1.補償方式：從補助供方為主，轉為供需方補助並重，專項經費實行供方補助。補供方還是補需方是衛生經濟界長期爭論的問題。事實上，無論是直接補供方，還是通過補需方來間接使供方得到補償，財政政資源最終都是流入醫療服務供方，所不同的是在此過程中形成的利益激勵機製和行為的不同，由此也帶來補助效果和效率的差異。一般來說，補供方具有便利組織實施的優勢，但缺點是容易陷入低效率的陷阱，且易造成受益目標不明確，同時需要用較強的管理手段來保證公立醫院按政策提供服務；而補需方則有利於保證需方的自由選擇權，供方也有充分的經營自主權，供方獲得經濟補償取決於費者，從而對供方形成競爭壓力，但缺點是醫療機構繼續靠收費運轉，沒有從根本上解決醫院收費激勵和運行機製的問題，仍將難以控製醫療費用。
2.補償範圍：從按人頭經費補助向按工作績效分類補助轉變。即對同一區域不同類別的醫院，分類測算確定補助水平，按績效補助，專項補助實行項目庫管理。（1）政府補償範圍應與列入市場補償的範圍和醫院的性質相匹配；（2）規範醫保費用的結算；（3）建立預算績效評價製度。
3.補償標準或額度：從按人頭計算向按醫院收入與區域內平均社會成本的差額計算轉變。
要破解公立醫院逐利背後的製度體係，必須從公立醫院逐利的源頭做起，加大財政投入，調整價格體係。隻有這樣，才能有效遏製公立醫院的逐利動機，從而在根本上減少公立醫院的逐利行為。隻有這樣，才能使各項針對公立醫院經營行為的監管措施具備實施的前提條件。例如嚴格控製公立醫院的藥品、材料收入，規範公立醫院在藥品購銷、設備添置上的行為，改革公立醫院院科兩級核算體係。
隨著各項醫保製度的推進，醫保在公立院收入中的份額越來越高。醫保可以逐步替代財政和物價的角色，對醫院的行為發揮引導作用，通過直接補貼醫生收入的方式發揮類似財政保證醫生基本工資的作用，通過按服務量、按病種的支付方式改革淡化項目價格概念從而發揮類似物價調整的作用。從這個意義上說，對於那些在財政和物價上難以有所作為的地區，解決這一問題實質上取決於醫療保障體係建立和完善的速度。醫保先行然後才有公立醫院的補償機製和運行機製的改革，才能遏製公立醫院的逐利行為，才能真正讓公立醫院回到公益性道路上來。提高運營效率是公立醫院獲得政府補助、降低病人負擔、維護良好形象的前提。公立醫院要吸取先進企業管理的成功經驗，提高醫院運營效率。醫院的首要任務是要在一定的預算下維持基本運營和實現基本職責，提供質優、便捷、適宜、可及的高質量服務。因此，公立醫療機構要時刻牢記其公益目標，注重製度和流程的創新和完善，采取切實措施從嚴控製支出，著力在提高運營效率上取得新成效。
醫保先行，然後才有公立醫院的補償機製和運行機製的改革，才能遏製公立醫院的逐利行為，才能真正讓公立醫院回到公益性道路上來。任何一個成功的醫院管理者，都會在兩個方向上做最大的努力，一是改善醫院硬件條件，壯大硬實力，二是加強醫院學科建設，增強軟實力。改善硬件條件，需要增加設施設備支出；加強學科建設，需要增加人頭費支出。
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