三是認為麥哲倫在島上進行侵略活動，被當地居民殺死。北京大學曆史係的《簡明世界史》、嚴中明的《論麥哲倫》、李永順的《究竟應該怎樣評價麥哲倫之死》、1982年第4期《課外學習》、1988年第1期《曆史大觀園》等都這樣認為。著名的《不列顛百科全書》也說：“1521年4月27日，麥哲倫在馬克坦島上與當地人作戰時被殺。”
當麥哲倫一行來到宿務島時，富庶的島嶼立即引起了麥哲倫極大的興趣，他決心把這個異國的島嶼變成西班牙的殖民地。在宗教外衣的掩護下，麥哲倫用武力強令當地的酋王胡馬波納皈依基督教，並讓他起誓服從於西班牙國王。可是離宿務島不遠的馬克坦島上的小酋王拉普拉普對胡馬波納的卑劣行徑惱怒萬分，發誓要誅死一切投降者，並對麥哲倫的一切警告不屑一顧，聲稱他不會放棄原來的信仰，並且也絕不服從入侵他的國家的陌生人來任意擺布。麥哲倫得知後，憤怒到了極點，當即決定派兵攻打馬克坦島。恣意妄為的麥哲倫認為對手不過是一群草寇，因而沒有讓經驗豐富的軍官參戰，同時也拒絕了降服於他的幾位其餘部落的頭領提出幫忙的請求。他匆匆地招集了60名誌願者，其中大多缺乏作戰經驗的士兵、普通水手、廚師、侍從等，便氣勢洶洶地撲向了馬克坦島。誰料到，拉普拉普手下的人都是些驃悍善戰的勇士。結果，馬克坦人把這些西班牙航海者殺得大敗，麥哲倫本人及其7名隨從在激戰中被殺。著名作家西爾弗伯格在《最遙遠的航行》一書中詳細記錄了麥哲倫在馬克坦島被殺死的最後慘景：
“麥哲倫掙紮著要抽出佩劍，忽又被另一個持長矛的土著人刺中右臂，迫使他右手剛把劍拔出一半便動彈不得。此時，麥哲倫已失去了進攻力，隻能靠著左手的盾牌和皮戈費塔、亨裏克以及另外的兩位衛兵來護身。他們緊攏著左手，試圖移成方陣殺出重圍，逃到深水裏去。但是土著人揮舞著刀劍，避過對方的盾牌，猛砍西班牙人的下半身。突然，一把短彎刀重重地砍在麥哲倫的左腿，麥哲倫的臉部立刻痛苦地抽搐起來，緊接著便一頭栽到海水裏。攻擊者們馬上團團圍了上來。麥哲倫費力地抬起頭睜開雙眼，好像在看他的士兵是否已經完全脫身。但是霎時間，麥哲倫便在馬克坦人一陣長矛亂戳和彎馬亂砍之下而葬身魚腹了。”