盡管金融體製改革初見成效，順利完成了第一項基本任務，建立了獨立於財政的金融體係，但作為市場微觀主體的金融機構在當時仍然麵臨一係列問題，以銀行業為例，主要表現在：1.不良貸款過高。如2003年底，四大國有商業銀行的不良貸款率達20.4％，股份製商業銀行平均不良貸款率為7.7％，城市商業銀行為15.0％。2.資本金不足。如2003年底，中國工商銀行的資本充足率為5.52％，而中國農業銀行的資本充足率估計僅為4％。3.經營效率低下。中國銀行業的成本／收入比率遠遠高於國際平均水平，員工和分支機構的創利能力差。4.風險審核係統和風險管理係統技術落後。中國風險管理監管力度及技術相對落後，製約了銀行開拓高回報的業務渠道。5.信息科技落後。
主要表現在數據處理中心互不兼容，不同銀行間不能有效處理及共享信息資源。
麵對加入wro後外資金融機構競爭的威脅，為了建立更完善的中國金融體係，建立有效的金融市場微觀主體並與經濟體製改革中的宏觀層次相配合，我國開始對金融機構進行企業化改造，力圖使之成為真正的市場主體。由此，金融體製改革進入了第二階段。
第二階段金融體製改革從2003年開始，進入金融結構市場化取向的企業化改造，目的在於除金融機構自身經營需要外，更要提高資源配置的效率。這一階段金融體製改革主要內容是完成上述第二項基本任務，即金融機構的企業化改造，形成金融機構商業取向的企業自負盈虧、自擔風險機製。銀行企業化改革作為金融體製改革的重要組成部分，有利於宏觀經濟穩定化。
於2004年開始的金融機構企業化改造這個總目標被分解為三個目標，首先，實現財政與銀行的關係以出資額為限的有限責任機製（公司製）。實現這一目標的主要措施是剝離國有商業銀行壞賬，國家向銀行注資以及建立符合商業銀行經營要求的資產負債表。其次，完善銀行的內在運行機製，建立良好的公司治理結構。具體的措施是引進國外戰略投資者，進行股份製改造，建立董事會並由董事會聘任管理層。最後，強化外部監管，建立獨立於政府的第三方專業監管。具體措施是成立銀行業監督管理委員會，強化以資產負債比為主要內容的專業監管。這三個目標的實現標誌著金融機構企業化改造的成功和金融體製改革第二項基本任務的完成。中國銀行和中國建設銀行的股份製改造是這一任務完成過程中具有裏程碑式的事件。
中國金融體製改革展望
中國金融體製改革的未來重點：
金融體係融資方式
利率市場化
人民幣國際化
金融業分業經營和混業經營
農村金融
麵對國際金融體係的不斷變化和新形勢，展望未來中國金融體製改革，有五個問題將成為關注的焦點。
關於金融體係融資方式問題
我國金融體製改革是以直接融資為主還是間接融資為主，這是金融體係特征問題，它反映了未來金融體製改革的目標。當前金融體製改革中存在市場結構問題。以資本市場發展為例，2006年我國資本市場發展較好，融資規模和增長速度也上了一個台階，通過股票市場的融資是5600億元，發行企業債券1015億元，直接融資為6600億元。而當年銀行新增貸款3.6萬億元，直接融資和間接融資的比例是18：82，也就是在企業的資金來源裏，直接融資占18％，來自銀行的間接融資占82％。這個比例說明中國企業的直接融資比重過低，低於發達國家70％左右的水平。即使以間接融資模式為主的德國，銀行貸款也隻有60％多；英國資本市場比較發達，間接融資的比重更是不到30％。
形成目前這種以間接融資為主的主要原因在於我國人均收入低，資本短缺。
同時企業借入資本經營對銀行來說技術門檻較低，間接融資成本也低，風險控製簡單。這在我國經濟發展的初級階段是符合國情的，隨著國民收入的提高和經濟的快速發展，居民的純消費行為就會轉化為消費加投資，他們需要為多餘的錢尋找投資渠道，在這種情況下，直接融資的發展就有了客觀的條件和必要。
現在我國以間接融資為主，但未來哪種融資結構更適用，值得進一步研究，目前在這個問題上還沒有完全達成共識。從實際情況看，中國的公司法更多反映的是德國的法律體係，主要是有限責任體係，中國的證券法則帶有更多的美國色彩。經濟體製改革要建成公司製的現代企業，如果公司製是股份製的話，我們企業的結構就要發生變化，不再是有限責任，更多的是變成股份有限，那麼，金融結構也要轉變成和直接融資為主相對應的結構。