顯而易見，朱元璋的這些規定，就把軍、民的行動範圍嚴格地限製在百裏之內。
1386年（洪武十九年），朱元璋又兩次下手令加強對臣民的限製；第一次手令，是關於裏甲、鄰裏互相知丁的義務以及對逸夫（無業遊民）連坐法的規定；第二次手令是針對流動人口、手工業者和商人的，其目的是對這些流動人口進行規範和限製。朱元璋將路引製和裏甲製有機地結合起來，加強了對各類人口的管理和控製，有利於鞏固封建統治秩序和社會的安定。
明朝建立後，統治階級內部的矛盾日益顯露，除封建社會固有的皇權與相權、皇權與將權的矛盾之外，在統治階級內部還存在著淮西集團和非淮西集團，南人和北人之間的激烈鬥爭，除此之外，還存在著封建文人與新王朝之間的鬥爭。這一矛盾在洪武一朝表現得尤為突出，這和朱元璋的經曆有著緊密的關係。朱元璋出身貧苦，完全憑著個人的聰明才智、個人的奮鬥闖蕩江湖，才平定天下並做上皇帝的，所以他十分自信，甚至自信到剛愎自用的程度。他稱帝以後，逐漸顯露出，他由一乞食遊僧而當上至尊無上的皇帝，在內心的深處有一種隱隱作怪的自卑心理，低微和高貴的反差，使他常常神經過敏。由貧苦農民出身的皇帝，最怕別人瞧不起他，怕那些投降過來的臣民武將對他不服，又怕那些跟他南征北戰的戰友們對他不忠，還怕那些有知識的儒士們不肯為他所用，這種自卑的心理始終伴隨著他，他幾乎無時無刻不與之抗爭，尤其是朱元璋又是個權欲極重的人，他絕不允許人們染指皇權，這種背景和複雜的心理不僅激化了他與丞相、功臣之間的矛盾，而且也導致了洪武朝的文化專製。
2.以專製控製人
大家知道從秦朝以來，曆代統治者無不推行文化專製政策，朱元璋也不例外。可以說在秦始皇之後，明初的文化專製是十分嚴厲的一次，帶有濃重的血腥氣息，儒士在肉體上和精神上，都受到極其嚴重的推殘，這是一種嚴厲的控製術。
朱元璋的時代，儒家思想被確立為官方的意識形態，已有一千五百年，曆時既久，深入人心，朱元璋自然也要高舉這麵大旗。明朝剛一建立，就下令以最高規格在國子學祭孔子，還派人到曲阜孔廟致祭。朱元璋說：“孔子之道，廣大悠久，與天地並立，所以後世統治天下的人，莫不致敬盡禮，隆重祭祀。”作為孔子的嫡係後裔，曆代冊封的衍聖公可以說是孔子在世上的代表。朱元璋登上皇位不久，就派人宣召孔子第五十五世孫、元朝冊封的衍聖公孔克堅入朝，孔克堅稱病，讓兒子孔希學代自己入京，朱元璋很不高興，給孔克堅寫了一封措辭嚴厲的親筆信，說：“我率領中原士人，驅逐了胡虜，安定了華夏，雖說是平民出身，可漢朝的高祖，就是由平民而登上帝位的。你無病稱病，慢待朝廷，是不可以的。”孔克堅見信惶恐，急忙入朝，朱元璋對他十分優待，說：“你的祖宗闡明先王之道，立教經世，萬世之下，維護君臣、父子關係，都要依賴他的教誨。”他賜給孔克堅六千頃土地、住宅一所，每月給祿米二十石。
朱元璋提倡閱讀儒家經典，他把儒家思想的要旨概括為“敬天”、“忠君”、“孝親”三項，認為“君能敬天，臣能忠君，子能孝親，則人道立矣”。他讓儒臣按照這三項標準，輯錄儒家經典中的有關論述，書編成後賜名《精誠錄》，他還說：《五經》是記載聖人之道的，就像糧食一樣，每家都不可缺少。人沒有糧食，就沒有吃的，不讀《五經》、《四書》，就不會明白道理。
朱元璋宣揚“敬天”，是要表明明王朝的建立是天意的體現，他是“奉天以君臨兆民”，即代上天治理億萬百姓，所以敬天的目的還是為了尊君。至於“忠君”，則宣傳“君為臣綱”、“為臣竭忠”，即要求臣民們無條件地服從君主的絕對意誌。倡導“孝親”，是因為儒家一向認為，“君子之事親孝，故忠可移於君”，也就是說，“孝”是“忠”的基礎，正如朱元璋所說：“如果一家之內，長幼都能安守本分，事事循理，這個家庭就治理好了。各家都治理好了，在此基礎上治國平天下，也就輕而易舉了。”
因為從社會底層奮鬥出來的朱元璋性情頗為褊狹和固執，他不能容忍任何權威踞於自己之上，所以在對待孔孟的態度上，他表現得非常獨特。孔子在前代一向是通祀天下的，朱元璋建國後雖用最高規格祭祀了孔子，心中卻有些怏快，他覺得孔子不曾做過帝王，給的禮遇太高了，有違君臣之大體。為了突出皇帝身份的至高無上，洪武四年（1371年），朱元璋借京城文廟落成之機，下令讓儒臣們討論祭孔禮儀，並表明了自己的看法以作為議禮的綱領，這就是取消全國各地普遍祭孔的做法。以後祭禮隻在曲阜舉行。詔旨一出，舉朝震驚，儒臣們紛紛上書，謂“孔子垂教萬世”，“集群聖之大成”，理當通祀天下。朱元璋見反對意見太強烈，深知孔子在民眾心中的崇高地位，也就不敢貿然行事，隻好收回成命。
打孔子的主意不成，朱元璋又打起孟子的主意。他閱讀《孟子》時，見到“民為貴，社稷次之，君為輕”，“君視臣如草芥，則臣視君如寇仇”等話，不由得怒火中燒，拍案罵道：“使此老在今日，豈可免我一刀！”他降下詔旨，說孟子的這些話不是臣子應當說的，下令將孟子牌位撤出孔廟，不得配享。他還宣布，敢有以此事進諫者，以大不敬論。刑部尚書錢唐挺身而出，跪在宮門外，要求進見皇帝。朱元璋讓人傳諭說：“誰敢提孟子的事，朕就親手射死他。”錢唐說：“臣為孟子而死，死有餘榮。”錢唐入宮走向朱元璋所在的奉天殿。朱元璋一箭射中錢唐左臂，錢唐不肯停步。朱元璋再發一箭，射中錢唐右肩，錢唐還是不肯停步。朱元璋憤怒，發箭射向錢唐胸部，錢唐摔倒在地，但還是向著禦座爬行。朱元璋見錢唐為了孟子不怕死，真有些感動，讓人把錢唐抬出去治傷。雖饒了錢唐一命，但孟子配享的事，他仍不肯放棄。過了一陣子，欽天監奏稱天上文星昏暗，有些迷信的朱元璋害怕這是因為孟子的緣故，就下令把孟子的牌位放回孔廟。朱元璋心裏總覺不是滋味，後來還是讓人刪節《孟子》成《孟子節文》，共刪去85條，保留170來條，那些帶有君民本色的話都被從書中清除掉。
朱元璋雖知道治理天下離不開讀孔孟之書的儒士們，而大力招攬選拔，可在自己心裏，他是很瞧不上這些人的，常常加以摧辱誅殺。中國古代在改朝換代的時候，士人們無不麵臨著是為舊朝盡忠、還是為新朝效力的矛盾與痛苦，明初的士人們，抉擇尤難。因為朱元璋標榜“忠君”，可這“忠君”在他手裏是柄雙刃劍，可以兩麵傷人。你若堅持不肯出仕，那麼就是對新君不忠，理應受到懲處；可你若是歸順了新朝，又是對舊君不忠，理應受到折辱。如果士人不在舊朝滅亡時自殺殉國，是無法擺脫這種兩難困境的。
元朝著名學者危素，做過參知政事、禮部尚書、嶺北行省左丞，主持過《宋史》、《遼史》和《金史》的編纂工作。明軍攻破大都時，他想跳井殉國，被一位僧人救起。歸順明朝後，朱元璋知道他有才學，任命他為翰林侍講學士，後又兼弘文館學士，還經常向他請教元朝滅亡的經驗教訓，讓他起草《皇陵碑》等文稿。但因危素是個降臣，朱元璋覺得他對元朝不忠，對他心存鄙夷。有一天，朱元璋召危素到東閣，危素不知朱元璋坐在屏風後麵，走路的聲音重了些，朱元璋問：“是誰？”危素答：“老臣危素。”朱元璋諷刺說：“我還當是文天祥來了。”
元順帝有一頭大象，會在殿庭中舞蹈朝拜，被運回南京。有一天，朱元璋宴請群臣，讓人把大象牽來，可大象就不肯起舞。朱元璋命人把大象牽出去殺了，又認為大象有“不事二主”之誌。第二天，他讓人製作了兩塊木牌，一塊寫著“危不如象”，一塊寫著“素不如象”，掛在危素兩肩上，以示羞辱。禦史們也跟著起哄，彈劾危素是亡國之臣，不宜留在皇帝左右，朱元璋遂把危素發到和州，去給為元朝盡忠而死的餘闕守廟，危素不久就鬱悶而死。
危素是因為歸順了新朝而有罪，可不肯歸順的也要受到懲罰。無錫有一位叫錢仲益的人，讀書過目成誦，16歲時就考中舉人，曾做過元朝的杭州路錄事。明朝建立後，朱元璋幾次派人征召，他都不肯出來。朱元璋讓人把他鎖拿進京，將他的右手釘在木板上造成終生殘疾。名儒戴良在朱元璋攻取浙東時，曾被征聘授官，但他不久就溜走了。明朝建立後，他一直隱姓埋名，但還是被人訪到，征召到南京，授以官職。他以老病為由，不肯接受，後又尋機溜走。朱元璋對這位大名士不再客氣，派武士訪拿，捉到後用鐵絲穿入鎖骨，牽回南京，這位七十六歲的老翁不堪折磨，痛楚而死。江西貴溪儒士夏伯啟叔侄二人，為了表示不仕的決心，各自剁去左手大拇指，朱元璋認為他們這樣做是對自己“反元為君，意有不然”，下令將二人梟令處死，抄沒家產。蘇州儒士姚叔閏、王諤不肯奉詔入京做官，朱元璋也予以梟令抄家的處罰。朱元璋還宣布：“寰中士夫不為君用，是外其教者，誅其身而沒其家，不為之過。”