光緒十年（公元1884年）新疆建省，置巡撫一人；十一年（公元1885年）福建分設台灣省，由福建巡撫改任，移駐台灣（治今台南），公元1895年中日戰爭後割讓日本；光緒三十三年（公元1907年）增設奉天、吉林、黑龍江三巡撫和東三省總督，所以，清末共有二十三省九總督十五巡撫。清代省一級長官：總督總理大區域軍政事務，職權最重。巡撫掌一省財政、民政、司法、鄉試，地位略次於總督，二者常並稱“封疆大吏”。
明、清及至現代，省製一直被承襲下來，數目增加了，省境有繼承，也有變化。元明清時期省級地方行政區劃最重要的特點：突破了按山川形勢走向，自然區域劃分的規律。
例如：元代秦嶺以南漢水上遊的漢中穀地劃歸陝西省。這是出於政治和軍事的考慮，因為漢中盆地是四川在北方的天然屏障和緩衝之地，宋金、宋元之戰，南宋皆憑借秦嶺有利地形長期據守。古語：“天下未亂蜀先亂”，失去它，四川便不易形成完整的割據區，有利於對整個四川盆地的控製。漢中劍閣本為一完整形勝之區，漢中與蜀的聯係比與關中便利和頻繁，經濟、文化、語言、習俗亦接近四川，這是有意將劍閣與漢中分屬二省。
地方行政組織變遷的基本特點
複旦大學地理曆史研究所周振鶴教授將地方行政組織變遷的基本特點概括為兩條：由高降低，由虛入實。
關於由高降低這一點，周振鶴教授以州為例。東漢末年隻有十三州，且為高層政區；而隋初，州數已達三百餘之多，且級別已降為統縣政區；至明，大部分州已與縣相當，到清則散州與縣無異了。
由虛入實，周振鶴教授是從高層政區及政區長官的演變這一方麵來說的。曆史上高層政區都是由非行政區，即監察區或軍區演變而來，政區長官也由中央官員轉變而來，周教授稱此演變為由虛入實。
比如秦，監察區與行政區一致。秦始皇分天下為三十六郡，郡置守、尉、監，守、尉為郡長官，監為中央官員，每一郡成一監察區。漢郡數增加，而轄區縮小，於是郡上又設州作為監察區。由於監察對象是郡的官員，事務簡單，故州必有數郡，這樣，州作為郡的上一級行政區劃有了地理基礎。等到東漢末年，州牧掌財權、政權、軍權之後，州轉化為行政區就水到渠成了。
總之，中國專製王朝社會行政區的調整主要出於政治因素的考慮。目的是不使任何一個地區把握整個地區，據險以抗中央。人為地劃分政區，使地形交錯，互相牽連，便於控製。