1．沒有和地區經濟發展水平和城市消費水平相聯係。目前，各地區、城市之間工資、消費水平差別較大，而職級工資製在全國是一個標準。
2．國家機關工作人員工資水平落後於企業。主要是在北京、上海這樣一些經濟比較發達的大城市，公務員的工資水平相對於社會某些行業偏低，公務員的工資缺乏競爭力，無法實現“外部公平”。隨著各項改革的深入，公務員的福利等優勢正在逐漸消失，而相應的改革配套措施卻相對滯後。中華英才網2001年下半年調查中，平均年薪最高的行業是電信業，達57208元，而公務員的平均年薪隻有17993元，在所有被調查的行業裏倒數第一。
3．內部構成不盡合理。基礎工資和級別工資標準偏低。職務工資各檔之間、級別工資各級之間差距較小。工資晉升機製過於死板，缺乏激勵作用。平均主義仍然比較嚴重。
我國公務員最高工資標準與最低工資標準之間的倍數，1956年工資製度改革時為21∶1，由於多種原因，現行工資製度為6．1∶1。現行國家機關最高工資標準與最低工資標準之間的倍數顯然偏小。從國外的情況看，最高工資標準與最低工資標準之間的倍數大多在10倍以上。如1986年，日本公務員的最高工資標準為最低工資標準的11．4倍。1989年，泰國副部長的最高工資標準為月薪26000銖，辦事員最低工資標準為月薪2100銖，前者為後者的12．4倍。
4．社會各行業職工工資外收入持續高速增長。無論是機關、事業單位還是企業，都在工資外給職工發放各種錢物。而且工資外收入名目繁多，數額大，問題多，統計也困難。工資外收入的增長遠高於工資增長，也快於經濟增長。這主要是由於國家財政供養人數龐大，同時，對單位預算管理的力度不夠。供養龐大的“吃皇糧”人員，使得國家財政不堪重負。國家沒有能力在短時間內大幅提高公務員的工資水平。有關部門對各類單位的預算管理力度不夠，也使得各單位紛紛采取各種方式、通過各種渠道發放工資外收入。這種“二元工資結構”，（即在國家財政發給公務員的工資之外，單位又以各種名義發給公務員的貨幣工資，這部分工資收入約占到全部工資收入的三分之一甚至二分之一。）從表麵上看似乎減輕國家負擔，提高公務員收入，但實際上弊大於利。
一是加大單位籌集資金的壓力，影響政府機關正常辦公和公正執行公務。政府在管理過程中，必須是公正的。然而在“二元工資結構”之下，政府承受著巨大的經費壓力，在公平與利益之間，政府有時隻能無奈地選擇後者。
二是違背按勞取酬的原則，進一步縮小公務員的工資差距。由於單位發放的工資具有平均主義的特點，違背按勞分配的原則，使得工資差距進一步縮小，嚴重挫傷公務員的工作積極性，工資隻能發揮保障基本生活的作用，起不到激勵和促進作用。
三是使得各部門、各單位圍繞權力而相互爭奪，為市場經濟的發展設置人為的障礙。各部門、各單位為什麼要緊緊抓住自己手中的權力不放？背後的原因在於利益驅動。一個部門、一個單位手中有權，才能為“二元工資結構”提供物質保證。同時也使公務員更加關心“灰色收入”。謀求一個好的部門、好的職位成了公務員競相追求的目標。
四是使國家稅收形成黑洞。“二元工資結構”使得公務員的工資收入來源增多，在個人信用尚不發達的中國，這無疑增加稅收部門監管的難度，國家將在稅收上蒙受巨大損失。
五是為腐敗行為的滋生提供溫床。按照美國學者詹姆斯．M．布坎南等人的“尋租理論”，價格差、彙差、利差被稱作“租金”，租金中很大一部分是政府管製、幹預市場的結果。企業為了獲得“租金”，就向一些政府部門、官員行賄，這就叫“尋租”。尋租活動的存在不但不能創造價值，還可能導致違法亂紀和腐敗行為的發生。
二、公務員工資製度改革的基本原則
1．堅持效率優先、兼顧公平的原則，使機關事業單位勞動報酬與所負職責、工作業績結合起來；同時要妥善處理地區間、部門間工資差距，既要承認合理差距，又要防止差距過大。
2．貫徹“以薪養廉”的原則，建立平衡比較和動態增長的機製，使機關事業單位工資水平與國民經濟保持協調增長，與企業相當人員的平均水平大體持平。
3．堅持提高工資與改善福利相結合的原則，實行比較優厚的福利待遇；鼓勵機關事業單位工作人員長期為國家服務，保持機關事業單位隊伍的相對穩定。
4．堅持激勵與約束相結合的原則，適當拉開工資差距，克服平均主義，加強宏觀調控，嚴格工資管理，形成規範、透明的工資收入。
5．堅持總體設計、分步實施的原則，機關事業單位工資製度的深化改革要與福利、社會保障製度等改革相配套，並隨著經濟體製改革和機關事業單位人事製度改革的不斷深化完善逐步推進。
三、對我國公務員工資製度改革的建議