那時候學生仍每日分隊出去演講，政府逐隊逮捕，因人數太多，就把學生都監禁在北大第三院。北京學生受了這樣大的壓迫，於是引起全國學生的罷課，而且引起各大都會工商界的同情與公憤，將以罷工罷市為同樣之要求。政府知勢不可侮，乃釋放被逮諸生，決定不簽和約，罷免曹、陸、章，於是“五四”運動之目的完全達到了。
“五四”運動之目的既達，北京各校的秩序均恢複，獨北大因校長辭職問題，又起了多少糾紛。政府曾一度任命胡次珊君繼任，而為學生所反對，不能到校；各方麵都要我複職。我離校時本預定決不回去；不但為校務的困難，實因校務以外，常常有許多不相幹的纏繞，度一種勞而無功的生活，所以啟事上有“殺君馬者道旁兒；民亦勞止，汔可小休；我欲小休矣”等語。但是隔了幾個月，校中的糾紛，仍在非我回校，不能解決的狀態中，我不得已，乃允回校。回校以前，先發表一文，告北京大學學生及全國學生聯合會，告以學生救國，重在專研學術，不可常為救國運動而犧牲。到校後，在全體學生歡迎會演說，說明德國大學學長校長均每年一換，由教授會公舉；校長且由神學醫學法學哲學四科之教授輪值；從未生過糾紛；完全是教授治校的成績。北大此後亦當組成健全的教授會，使學校決不因校長一人的去留而起恐慌。
那時候蔣夢麟君已允來北大共事，請他通盤計劃，設立教務總務兩處：及聘任財務等委員會，均以教授為委員。請蔣君任總務長，而顧孟餘君任教務長。
北大關於文學哲學等學係，本來有若幹基本教員，自從胡適之君到校後，聲應氣求，又引進了多數的同誌，所以興會較高一點。預定的自然科學，社會科學，文學，國學四種研究所，止有國學研究所先辦起來了。在自然科學與社會科學方麵，比較的困難一點。自民國九年起，自然科學諸係，請到了丁巽甫，顏任光，李潤章諸君主持物理係，李仲揆君主持地質係；在化學係本有王撫五，陳聘丞，丁庶為諸君，而這時候又增聘程寰西，石蘅青諸君。在生物學係本已有鍾憲鬯君在東南西南各省搜羅動植物標本，有李石曾君講授學理，而這時候又增聘譚仲逵君。於是整理各係的實驗室與圖書室，使學生在教員指導之下，切實用功；改造第二院禮堂與庭園，使合於講演之用。在社會科學方麵，請到王雪艇，周鯁生，皮皓白諸君；一麵誠意指導提起學生好學的精神，一麵廣購圖書雜誌，給學生以自由考索的工具。丁巽甫君以物理學教授兼預科主任，提高預科程度。於是北大始達到各係平均發展的境界。
我是素來主張男女平等的，九年，有女學生要求進校，以考期已過；姑錄為旁聽生。及暑假招考，就正式招收女生。有人問我：“兼收女生是新法，為什麼不先請教育部核準？”我說“教育部的大學令，並沒有專收男生的規定；從前女生不來要求，所以沒有女生；現在女生來要求，而程度又夠得上，大學就沒有拒絕的理。”這是男女同校的開始，後來各大學都兼收女生了。
我是佩服章實齋先生的，那時候國史館附設在北大，我定了一個計劃，分征集纂輯兩股；纂輯股又分通史，民國史兩類；均從長編入手，並編曆史辭典。聘屠敬山、張蔚西、薛閬仙、童亦韓，徐貽孫諸君分任征集編纂等務。後來政府忽又有國史相獨立一案，別行組織。於是張君所編的民國史，薛、童、徐諸君所編的辭典，均因篇帙無多，視同廢紙；止有屠君在館中仍編他的蒙兀兒史，躬自保存，沒有散失。
我本來很注意於美育的，北大有美學及美術史教課，除中國美術史由葉浩吾君講授外，沒有人肯講美學，十年，我講了十餘次，因足疾進醫院停止。至於美育的設備，曾設書法研究會，請沈尹默，馬叔平諸君主持。設畫書（法）研究會，請賀履之、湯定之諸君教授國畫；比國楷次君教授油畫。設音樂研究會，請蕭友梅君主持。均聽學生自由選習。
我在愛國學社時，曾斷發而習兵操，對於北大學生之願受軍事訓練的，常特別助成；曾集這些學生，編成學生軍，聘白雄遠君任教練之責，亦請蔣百裏、黃膺伯諸君到場演講。白君勤懇而有恒，曆十年如一日，實為難得的軍人。
我在九年的冬季，曾在歐美考察高等教育狀況，曆一年回來。這期間的校長任務，是由總務長蔣君代理的。回國以後。看北京政府的情形，日壞一日，我處在與政府常有接觸的地位，日想脫離。十一年冬，財政總長羅鈞任君忽以金佛郎問題被逮。釋放後，又因教育總長彭允彝君提議，重複收禁。我對於彭君此舉，在公議上，認為是蹂躪人權獻媚軍閥的勾當；在私情上，羅君是我在北大的同事，而且於考察教育時為最密切的同伴，他的操守，為我所深情，我不免大抱不平。與湯爾和、邵飄萍、蔣夢麟諸君會商，均認有表示的必要。我於是一麵遞辭呈，一麵離京。隔了幾個月，賄選總統的布置，漸漸的實現；而要求我回校的代表，還是不絕，我遂於十二年七月間重往歐洲，表示決心；至十五年，始回國。那時候，京津間適有戰爭，不能回校一看。十六年，國民政府成立，我在大學院，試行大學區製，以北大劃入北平大學區範圍，於是我的北京大學校長的名義，始得取銷。
綜計我居北京大學校長的名義，十年有半；而實際在校辦事，不過五年有半，一經回憶，不勝慚悚。