二府三司各自獨立，互不統屬，直接對皇帝負責，構成最高輔政機關。
宋代中央行政機構，在二府三司之外，仍有三省六部、九寺、六監之設。中央雖設三省，但已非宰相機構，三省及六部長官不經特許不得管理本司事務，已成為閑職。九寺和唐沒有太大變化，六監比五監多了一個司天監。這些仍隻屬於中央政府的辦事機關。
二府三司製的弊端
二府三司製的實行進一步削弱相權，使皇權得到進一步地加強，在某種程度上適應了當時曆史形勢的需要，但這種體製的弊端也是非常明顯的。機構龐雜、名實不符，同一種職能卻由兩個或數個機構分擔，不但疊床架屋，空耗經費，而且互相掣肘，影響效率。
·相權薄弱，鞏固君權
政務、軍事、財政、監察四權並立，各部門直接向皇帝負責，宰相隻能事事按旨行事。宰相權力大大削弱，事事聽命皇帝，且受台諫掣肘，造成政風因循。但是，這使君權得到前所未有的鞏固。在宋以前的君主，集權大都依靠個人能力；宋以後，製度即確立了君主權力，即使君主為平庸之輩，亦能憑藉權力分割的建製，達致君主集權。宋代權相如蔡京、秦檜、賈似道等，權力雖大，但也在皇帝控製下掌權。
·政出多門，效率偏低
政製以分權為原則，部門各自獨立，互不統屬，形成政出多門和行政效率低的弊病。如二府三司各自獨立行政，軍事與財政無法協調，政出多門，行政效率低下。特別是如有特殊情況出現，機構更是無法靈活應變。由於政出多門，官員互相推諉之風遂成。如真宗時，李沆任宰相，常寡言，時人稱他為“無口匏”。
·機構臃腫，官無定員
為了加強君權，行政機構重複，職能重疊，增設副職，官員的職權並無明確規定，令上事無專職，責任不明。這樣既無效率，又浪費俸祿，導致國家財政困難。如尚書省職權多被其他部門侵奪，但仍保留六部二十四司。
另一方麵，中央官員往往一身兼任數職，導致官無定員，員無定職。
所以，宋神宗元豐改製，廢除二府三司製，以左、右仆射為宰相，左仆射兼任門下侍郎，右仆射兼任中書侍郎，重新恢複三省六部製。
四. 明清的內閣六部製
內閣六部製：中國君權獨裁的成熟期
明太祖朱元璋以丞相胡惟庸謀反案為由，於洪武十三年（公元1380年）廢中書省和大都督府，不再設相，分相權於吏、戶、禮、兵、刑、工六部。六部聽命於皇帝，直接對皇帝負責。洪武二十八年（公元1408年），朱元璋又宣布，以後嗣君不許議置丞相；大臣如敢奏請者，處以重刑。
但是，由皇帝一人直接領導六部以及其他國家機關，無論從國家政務或從皇帝本人的時間和精力來講，都是難以持久實行的。於是，朱元璋從翰林院等文翰機關指派官員加殿閣大學士銜，協助他看奏章、擬詔旨。因為皇帝在宮裏辦公，他的秘書班子於是也跟著在宮裏辦公，所以，皇帝的這些秘書就稱為內閣學士或內閣大學士。明成祖時，翰林院的官員入值文淵閣，開始參預機務。到了仁宗、英宗以後，這些內閣學士們多是幾朝元老，權位更重，這時的內閣已有點兒唐朝政事堂的架式了。明世宗嘉靖以後，大學士們更是“朝位班次，俱列六部之上”，儼然是宰相之職了。
由於朱元璋明文規定不準設丞相，所以，人們稱大學士為輔臣、閣老，對首席輔臣則稱首輔、元輔。內閣大學士“無宰相之名，有宰相之實”。例如：明萬曆年間，張居正以首輔資格（實際上他是當時唯一的閣臣）教導幼主、治理朝政，讓內閣成為政府運轉的中樞，而張居正的地位實際上已經接近於現代首相的地位。
當然，大學士的權限與以往的宰相還是有別的。正如閔琦在《中國古代官製》一書中分析的那樣：第一，其與皇帝之間承轉文書要受製於太監；第二，用人之事要受製於吏、兵二部；第三，受製於六科給事中和禦史等監察官。
可見，明代以六部為主體的政務機構基本上是在輔政部門的指導下行使權力的。
明代的六部建製和職權劃分打破了唐以來的六部二十四司框架，結合當時的政治需要和實際曆史情況，將主管稅收和刑罰的戶部和刑部改為按地區劃分所轄之司。六部分工大體如下：