水利工程檔案在工程建設和管理中的利用，水工建築物，除了施工用的臨時建築以外，其他都是永久性建築物。由於建築物本身所處的自然條件的特殊性和其所擔負功能的特殊性，它必須保證在長期的使用和運行當中不發生事故或少發生事故。但是，也正是由於它的這些特殊性，使其更容易受到自然條件和外力的影響，狀態隨時都在變化。如：由於壓力水、衝磨、水質侵蝕以及設計、施工不夠完善，管理運用不當，都會發生缺陷。如果在運行管理中發現問題不及時養護維修或進行加固處理，定會使缺陷加重加大，影響建築物的安全運行，嚴重的會導致失事。因此，為保證水工建築物的安全運行，充分發揮並提高其工程效益，延長工程的使用壽命，必須認真做好工程設計、施工、養護維修等工作。而工程檔案是做好這些工作的必要條件，因此，它的利用率較之其他諸如房屋建築等檔案也就要高得多。
係統科學的管理好水利工程檔案，隻有完整、準確、係統的檔案，才能滿足工程建設、工程管理工作對檔案利用的要求，而做好檔案管理工作是提供利用的基礎和保證。因此，必須重視並做好檔案的管理工作。
（1）領導重視檔案工作是管好用好檔案的關鍵。科技檔案管理是單位科技、生產管理的重要組成部分，領導應加以重視和關注，使其在製度上、裝備上、人員配備上得到支持和保證，使檔案工作能真正發揮其職能和作用。
（2）製定檔案管理規章製度，使檔案工作納入科技、生產管理之中，把科技檔案的形成、積累、整理工作形成製度，並與個人的經濟利益掛鉤。即工程設計或施工或竣工，項目負責人在資料形成的過程中對資料的收集和整理負責；之後，又必須對檔案進行鑒定、整理，並完整地移交檔案室，憑移交單才能報銷或結算差旅費、出差補貼費。檔案工作人員也必須時時督促和指導檔案的收集、整理工作，一旦發現問題，及時更正。這樣，使科技資料從產生和形成的那一刻起就有人對它的收集、整理、歸檔以及完整性、準確性負責。
（3）科學管理工程檔案，將工程按性質和項目進行分類，在任務下達時就同步進行。即由項目負責人到檔案室領取工程檔案號（工程總號、分類號、袋卷號），使之在設計過程中就反映在設計文件和每一張設計圖紙上。無須再作另外的處理，隻要按檔案號進行清點後（一個檔案號也就是一個案卷），填寫卷內目錄，著錄、登記完畢即可按號上架，進入提供利用工作。
當以上工作完成之後，科技人員利用檢索工具查找到所需檔案，隻要把檔案號（也是索取號）告訴檔案員，數分鍾之內即可準確無誤地提供給對方。
（4）實現檔案管理現代化是社會發展的必然趨勢，引進計算機技術對檔案進行自動化管理元疑是使原有管理的方法和手段更上一層樓。同時，隨著CAD技術在工程設計中的運用，檔案管理對象也由傳統的紙質文件轉向多媒體管理。因此，檔案管理現代化不僅是實現檔案的加工、存貯、檢索計算機化，更應該是向著數字化、局域網方向發展。