吏部，掌人事，下轄文選、考功、稽勳、驗封四個清吏司，是當時公認的六部之首。
戶部，掌民政財務，下轄浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南等十三清吏司，每司又設民、度支、金倉四科，分管各省戶籍、田土、稅糧、漕運、鹽政、錢鈔等事務，同時分工分管中央各衙門、衛所、邊鎮的俸祿及糧餉。禮部，掌文教禮儀及部分對外關係。下轄儀製、祠祭、主客、精膳四清吏司，分管貢舉、學校、宗教、軍嘉禮儀、吉凶禮儀、賓客禮儀、典禮宴席等。另設鑄印局，主管中央、地方官印的規製和製造。
兵部，掌軍事行政及武職任免，下轄武選、職方、車駕、武為四清吏司。
刑部，掌司法行政事務，下轄浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南等十三清吏司，分管各省刑名案件兼審核訴訟、朝審、秋審、刑具、獄政、答疑、決囚等事務。
工部，掌工程修建，下轄營繕、虞衡、都水、屯田四清吏司。
朱元璋成立內閣以後，把原來宰相擁有的決策權牢牢把持在自己手中，議政權分給內閣，行政權分給六部。地方上分三司，分管司法、軍事、行政，直接對六部負責。內閣與六部各司其職，國家最高行政命令從紫禁城發出，通過全國發達的驛站和驛道，層層下發到大明帝國的每一個角落。
通過幾代皇帝的努力，明朝形成了一套完整的政務體係，它在權力平衡方麵堪稱完善，是中國君權獨裁的成熟期。
設立軍機處，清朝皇權專製的再度強化
清入關之後，基本承襲明製，隻是略有改變：
增使明代戶部所轄的十三司加江南司為十四司；使明代刑部所轄十三司相繼增江蘇、安徽、直隸、奉天四司為十七司。
清代中央政體最大特色就是於雍正年間設立的軍機處，它進一步加強了君權統治。
軍機處全稱為辦理軍機事務處。雍正七年（公元1729年），正值清軍在西北與準噶爾部作戰，為了能及時處置軍情，遂在內廷設軍需房，直接轉達前線軍情及皇帝旨意，這樣既可省去內閣的複雜手續，而且不易泄密。雍正十年（公元1732年）正式改稱“辦理軍機處”，簡稱軍機處，其職權也擴大為參預全部軍國大政。
軍機處分割內閣之權，所以有人說它是“內閣之分局”。它由皇帝特召三品以上滿漢大員各若幹人［無定額，一般以特選的大學士、尚書、侍郎等官充任。但依清製，親王不能入軍機。嘉慶四年（公元1799年）一月，曾以軍機處事繁為由，命成親王永瑆在軍機處行走。同年十月，又以“非祖製”罷值。至鹹豐三年即公元1853年以後，始有親王任軍機大臣。］入值為軍機大臣，由滿漢大學士各一員為其首領，領班的軍機大臣叫做“首揆”；各部、院考錄四品以下官員入值為軍機章京。軍機章京職掌機要，負責奏折文書的處理及諭旨的撰擬；軍機大臣常侍皇帝左右，以備顧問，並參與國家庶政之討論及重大案件之審擬；凡文武官員的簡放、換防、記名、引見、賜予及外藩之朝使者頒賜等事，亦由軍機處辦理。
軍機大臣的待遇、權力各有不同。例如有的滿洲大臣隻準閱看滿文奏折，或新任大臣不準閱看皇帝朱批的奏折。這些不同待遇都是由皇帝親定。
宣統三年（公元1911年）四月，責任內閣成立，軍機大臣改任總、協理大臣，軍機處與舊設內閣並撤。
軍機處在清代統治了一百八十餘年，成為大政所出的宰輔之區。它的體製特殊，職官簡練，處理政務迅速而機密。皇帝召見軍機大臣，不許太監在側，即使王公大臣，非奉特旨，亦不準進入。但軍機處隻是君權的附庸物，它雖有特殊待遇，但軍機大臣必須絕對聽命於皇帝，沒有獨立行動、決策的餘地。
軍機處的設立，是清王朝對中央行政機構的一次重大變革，表現出清代前期政治製度高度集權的趨向。軍機處既無官署，亦無專官，又無屬吏，不是一個獨立的正式的衙門，容易受皇帝的製約。它逐漸代替了清建國以來所依靠的滿洲親王、貝勒參與議政的製度，廢除了議政處；同時也削弱了內閣參與國政的權力。軍機處以“君權附庸”的地位，成為淩駕於內閣及各部、院之上的全國政務的總彙機關，軍國大計，無不總攬，是君權極度集中的產物。