那時候因《新青年》上文學革命的鼓吹，而我們認識留美的胡適之君，他回國後，即請到北大任教授。胡君真是“舊學邃密”而且“新知深沉”的一個人，所以一方麵與沈尹默、兼士兄弟，錢玄同，馬幼漁，劉半農諸君以新方法整理國故，一方麵整理英文係；因胡君之介紹而請到的好教員，頗不少。
我素信學術上的派別，是相對的，不是絕對的；所以每一種學科的教員，即使主張不同，若都是“言之成理持之有故”的，就讓他們並存，令學生有自由選擇的餘地。最明白的，是胡適之君與錢玄同君等絕對的提倡白話文學，而劉申叔、黃季剛諸君仍極端維護文言的文學；那時候就讓他們並存。我信為應用起見，白話文必要盛行，我也常常作白話文，也替白話文鼓吹；然而我也聲明：作美術文，用白話也好，用文言也好。例如我們寫字，為應用起見，自然要寫行楷，若如江艮庭君的用篆隸寫藥方，當然不可；若是為人寫鬥方或屏聯，作聯飾品，即寫篆隸章草，有何不可？
那時候各科都有幾個外國教員，都是托中國駐外使館或外國駐華使館介紹的，學問未必都好，而來校既久，看了中國教員的闌珊，也跟了闌珊起來。我們斟酌了一番，辭退幾人，都按著合同上的條件辦的。有一法國教員要控告我；有一英國教習竟要求英國駐華公使朱爾典來同我談判，我不答應。朱爾典出去後，說：“蔡元培是不要再做校長的了”，我也一笑置之。
我從前在教育部時，為了各省高等學堂程度不齊，故改為各大學直接的預科；不意北大的預科，因曆年校長的放任與預科學長的誤會，竟演成獨立的狀態。那時候預科中受了教會學校的影響，完全偏重英語及體育兩方麵；其他學科比較的落後，畢業後若直升本科，發生困難。預科中竟自設了一個預科大學的名義，信箋上亦寫此等字樣。於是不能不加以改革，使預料直接受本科學長的管理，不再設預科學長。預科中主要的教課，均由本科教員兼任。
我沒有本校與他校的界限，常為之通盤打算，求其合理化。是時北大設文理工法商五科，而北洋大學亦有工法兩科；北京又有一工業專門學校，都是國立的。我以為無此重複的必要，主張以北大的工科並入北洋，而北洋之法科，刻期停辦。得北洋大學校長同意及教育部核準，把土木工與礦冶工並到北洋去了。把工科省下來的經費，用在理科上。我本來想把法科與法專並成一科，專授法律，但是沒有成功。我覺得那時候的商科，毫無設備，僅有一種普通商業學教課，於是並入法科，使已有的學生畢業後停止。
我那時候有一個理想，以為文理兩科，是農工醫藥法商等應用科學的基礎，而這些應用科學的研究時期，仍然要歸到文理兩科來。所以文理兩科，必須設各種的研究所；而此兩科的教員與畢業生必有若幹人是終身在研究所工作，兼任教員，而不願往別種機關去的。所以完全的大學，當然各科並設，有互相關聯的便利。若無此能力，則不妨有一大學專辦文理兩科。名為本科，而其他應用各科，可辦專科的高等學校，如德法等國的成例，以表示學與術的區別。因為北大的校舍與經費，決沒有兼辦各種應用科學的可能，所以想把法律分出去，而編為本科大學；然沒有達到目的。
那時候我又有一個理想，以為文理是不能分科的。例如文科的哲學，必植基於自然科學；而理科學者最後的假定，亦往往牽涉哲學。從前心理學附入哲學，而現在用實驗法，應列入理科；教育學與美學，也漸用實驗法，有同一趨勢。地理學的人文方麵，應屬文科，而地質地文等方麵屬理科。曆史學自有史以來，屬文科，而推原於地質學的冰期與宇宙生成論，則屬於理科。所以把北大的三科界限撤去而列為十四係，廢學長，設係主任。
我素來不讚成董仲舒罷黜百家獨尊孔氏的主張。清代教育宗旨有“尊孔”一款，已於民元在教育部宣布教育方針時說他不合用了。到北大後，凡是主張文學革命的人，沒有不同時主張思想自由的；因而為外間守舊者所反對。適有趙體孟君以編印明遺老劉應秋先生遺集，貽我一函，後約梁任公、章太炎、林琴南諸君品題；我為分別發函後，林君複函，列舉彼對於北大懷疑諸點，我複一函，與他辯；這兩函頗可窺見那時候兩種不同的見解，所以抄在下麵：（略）
這兩函雖僅為文化一方麵之攻擊與辯護。然北大已成為眾矢之的，是無可疑了。超四十餘日，而有“五四”運動。我對於學生運動，素有一種成見：以為學生在學校裏麵，應以求學為最大目的，不應有何等政治的組織。其有年在二十歲以上，對於政治有特殊興趣者，可以個人資格，參加政治團體，不必牽涉學校。所以民國七年夏間，北京各校學生，曾為外交問題，結隊遊行，向總統府請願；當北大學生出發時，我曾力阻他們，他們一定要參與；我因此引咎辭職。經慰留而罷。到八年五月四日，學生又有不簽字於巴黎和約與罷免親日派曹、陸、章的主張，仍以結隊遊行為表示，我也就不去阻止他們了。他們因憤激的緣故，遂有焚曹汝霖住宅及攢毆章宗祥的事，學生被警廳逮捕者數十人。各校皆有，而北大學生居多數；我與各專門學校的校長向警廳力保，始釋放。但被拘的雖已保釋，而學生尚抱再接再厲的決心，政府亦且持不做不休的態度，都中喧傳政府將明令免我職而以馬其昶君任北大校長，我恐若因此增加學生對於政府的糾紛，我個人且將有運動學生保持地位的嫌疑，不可以不速去。乃一麵呈政府，引咎辭職，一麵秘密出京，時為五月九日。