孫冶方因此成為建國後第一個被公開點名批鬥的著名經濟學家。這個倔強的蘇南人卻不肯低頭認罪。他寫出了一份又一份檢查材料，進一步清晰地闡述自己的觀點，工作組對他的評價是“抗拒黨和群眾對他的原則批評，態度十分驕橫”。1965年9月，他被下放到北京城郊的房山縣周口店公社大韓集大隊進行勞動改造。
孫冶方的朋友們也紛紛遭殃，張卓元、桂世鏞等人被認定是“張、孫反黨聯盟”的“八大金剛”，一直受到他庇護的老“右派”顧準這次自然也是在劫難逃，他被隔離審查，掛牌批鬥，然後同樣送到周口店勞動改造。在日記中他很內疚地寫道：“我更進一步猜測，孫冶方的問題是任用我這個右派分子而引起的，我這個人，到哪裏都要害人，這回又害了這個老朋友，覺得很對不起他。”顧準的愛妻汪璧為了替五個子女著想，提出與他離婚，在給顧準弟弟陳敏之的信中，她說：“隻要顧準有一天脫掉右派帽子，就可立即複婚。”可惜，她與顧準都沒有等到那一天。
發生在1964年的這場關於價值規律的思潮，是1978年之前的最後一次“回光返照”，它很輕易地被擊潰了。而隨後展開的批鬥，事實上也成為即將拉開序幕的“文化大革命”的前哨戰。
1965年11月10日，正在周口店公社的菜地裏一起澆糞抬土的孫冶方和顧準從上海《文彙報》上讀到了一篇題為《評新編曆史劇〈海瑞罷官〉》的長篇評論，作者為姚文元。它十分罕見地點名批評北京市副市長、曆史學家吳晗。這是一篇充滿了不容辯駁的“革命”口吻的討伐性雄文，而批判吳晗的首要事實就是一個經濟話題——退田。
吳晗在《海瑞罷官》一劇中，主要講述了明代清官海瑞在出任應天巡撫期間，針對當時豪強地主大肆兼並土地，佃農深受剝削的現狀，采取了退田分耕的政策，此舉受到豪強抵製，海瑞以“罷官”來推動改革。姚文元寫道：戲劇衝突圍繞“退田”展開。雖然吳晗同誌在序言中自稱劇本“改以除霸為主題”，但實際上冤獄是從占田開始，“除霸”、“平冤獄”的行動也是圍繞著“退田”進行的。“退田”被寫成是“幫助窮農民辦法的一種”，作為戲劇衝突最高潮的“罷官”，就是罷在“退田”這件事上 ……海瑞一道號令，“發出榜文，限令各家鄉官，十日內把一應霸占良民田產，如數歸還”。退田以後，尖銳的階級矛盾忽然都不起作用了，“眾鄉民”向海瑞叩頭道：“大老爺為民做主，江南貧民今後有好日子過了！”
姚文元用大量的“史實”證明，吳晗對“退田”的描寫是虛假的，海瑞的改革政策隻對小地主和富農有益，是“地主階級內部的矛盾”。緊接著，他的筆觸很快銜接到了幾年前的包產到戶：大家知道，1961年，正是我國因為連續三年自然災害而遇到暫時的經濟困難的時候，在帝國主義、各國反動派和現代修正主義一再發動反華高潮的情況下，牛鬼蛇神們刮過一陣“單幹風”、“翻案風”。他們鼓吹什麼“單幹”的“優越性”，要求恢複個體經濟，要求“退田”，就是要拆掉人民公社的台，恢複地主富農的罪惡統治。……《海瑞罷官》就是這種階級鬥爭的一種形式的反映。如果吳晗同誌不同意這種分析，那麼請他明確回答：在1961年，人民從歪曲曆史真實的《海瑞罷官》中到底能“學習”到一些什麼東西呢？我們認為：《海瑞罷官》並不是芬芳的香花，而是一株毒草。
在這篇當時十分轟動、日後非常著名的文章中，姚文元創造了一種判斷方式：任何對計劃經濟的反思或推敲，都是階級鬥爭的新動向，是反革命的行為。這樣的霸道邏輯，讓崇尚理性的孫冶方和顧準不寒而栗，直覺告訴他們，此文來頭不小，絕非偶然。一場史無前例的暴風雨正在劇烈而可怕的醞釀中。