(5)糞便汙水中有毒有害元素及農藥、抗生素等物質對水體、土壤的汙染，通過食物鏈進入人體。這樣的危害會隨著生產者對抗生素、有害元素、農藥的濫用而增加。
3、發展綠色畜禽產品的方法與途徑
綠色食品生產的標準不僅包括生產、加工，而且還延伸到包裝、運輸、銷售環節，即所謂"從土地到餐桌"的一係列過程，不僅隻注重生產加工過程，而且還關注最終產品的質量衛生標準。根據以上原則，在畜禽養殖中需要做到以下幾個方麵：
(1)選好畜禽綠色食品生產基地，確保基地生態環境優良
基地生態環境良好是進行綠色食品生產的前提，它包括基地大氣質量、畜禽飲用水質量和土壤質量等均應符合標準，為避免可能的汙染，基地必須遠離工礦企業，基地無地球生化病，無傳染病。
(2)飼料原料來自綠色食品生產基地
飼料生產普遍存在一個問題，其原料的來源廣而雜，原料的汙染與殘留難以監控。因此，綠色食品生產標準要求飼料必須有比較固定的原料產地，而產地是綠色食品生產基地。
(3)在飼養中，飼料、畜禽品的加工、運輸、包裝中嚴格操作規程，嚴格使用激素、抗生素、添加劑和獸藥。
(4)大力開發和應用有利無害的有益微生物、天然物中草藥等製劑有益微生物製劑通過改善畜禽腸道環境，減少有害病菌的作用，達到促進畜禽的生長發育、改善品質、降低廢棄物的排出;天然物中草藥製劑的功用廣泛，具有增強免疫、抗應激、抗微生物、驅蟲、增食、增蛋、催肥、催乳、疾病防治、飼料保藏、防腐等效果。它們都有共 同優點：不殘留、無毒副作用、安全，因此加強有益微生物、中草藥製劑在畜牧生產中的應用，將有助於減少激素、抗生素、獸藥等的使用，從而有利於人體的健康。
(5)加強飼養管理，注重畜禽福利，減少或杜絕畜禽疾病的發生良好的飼養管理，注重畜禽福利，有助於降低畜禽患病的機率，從而減少獸藥、抗生素等的使用。
(6)確保畜禽最終產品達到綠色食品衛生標準如果這一點沒做到，一切努力都白費，因此，需確保畜禽產品安全到"餐桌"。
(7)合理處理與利用生產中帶來的廢棄物，保持當地的優良環境，使畜牧生產得以持續發展。
4、轉基因生物技術與綠色食品畜禽產品生產
90年代以來，經遺傳修飾的生物得到長足進展，轉基因生物技術在農業上的應用，加快了農作物和畜禽的改良速度。一些抗病蟲、抗逆性的作物品種的出現對減少農業生產中農藥化肥的使用，促進農作物的高產、穩產、優質具有積極意義;通過提供豐富、優質、無毒殘留的玉米、大豆等飼料原料，將有利於飼料工業的發展，有利於綠色食品畜禽產品的生產;家畜禽品種的改良及生物醫藥的發展為減少獸藥及抗生素、激素等添加劑大的使用，提供了廣闊的前景。轉基因生物技術將大幅度地提高農作物和畜禽產品的數量與質量。
但轉基因生物技術還是一個"新生兒"，轉基因生物在應用中仍存在許多問題。由於轉基因生物生產的各方麵經驗不足造成生產者的經濟損失，以及轉基因生物潛在的，包括生態係統的破壞及人類安全在內的風險，使得轉基因生物從產生到應用一直是有爭議的問題。因此，轉基因生物能否最終在農業上廣泛接受與應用，其技術能否最終成為推動畜牧業綠色食品大發展的關鍵技術，還有待於進一步的研究與實驗。
5、結語
綠色食品是世界食品的發展方向。經曆了英國瘋牛病、香港禽流感和二惡（口旁+惡）英汙染飼料等等事件，人們對這類食品的安全性更加重視。歐共體已決定從2000年開始廢除和禁止在飼料中使用抗生素和化學合成物。因此進一步開發使用無毒無副作用的有益微生物、天然中草藥等製劑，越來越受重視。入關以後，我國的畜牧業生產將受到很大的衝擊，畜牧生產者應轉變隻求數量不求質量的觀念，大力發展高質量健康綠色食品，從而提高自身的競爭力，這是生產者在市場競爭中戰勝對手的必然選擇。