(4)有毒有害物質汙染。有毒有害元素主要是指汞、鎘、鉛、砷、氟等，這類元素在機體內蓄積，超過一定的量將對人與動物產生毒害作用，引起組織器官病變或功能失調等。畜禽產品中的有毒有害物質來源廣泛：（1）自然環境因素，有的地區因地質地理條件特殊，在水和土壤及大氣中某些元素含量過高，導致其在動植物體內積累，如生長在高氟地區的動植物，其體內含氟量過高。（2）畜禽產品、飼料加工、貯存、包裝和運輸過程中的汙染，在使用機械、容器、管理及加入不純的食品添加劑或輔料，均會導致有害元素的增加。例如罐頭食品中錫含量增加，加工皮蛋時添加氧化鉛為輔料，導致皮蛋中含鉛量增高等。（3）在飼料中過量添加某些元素，以達到促生長目的，如在飼料中添加高劑量的銅、砷製劑等。（4）由於農藥化肥及工業"三廢"汙染，如發生在日本的"骨痛病"、"水俁病"，是由於工業排放含鎘和汞汙水，通過食物鏈進入人體引起的。
(5)農藥殘留。農藥殘留係指用於防治病蟲害的農藥在食品、畜禽產品中的殘留;這些食品中農藥殘留進入人體後，可積累或貯存在細胞、組織、器官內。農藥在防治病蟲害、去除雜草、控製人畜傳染病，提高農畜禽產品的產量與質量等方麵起著積極作用，但由於使用農藥的量及品種的不斷增加，加之有些農藥不易分解，如六六六、滴滴涕等，使農作物、畜禽、水產等動植物體內受到不同程度的汙染，通過食物鏈的富積作用，危害人體的生命與健康。農藥對畜禽產品的汙染途徑主要是通過飼料中的農藥殘留轉移到畜禽。在生產玉米、大豆、豆粕等飼料原料中不正確使用農藥，易引起農藥殘留，據日本高知衛生研究所調查，由於有機氯農藥在飼料中的殘留高，使牛肉有機氯農藥殘留最高，其次為雞，再次是豬。
2.2畜牧業生產中的環境汙染問題
畜牧生產的重大意義在於它為廣大消費者生產出豐富的肉蛋奶的同時，為其他農業生產提供了大量寶貴的有機肥料。近年以來，我國化肥施用量不斷增加，但化肥投入效果呈下降趨勢，其原因與有機肥的施用量急劇減少有關。有機肥具有改良土壤性質與持久平衡養分，改善農產品品質的作用。長期施用氮肥，土壤磷鉀大量虧損。有機肥對緩解我國化肥供應中氮、磷、鉀肥比例失調，解決磷鉀資源不足，促進養分平衡都有重要作用。但我們常常看到另外的一種情景是在高度集約化、規模化養殖場，大量的有機肥不能有效的處理和利用，卻成為汙染環境的一大汙染源，使城鄉居民的生活受到嚴重威脅，其它農業生產也在一定程度上受到損害。據對某地區444個大中型豬場的調查，沒有經過處理而直接排放廢水的豬場占97.7%，這說明豬場的廢水對環境的汙染相當嚴重。畜牧場排放的廢棄物，對環境的汙染與危害不利於畜牧業的綠色食品生產和持續發展。
畜牧場產生的各種廢棄物及汙染物質進入大氣、水、土壤後，以它們或昆蟲為媒介達到損害人體和動物體的健康。這些汙染物汙染有以下幾個方麵：
（1）生物病源汙染 生物病源包括細菌、病毒、寄生蟲，它們有的通過水體，有的通過空氣傳染或寄生於動物和人體，有的通過土壤或附著於農產品進入體內。
(2)惡臭的汙染 畜牧場惡臭主要是將大量的含硫、含氮化合物和碳氧化合物排入大氣與其它來源的同類化合物一起對人和動植物直接產生危害，特別是影響人的嗅覺，使人感到異常不舒服。這些惡臭物質也可直接或通過轉化進入水體和土壤，造成土壤酸化，水的腐化。
(3)畜牧場大量的蚊蠅滋生 大量蚊蠅滋生，四處亂飛，令周邊居民和本廠職工惡心厭惡。蚊蠅攜帶大量的致病微生物，對人和動物造成潛在的危害。
(4)畜牧場排出的糞便汙水 畜禽糞便汙染水體，引起一係列綜合危害，如：水質惡化不能飲用;水體富營養化造成魚類等水生動植物的死亡;湖泊的衰退與沼澤化;沿海港彎的赤潮等等。不恰當使用糞便汙水，也易引起土壤汙染及食物中的硝酸鹽亞硝酸鹽增加。