4、缺乏專門的境外非政府組織監管機構
我國對非政府組織實行“歸口登記、分級管理、雙重負責”的管理模式。但是，這種管理體製沒有細分登記管理機關和業務主管單位之間的監管職責，許多在華境外非政府組織不願注冊登記而遊離於法律和主管部門的監管之外。這種分割的格局使地方政府對境外非政府組織缺乏信息了解和掌控，根本無法進行有效監管。因此，急需建立全國統一的非政府組織登記管理和執法信息係統，設立專門的境外非政府組織的歸口監管機構，指導、管理和協調境外非政府組織的在華活動。據北京大學中國政府創新研究中心主任俞可平估計，在中國至少有300萬未登記的社會組織，近九成民間組織處於“非法狀態”。
5、政府采購不足製約境外非政府組織的活動
借助於非政府組織在公共服務和福利提供方麵的民間優勢來彌補政府公共服務和福利提供的不足，是國際上一種通行的做法。盡管我國已經於2002年通過了《政府采購法》，且已經有了政府向非政府組織委托管理和采購服務的實踐，但是，非政府組織向社會提供的公共服務還沒有被納入政府采購的範圍之內。這使得在我國的絕大部分境外非政府組織很難從政府獲得資金支持，既製約了政府對非政府組織的有效的監督和管理，也不符合公共管理在社會服務和福利領域的多元化趨勢，更使得其接受大量境外資金的資助並受控於資助方。
6、財政稅收政策不完善
我國現行的非政府組織稅收政策，在內容上基本沿襲了1994年前的稅收政策，在形式上沒有形成比較統一、完善的非政府組織稅收體係，對非政府組織的稅收優惠規定還難以落到實處，已經遠遠不能適應非政府組織發展的需要。我國目前的稅收政策對非政府組織的服務性和經營性收入的征稅規定並不十分明確，既不利於確保非政府組織的非營利性，又不利於非政府組織獲得社會公眾的認同和政府的信任，從而影響非政府組織的發展、壯大。稅務部門應運用稅收杠杆發揮對非政府組織的監管，但現實中發揮作用很小。
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基金項目：2013年度河北省社會科學基金項目《境外非政府組織的政府管理研究》（HB13ZZ008）