Western免疫印跡是另一種免疫學方法，抗原成分先用SDS－PAGE分開，轉移到膜上，然後與抗體反應，該方法曾用於罐頭食品中細菌毒素分析，組織中是否存在牛源性CNS成分及PrPSc鑒定。該方法與ELISA相比有幾個優勢，第一是蛋白經SDS－PAGE彼此分開並且與其他成分分開，所以不需硫酸按沉澱，可用於經SDS固化的熱處理蛋白的分析，另外易於幹擾抗體結合的明膠也與其他蛋白分開，本方法檢測限可達lng/ml，免疫印跡法是一種重要的免疫學方法，可鑒定特異蛋白種類，使用特異性抗體可鑒別哺乳動物蛋白，並將禁止蛋白與允許蛋白分開。
2.2.2毛細管電泳（CE）是在毛細管中以很高電壓進行電泳，這樣可以快速分離，提高清晰度及自動化程度。SDS聚合物充填的毛細管凝膠電泳（CE－SDS）用於鑒別肉蛋白的動物種類，肌質蛋白的CE－SDS圖譜可用於動物種類的定量及定性特異性分析，但尚未用於加熱肉類的分析。
2.2.3IEFIEF是另一種蛋白電泳方法，廣泛用於魚種鑒別，尿素等電聚焦電泳（UREA－IEF）用於鑒別粗加工及熱處理的魚類，受熱處理影響很小，牛肌球蛋白的熱穩定性曾用IEF進行分析，可檢測0.01mg/ml肌球蛋白，溫度升高及時間延長，肌球蛋白凝膠強度減弱。
3組織鑒定方法
3.1骨組織鑒別骨組織較普遍存在於動物性粉中。不象其他組織，骨組織可耐受熱處理，是飼料分析的目標之一。飼料鏡檢廣泛應用於反芻動物飼料中哺乳動物的檢測，作為一種簡單便利的方法收入AOAC官定方法，通過觀察，可以區分哺乳動物、禽類和魚類。該方法需要相當有經驗的檢驗員，骨片段的檢測限在0.1％以下，可定量，但該方法本身不能區分動物的種類。
3.2BSE及BSE相關組織分析上述一些方法是食品中動物成分檢測分析的一般方法，除此而外，還有一些旨在檢測BSE特征性的組織成分，主要是中樞神經組織（CNS），也有一些檢測脫病毒相關蛋白PrPSc的方法。
3.2.1牛CNS組織分析BSE通過神經組織擴散，對食品中CNS組織存在的分析顯得特別重要。已有肉產品中CNS檢測方法的報道，神經元特異性的烯酸化酶抗原對勻漿及高壓熱處理穩定。應用抗烯醇化酶抗原的單克隆及多克隆抗體的Western印跡方法，可以從香腸中檢出豬肉中含1％～4％的牛腦成分。去除樣品中脂肪組織靈敏度進一步增強，應用單克隆抗體可檢測0.25％的腦組織。更特異性的牛CNS分析方法是檢測膠質纖維酸性蛋白，作為肉牛血及肌肉組織中CNS組織的標誌物，在骨骼肌、血凝塊及坐骨神經中檢出少量或不能檢出，相反在CNS各部分均能大量檢出。
3.2.2檢測朊蛋白BSE診斷主要依賴於組織學分析，另一種方法是應用ELISA檢測PrPSc。PrPc分子的抗蛋白酶核心位點的抗體應用於檢測正常及BSE動物的腦組織中PrPc的含量，對天然組織，兩組差異很小，但當加熱及異硫氰酸胍處理後，ELISA可將牛腦勻漿物中BSE特異性的PrPSc與PrPc區分開來，無明顯臨床症狀的BSE感染動物可被檢出，經對朊蛋白Western印跡法檢測牛及羊朊病毒蛋白的靈敏度、特異性及可靠性進行分析，證明該方法是有效的。
4小結
本文介紹了當前食品和飼料中動物性成分和動物種類鑒別的3種途徑，即DNA、蛋白質和相關組織分析法，其中DNA分析方法具有明顯優勢。但到目前為止，以檢測飼料中牛源性成分的方法居多，動物種類鑒別方法以PCR－RFLP分析給出比較豐富的信息。能否設計出反芻動物特異性的PCR方法，特別是反芻動物甚至哺乳動物特征性的快速定量方法乃是今後此類研究之趨勢。