出現了道德風險。比如大棚保險， 有些棚戶蓋大棚時用劣質薄膜， 陣風過後薄膜損壞要求保險賠付， 而陣風等級又不好測定。再如奶牛保險，當奶牛市場波動， 投保時奶牛市價下跌後， 此時奶牛出現生病、難產等現象時， 主人會選擇不給奶牛治療， 寧願其死亡從而獲得高額賠付。如果賠付就是縱容作假， 不賠付取證又難，類似的問題已逐漸顯現出來。
（五）承保、理賠不規範
在開展政策性農業保險的過程中，由於農業保險承保工作點多麵廣、時間集中，旗縣保險機構人員較少，無力自行驗標承保，保險公司主要利用村鎮幹部在村民中的影響力和威信帶動農民參與政策性農業保險，並基本依靠村幹部填寫承保清單並收取保費，這在很大程度上有利於政策性農業保險的開展，但也造成了一些問題。首先，很多農民盲目跟從村鎮幹部參與政策性農業保險，自身對賠付條件等並不了解，在未能達到賠付條件得到賠付時，造成農民對保險公司的不信任，更可能產生一定的負麵影響。其次，一些鄉鎮幹部為了自身利益和完成任務配額，出現了在村民不知情的情況下為其投保等不規範行為，更有冒領保費的行為發生。這些不規範行為在很大程度上阻礙了我國政策性農業保險的發展。在理賠中，當前主要采取村委會統一報案、旗縣農業保險專家小組抽查的方式進行查勘，由於抽查麵所限，存在定損難和多賠、少賠或平均賠付的不合理現象。
（六）投保人投保積極性不高，農業保險的有效需求不足
農村經濟的持續發展，必然形成對農業保險的巨大需求，但目前我國農業保險的有效需求普遍不足。實際承保中，很多農戶都表現出強烈的保險意願，但他們隻願意為年年受災的農田進行選擇性投保。有效需求不足的主要原因一是超小規模的土地經營客觀上弱化了農業保險的經濟保障功能，狹小的經營規模使農民產生較低的預期收益， 因而也不願付出現實的保險成本；二是受傳統農業的影響，農民的保險意識還較差；三是農業保險供給不足，品種單一。內蒙古2008年由於受“三聚氰胺事件”影響，奶牛養殖戶收益下降，投保積極性不高。當年擁有300 萬頭奶牛，但奶牛承保麵僅為7％。
（七）商業保險公司經營中的規範製度缺失
當前政策性農業保險交由商業性保險公司經營的模式存在很大的製度漏洞，如承保時誤導農戶，沒有對農戶就條款費率進行解釋說明，惡性價格競爭現象突出；核算時內控不嚴，將商業性農業保險和政策性農業保險混合以謀取國家財政稅收補貼，借政策性農業保險衝銷假賬和應收保費；理賠遲緩，借故推脫等。以上問題不僅嚴重損害了參保農戶的利益而且大大降低了國家的信譽，使得農戶對政策性農業保險產生質疑和抵觸情緒，造成進一步開展業務困難。