2、用於支持農業的財政資金投入結構不合理，並沒有使農業經濟達到預期的發展
財政支農經濟的使用去向包括很多方麵，我國財政支農資金使用不合理主要體現在多數的財政資金被用於各類農村經濟有關的事業性費用支出，而較少地用於農業的基本生產設施的建設，在農業經濟技術研究開發上的投入比例也十分低。由此可見，政府的對農業的財政支出中，用於農業生產性支出的比重較小，很大部分成為維持水利、氣象部門運營的事業費用，沒有從根本上用於提高農業經濟的發展。其用於各部門的事業費用，所屬是由於機構人員的增長而導致的，與農業經濟發展力度的擴大關係極小。可見，我國農業經濟管理相關結構存在著嚴重的人員冗餘現象，擠占了金額龐大的財政支農資金補助，這部分被擠占的資金最後依舊回流到城鎮，並沒有使農民獲利。
這種不合理的支出結構，嚴重影響了對農業生產條件的持續優化，阻礙了我國農業生產力的提高，直接導致國家財政支農資金的績效下降。而財政支農資金用於基礎設施建設方麵，主要的投入對象是水利及生態保護性設施，盡管這些投入能夠使全社會收益，但是大大擠占了本該用於改善農業生產環境的投資，這也導致了財政支農資金的績效較低，未能實現財政支出促進農業經濟發展的預期作用。
3、對財政支農資金的管理手段較為落後，導致資金的管理不善，浪費嚴重
我國農業經濟的發展緩慢，在資金管理上也有所體現。目前我國支農資金的管理體製漏洞百出，職能部門過多且分散，形成資金多頭管理的低效管理現狀，部門與部門之間沒有實現製定相關的規章製度，沒有分清各自的職責範圍，且缺乏溝通，導致財政資金的投資項目往往沒有得到合理的規劃，最後結果不理想，部門之間相互推卸，不能實行有效的懲罰措施，導致支農資金的投資越來越無效，重點投資領域不能得到足夠的投資，非重點投資領域則投資泛濫，資金使用效率極低。另外，部門的重複設置，直接增加了管理成本，也會侵占掉財政支農資金的一部分。
4、財政支農資金的撥付要經過眾多環節，“篩子效應”嚴重
我國進行財政補助的方式往往是由中央撥付，再經由下級政府一層一層逐級下撥，而每一層的下撥層級中都會出現“篩子效應”，主要體現在對撥付的支農資金的無理由長期占用甚至不合理的挪用，出現中間層級政府或部門的尋租活動，大大增加了我國支農政策的實行成本，且這將導致支農資金不能夠及時地下達到最終需要這筆資金的個體或單位，支農資金最後很可能成為無效的資金撥付。
三、促使財政支農資金績效水平提高的應對策略
針對前文提到的財政支農資金績效水平低的問題，本文針對導致績效水平的幾個原因給出了相應的應對策略。
1、要加大對農財政資金的投入，實現對農業經濟的穩定扶持
農業經濟相對於工業經濟有著更大的自然風險，產業極容易受到不可控因素的影響，所以建立穩定的政府扶持機製對於維持農業的可持續發展有著十分重要的意義。財政支農資金投入的加大，可以幫助農業改善基礎生產設施，提高其生產效率，增加防禦自然災害的能力。根據我國國家統計局及社科院的研究結果表明，在農業經濟的發展過程中，農業資金對於提高農業生產總值的促進總用要遠遠大於農業勞動力，由此可見財政資金對於農業生產的投資對於農業經濟的發展有著十分明顯的促進作用。