2003年年報顯示，恒康雙鶴的資產出現問題，壞賬計提準備需2430萬元。原因在於雙鶴藥業與湖北醫藥合作時，對方以武漢的幾處地產入股，後被發現入股的地產早就被湖北醫藥抵押給銀行，因其未能及時還款，被法院查封，一直未辦理過戶手續，出資不實，致使恒康雙鶴的資金鏈斷裂，正常經營難以為繼。其結果是公司從重組前的連年盈利變為長期虧損。
類似的例子還有很多。黃雲龍回憶道，自己當初選擇加入雙鶴是因為其資產規模和市場資源都不錯，但確實存在很多問題，包括管理體係沒有真正建立，業務沒有重新梳理，發展戰略也不清晰。收購後，雙鶴藥業對子公司隻是資本投入，在財務報告上形成報表合並的關係，並沒有派駐管理人員。“各子公司都是獨立生產，獨立經營，在市場上相互殘殺，出了廠門就開始打。”
事實的確如此。與醫藥領域的其他並購相比，雙鶴藥業在並購後業務重組、統一管理、文化整合方麵都顯得後知後覺。2004年問題的集中暴露，讓管理層意識到集中管理的重要性，管理模式也從“投資控股”逐步轉變為“集團化管理”。
2004年底雙鶴藥業提出“二次創業”的戰略構想，製定工商業結構調整和業務重組方案，推行集團化管理，提高盈利能力。
在雙鶴藥業公司內部，業務主要分為工業和商業兩部分。對外部人員而言，工業與商業的劃分過於簡單籠統。實際上，雙鶴工業主要生產和銷售集團內部產品，而商業公司則代理銷售全國各個製藥公司的產品。目前長沙雙鶴為僅有的商業公司。2019年商業收入占總收入的40％，達到21.87億元，但利潤貢獻不足5‰僅為3269萬元。
黃雲龍坦言，商業公司利潤率非常低，隻有2％左右。藥品銷售價和成本價之間的差額還要分攤掉很多費用，因此對於商業公司，雙鶴藥業一直強調提升盈利水平而非擴大規模，改變大商貿的銷售管理模式，不再強求工業的拉動，改為以純銷、快批配送、零售藥店賣場等不同業務模式的專業化管理。此外堅決控製成本，對各公司普遍存在的高管、管理、後勤崗位和人員設置過多，與一線銷售生產要求極不相稱的現象進行整改。
由此雙鶴藥業決定把有限的資金真正用於可以強化雙鶴未來的核心業務上，將發展的重心轉移到工業業務，著重發展大輸液、心腦血管和內分泌。2008年雙鶴藥業工業收入首次超過商業收入，達到25億元。
產業結構調整後，雙鶴藥業開始對工業業務領域進行整合，通過產銷分離、銷售統一、整體布局達到降低成本、提高整體盈利能力的目標。實際上也就是雙鶴藥業內部所說的“整合銷售資源與生產資源。”雙鶴藥業打破過去責任中心的品種界限，將全國銷售網點連成“網”，共享市場資源，不僅提高了營銷活動的有效性，同時享受到了低成本與規模效應。目前，雙鶴藥業產品生產由北京工業園、輸液事業部生產工廠、晉新雙鶴與萬輝雙鶴生產部門承擔，並通過雙鶴經營、輸液事業部的區域銷售公司、雙鶴銷售分銷出去。
輸液事業部是其中的典型案例。2005年提出打造“中國輸液第一品牌”的戰略目標，黃雲龍作為牽頭人籌劃成立了輸液事業部，實現市場統一策劃、生產統一布局、品種統一調整、資金統一調配、人員統一配置，充分發揮整合優勢。
同時加速了雙鶴藥業在華北、華中、華東、西北等區域的生產布局和包裝結構的調整。2010年大輸液產品收入同比增長14.6％，而塑瓶與軟袋輸液同比增速分別達18％和49％。產品結構的調整提高了高毛利產品的市場份額，促進了整體毛利率的提升，其毛利貢獻為6億元。
大輸液產品分為玻瓶輸液和塑料輸液，其中玻瓶輸液成本高，利潤低。但黃雲龍強調大輸液業務整體利潤的提升是以低成本和規模優勢取勝。2008年雙鶴藥業收購神州製藥，優化了輸液的盈利結構。在當年原輔材料大幅上漲、玻瓶毛利下降5％的情況下，輸液產品的整體毛利潤仍然提高了1％。目前雙鶴藥業在大輸液行業的累計投資已達9億元，未來依然是投資的重點。
除了調整輸液產品結構，雙鶴藥業也正努力擴大核心產品的銷售。數據顯示，2010年降壓0號完成9.5億片的銷售，同比增長4％；舒血寧完成1115萬支，銷售額達到2億元，同比增長11％。
親身經曆雙鶴藥業轉型的黃雲龍表示，轉型前公司管理很鬆散很混亂，部分子公司為追求虛假業績，不乏經營舞弊者，績效管理也多存在“關係導向”；轉型後，各分子公司、各部門各司其職，日常工作都緊跟戰略規劃和商業計劃，現巳走上了健康的發展軌道。
另一方麵，雙鶴藥業在公司治理方麵也下了不少功夫。2008年頒布了一係列公司的基礎製度，其中囊括了會計政策、關聯交易、信息披露、募集資金管理等多個方麵，建立了以利潤、現金等指標為導向的管理體係，各子公司根據市場需求統一生產、分銷。
財務轉型
因快速擴張而曾經折翅的雙鶴藥業現在十分重視降低風險、縮減成本和提高盈利。與資產剝離業務重組、加強集團管理一樣，財務轉型也是雙鶴藥業給自己開的藥方之一。
從2005年開始，雙鶴藥業的主要工作就是退出虧損和非核心業務，消化不良資產，而在投資方麵表現得非常謹慎，2008年以2元的價格收購廣東神州製藥，將軟袋輸液產能提高近1倍，完成了雙鶴藥業在華南市場的布局，2010年該公司實現淨利潤1500萬元。