1.7預算編製方法單一問題。很多醫院都采用傳統的全麵預算編製方法，基本上的模式是有上年完成數+增長率，運用現代預算編製方法如動態預算法、零基礎預彈性預算法等比較少，預算程序效率較低。
1.8全程性不足問題。醫院全麵預算不僅要製定完畢然後執行，還要監控執行的全過程，當出現問題的時候進行及時的預算調控。而一些醫院存在的問題是沒對預算執行情況係統進行分析和監控，沒有把醫院科室核算與預算執行考察有機地結合，沒有建立必須的責任會計核算體係，使得預算失去其最根本的作用，質量比較低。
1.9沒能做到所有成員都參與問題。醫院全麵預算管理應關注各個組成部門的協調性，合理配置資源，結合從下到上、從上到下兩個過程，聚集所有員工參與編製過程。當前很多醫院隻中重視財務的收入和支出的量化預算而忽略非財務性的非量化預算。
2醫院全麵預算治理管理方法
2.1明確醫院全麵管理的理念。目前醫院發展的重要形式和完善醫療質量的重要方法是全麵預算管理。主要的流程是建立其戰略性位置的理念，在統一理念後，然後再確定發展方向，增強其核心競爭能力使得預算管理的計劃監督和執行力得到更好的發揮，使醫院得到更好的發展。
2.2建立分級預算管理組織體係。醫院預算目標的根本保證是全麵的預算管理。醫院需要建立一個由所有科室都涵蓋的全麵預算管理機構，該機構是一個有著一定的決策能力的全麵預算管理組織。該組織體係有三級，第一級組織體係主要包括院長和有關的科室主任，第二級組織體係主要包括計劃財務部門主任和科室人員，第三級組織體係主要包括醫院職能科室人員，每個科室都有對應的預算管理工作人員。每一級組織體係都有各自的相應的職能。
2.3確立合理科學預算的編製方法。要實現科學性與合理化，醫院預算編製第一步要平衡收支，用收入額確定支出額，以前幾年的收支情況為參考，結合當前的具體情況，突出重點，統籌兼顧。第二步要按不同的口徑在多個層次上分類核算，可按工作量、患者性質、病鍾、科室、項目等在不同角度和層次上製定出預算管理的具體方法。
2.4構建醫院全麵預算考評機製。在管理中，醫院全麵預算考評機製的作用是承上啟下作用。為建立完整的預算考評機製，各部門按全麵預算對資源的分配和調控的完成情況和進度製定出相關的考核標準和核查製度。要把全麵預算管理列入醫院的業績考核體係內，監督控製全麵預算管理的實施全程，一步一步加強預算效果的考評，並在該基礎上不斷發展。考評的結果要對員工起到較大的監督和鼓勵作用，要同醫院績效考核相聯係。
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