漢武帝為了加強君主專製，親自裁決政事，逐漸將禦史大夫所擔負的機要秘書工作交給尚書署辦理，於是禦史大夫的職權日漸縮小。西漢後期改禦史大夫為大司空，東漢則稱司空。
九卿，主要的政府官員
所謂“九卿”實際上並不隻是九個，而是泛指政府各部門的主要官員。主要有以下的官職：
太常：諸卿之首，曾稱奉常和秩宗，掌宗廟禮儀、占卜祭祀等事，史官、博士等為其下屬。太常多以皇族或外戚擔任。
光祿勳：皇帝的侍從武官長，秦及漢時稱為郎中令，漢武帝時改稱。屬官有大夫、郎、謁者等。郎是皇帝的侍從扈衛人員，有中郎、侍郎、郎中之分。太中大夫等及議郎為非武裝人員，掌議論。郎中令改稱光祿勳後，又設期門郎、羽林郎，為皇帝微行出獵時的武裝侍從。
衛尉：職在統領衛士護衛宮闕，其下屬官有仆射、公車司馬令等。
太仆：王莽時曾更名為太禦。掌管皇帝的輿馬，及軍事用馬的牧養。其下有丞、車府令等屬官。
廷尉：秦始置，漢景帝時改稱為大理，漢武帝時恢複廷尉之稱，王莽改為作士，東漢時又再度恢複舊稱。掌管刑罰訟獄，是全國的最高司法官。
大鴻臚：秦時稱為典客，漢景帝時更名為大行令，漢武帝時改稱大鴻臚。掌管邊疆少數民族事務及諸侯王、列侯內附部族朝覲郊迎之事。
大司農：秦時為治粟內史，漢景帝時更名為大農令，武帝時改稱大司農，王莽曾改名為羲和，又改名為納言，東漢時複稱大司農。負責國家財政。主要屬官有治粟都尉和太倉、均輸、平準、都內、籍田等。
少府：戰國時初置，王莽曾改名為共工，東漢恢複舊稱。掌管全國山海池澤之稅，以供給皇帝私用，凡皇帝的衣食起居、醫藥供奉、器物製作等皆在其屬下，因此是宮廷事務的總管。漢武帝以後，其職權日益縮小，但是其下屬尚書署作為皇帝的機要秘書處則權勢不斷提高，後來終於脫離少府，獨立成尚書台，分科辦事。
執金吾：秦時稱為中尉，漢武帝時改稱為執金吾。掌管京師地區的戍衛治安。皇帝出巡則為前導。
將作大匠：秦時稱為將作少府，漢景帝時改稱為將作大匠。主管宮室、宗廟、陵寢的土木建築工程。
水衡都尉：漢武帝時設置，掌管上林苑及諸池航政。
司隸校尉：漢武帝時設置，領兵千餘人，職權很大，專門糾察包括丞相在內的京城官員，並且能夠領兵督捕。後來罷其兵，職權與各州刺史相同，但級別高於刺史。
太子太傅：太子太傅、太子少傅的級別與諸卿同，除了教授太子之外還主管太子家政，領導太子詹事府。東漢時廢去，但魏晉以後又恢複。
皇後三卿：即中宮詹事、大長秋、中宮衛尉，有時太後也設三卿或一卿。主管中宮和太後宮的內務、政事、保衛等工作。
九卿在施政過程中與丞相府的關係比較複雜。他們雖然在名義上屬於丞相領導（初時由丞相總領，後改由三公分領），但在上奏皇帝方麵又保持著相當的獨立性。多數情況下，九卿可以不通過丞相，越級向皇帝打報告，並直接獲得皇帝的詔旨。
由上可知，雖然三公九卿製的行政體製在管理國家政務與管理皇室事務的機構上，沒能明確地區分開來，但已經初步構成了中央政府行政體製的基本框架。
二. 隋唐的三省六部製與集體宰相製
三省六部製有兩個特點：第一，宰相權力被分割削弱，實行集體宰相製。隋唐以前，獨相居多，有時置左右二相，相權比較集中。隋唐之際，擔任宰相的通常有四五人，最多可達十七人，集體在政事堂議事。分割相權，防止權臣篡位。到唐中期後，相權又被進一步分割與轉移。第二，機構完備，分工嚴密。尚書六部，每部四司，共二十四司，分曹共理，職掌政令，也部分負責實際事務。另外，還有秘書省、殿中省、內侍省及九寺、五監，各負其責，中樞決策機關、行政機關與事務機關、監察機關分工明確。這種嚴密分工與秦漢時期的三公九卿的混沌設置相比更為清楚合理。（《中國古代法律300題》，上海古籍出版社）