道德也罷，政治也罷，處在核心位置的李斯難辭其咎，是這個人間接誅殺了韓非。這件事非常不幸地說明了，知識分子間的傾軋並不比政客之間的傾軋來得善良，這也為後來兩千多年血雨腥風的知識分子自相殘殺的曆史提供了一個範例。
果然，接著厄運就降臨到了李斯的身上。
在說到李斯的厄運之前，應當先說一說李斯的“鴻運”，即其身處“一人之下，萬人之上”顯赫地位之時做過的一件事情。
李斯，嚴格一點兒講，應當算是一個政治家，因為他畢生都在從事政治活動，我們把他列入知識分子行列來談論，隻是因為這個人是皇權專製主義理論的始作俑者，或者說，曾經一度成為始皇帝嬴政的大腦。
秦始皇統一六國以後，李斯名正言順地成為了秦朝丞相，位置好生了得。
秦始皇三十四年（公元前二一三年），始皇在鹹陽宮置酒宴飲，博士七十人向前祝壽。博士仆射周青臣當麵頌揚始皇，稱其“神靈明聖，平定海內”，“以諸侯為郡縣，人人自安樂”，“自上古不及陛下威德”。博士齊人淳於越不以為然，提出：古時殷周分封子弟功臣，故能長有天下。“今陛下有海內，而子弟為匹夫”，一旦有事，誰來救助？為此，他主張以古為師，認為“事不師古而能長久者，非所聞也”。本來，分封郡縣之爭，早在秦皇朝初建時就出現過。眼下淳於越舊事重提，且又涉及“師古”與“師今”的大問題，故始皇“下其議”，著令群臣討論。
丞相李斯當即指出：“五帝不相複，三代不相襲。”不同的時代，有不同的治國措施。“今陛下創大業，建萬世之功”，三代之事，何足效法！現在，“諸生不師今而學古，以非當世，惑亂黔首”；而私學又“相與非法教，人聞令下，則各以其學議之，入則心非，出則巷議”，嘩眾取寵，“造謗”生事。如不加以禁止，其結果必然是“主勢降乎上，黨與成乎下”。因此，李斯建議禁止私學，規定“若有欲學者，以吏為師”；還建議焚燒《詩》《書》，史官非《秦記》皆燒之；非博士官所職，天下敢有藏《詩》《書》、百家語者，悉詣守、尉雜燒之；有敢偶語《詩》《書》者棄市；以古非今者族；吏見知不舉者與同罪；令下三十日不燒，黥為城旦；所不去者，醫藥、卜筮、種樹之書。
根據李斯的這一建議，當時隻有《秦記》和博士官所藏《詩》《書》、百家語以及醫藥、卜筮、種植之書可以保存，其餘的各種書籍，特別是諸侯國的史籍和儒家一些著作，均在焚燒之列。本來，焚書是秦很早就實行過的政策，商鞅變法時就曾“燔《詩》、《書》而明法令，塞私門之請而遂公家之勢”。所以秦始皇一聽到李斯的建議就表示認可，隨即付諸實施，一次全國範圍的焚書事件發生了。
就在焚書的次年，即秦始皇三十五年（公元前二一二年），又發生了一起坑儒事件。這件事是由幾個方士的畏罪逃亡引起的。原來，秦始皇十分迷信方術和方術之士，以為他們可以為自己找到神仙真人，求得長生不老之藥。他甚至宣稱：“吾慕真人，自謂‘真人’，不稱‘朕’。”而一些方士，如侯生、盧生之徒，也投其所好，極力誑稱自己與神相通，可得奇藥妙方。但時間一長，他們的許諾和種種奇談總是毫無效驗，騙局即將戳穿。而秦法規定：“不得兼方，不驗，輒死。”因此，侯生、盧生密謀逃亡，在逃亡之前，還說秦始皇“剛戾自用”、“專任獄吏”、“貪於權勢”，未可為之求仙藥。秦始皇知道後大怒，道：“盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，是重吾不德也。諸生在鹹陽者，吾使人廉問，或為妖言以亂黔首。”於是使禦史審訊在鹹陽的全部方士與儒生。諸生轉相牽連告發，結果查出犯禁者四百六十餘人，全部坑殺於鹹陽，同時還謫遷了一批人至北方邊地。事情發生後，始皇長子扶蘇進諫道：“天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安，唯上察之。”始皇不僅怒而不聽，還使扶蘇離開鹹陽，北監蒙恬於上郡。