反對這一製度的人認為，政府雇員製的推行可能帶來以下不良影響：
1．與現行法律製度脫節。
中國人民大學行政法專家毛壽龍教授認為，政府雇員製與現行法律製度是脫節的，不能匹配。現行《公務員條例》中並沒有規定在公務員係列之外有政府雇員，其中隻規定了工勤人員。正在製定中的《公務員法》中也沒有政府雇員一說。
2．可能造成新的政府機構臃腫。
毛壽龍認為，政府雇員製與政府機構精簡有關。政府機構在精簡，其編製沒有辦法突破。但財政編製規模是沒有控製的，所以，現在有的地方借用事業編製，招入政府雇員在幹活，政府雇員的實行成為變相增加人員，這就以一種新的、隱性方式造成政府機構臃腫、膨脹。
3．“鯰魚效應”無從談起。
清華大學公共管理學院副教授任建明說，公務員是終身雇傭，隻要不出大錯，不違法，就不會被解職。端著“泥飯碗”的政府雇員幹得再好，也不會對端“鐵飯碗”的政府公務員形成威脅。這就像把一條凶猛的鯰魚放進了另一隻沒裝沙丁魚的水箱，“鯰魚效應”無從談起。
4．會加重納稅人負擔。
北京師範大學管理學院公共管理係主任王建民認為，目前，各級政府組織都麵臨著精簡機構、裁減人員的壓力，社會上存在著極其豐富的公務員資源，中央和地方各級政府機構的工作崗位一直都對高校畢業生和留學歸國人員產生著巨大吸引力。在這樣的情況下增加編製外的高薪雇員顯然不是理性行為。如果在編製外增加高薪雇員，無疑將進一步加重納稅人的負擔。
但不管怎樣，政府雇員製作為一種正在試驗和探索階段的新事物，是值得重視的。隻是在試點和推行中要防止陷入五大陷阱。
，都應建立科學的標準和程序。要通過專家組或中介組織等方式，對其進行科學化、社會化、專業化評價。
第二，防止政府雇員製成為地方政府新的形象工程。各地在決定是否要引入政府雇員製的過程中，要充分考慮自身的經濟發展水平、人員素質、客觀現實需要和財政支付能力。最好先試點、總結，再規範推行。要防止不管自身條件具備與否，一哄而起推行政府雇員製。
由於整體製度處於探索階段，目前這一製度推行的範圍不宜過大，速度不宜過快，以確保幹部人事隊伍的基本穩定。應主要在高端人才和低端人才這兩個群體中推行，具體地講，包括三類人員，即：技術保障類，如信息技術、網絡安全等高技術人才；行政附屬類，如檔案管理、服務人員等；決策谘詢類，如申博、申奧、重大項目等所需的人才。
第三，防止出現“閑著媳婦請保姆”的現象。要科學確定政府雇員的數量，控製好政府用人成本，嚴防通過推行政府雇員製變相提高公務員的待遇、擴大政府機關人員編製，“閑著媳婦請保姆”。
第四，防止政府雇員薪酬虛高。設置政府雇員薪酬標準時要進行充分調研，根據人才市場的具體行情確定，該高的要高上去，該降的要降下來。薪酬標準確定之後，還要根據市場變化及時調整。
第五，防止政府雇員重引進輕使用。有學者擔心，在“沙丁魚”還沒動起來之前，“鯰魚”首先堅持不下去了。要避免這種情況，有一個辦法，就是給政府雇員製定任職目標。政府付高薪要想物有所值，就必須明確政府雇員的責權利，做到權利和義務對等，確保政府雇員有事情做，有施展才華的空間，避免重引進輕使用。
（資料來源：“我國政府雇員製有五大陷阱會否煮成‘夾生飯’”，《中國青年報》，2004年8月2日。）