佐·阿·布托外長認為巴基斯坦是戰爭中的勝判者，因為它奪取的領土比丟失的領土要多，而《塔什幹宣言》規定雙方將軍隊撒回到戰前位置，這就意味著巴基斯坦放棄在戰場上得到的東西。因此，他強烈反對阿尤布·汗總統簽署《塔什幹宣言》，並為此總統遞交了辭呈。
1月11日，剛剛簽署完《塔什幹宣言》的印度總理夏斯特裏，尚未來得及返回印度，就因心髒病突發而死於塔什幹。佐·阿·布托譏諷他是樂極生悲。
《塔什幹宣言》簽署以後，佐·阿·布托外長與阿尤布·汗總統之間的分歧日漸嚴重，並且公開化。1966年6月，阿尤布·汗總統終於接受了布托的辭呈。布托與阿尤布·汗從同僚共事到政治上決裂，並不僅僅是由於在《塔什幹宣言》上的歧見，而是有一係列深層的政治原因的。
阿尤布·汗1958年10月上台執政時，由於結束了巴基斯坦獨立後長達11年的政治混亂局麵而受到人民的擁護。上台後他采取措施禁止政黨活動，嚴懲違法犯罪行為，整飭吏治，實行具有本國特色的基本民主製；在經濟上進行土地改革，開展綠色革命，鼓勵私營工業發展，因而使巴基斯坦出現了較長時期的政治穩定和經濟繁榮的局麵，得到了人民的擁護，受到了國內外的普遍好評。
然而，隨著時間的推移和社會的發展，在阿尤布·汗執政的後期，他已不能滿足人民的要求，落後於時代，因而遭到社會各階層越來越強烈的反對。阿尤布·汗由受到人民擁護最後發展到遭到人民唾棄，主要原因是他將個人專權長期化，在國內政治局勢穩定後，不僅不推行和擴大民主化，反而壓製民主要求，鎮壓政治上的反對派，實行獨裁統治；經濟政策的推行雖促進了經濟的快速增長，但卻導致了嚴重的兩極分化，使廣大人民群眾的實際生活水平下降。因此，巴基斯坦國內反對阿尤布·汗的運動到1967年進入高潮。從1968年冬開始，形成了全國性的打倒阿尤布·汗運動。在反對阿尤布·汗的旗幟下，持有不同政見的各種政治勢力聯合起來，工人罷工和學生運動此起彼伏，形成了強大的政治壓力。
佐·阿·布托與阿尤布·汗決裂後，便投身於建立民主政治、反對阿尤布·汗獨裁統治的群眾運動中。由於布托受過良好的教育，知識淵博，且年輕有為，精力過人，律師職業又使他思維敏捷，能言善辯，因此很快就在群眾中產生了重要影響，成為著名的政治人物。貝娜齊爾·布托在父親辭去外長職務後，曾同他一起乘外長專列由臨時首都拉瓦爾品第返回老家拉卡納。沿途她目睹了群眾運動中激動人心的場麵和她父親所受到的歡迎，耳濡目染了巴基斯坦的政治鬥爭，對民主等政治詞語有了初步的理解。
為了卓有成效的開展政治鬥爭，佐·阿·布托決定建立自己的政黨。經過在知識分子、青年學生、工人和農民中廣泛的宣傳和組織活動，布托結識了一些誌同道合的追隨者，並以他們為骨幹，於1967年11月30日，在拉合爾建立了巴基斯坦人民黨，布托任該黨主席。
人民黨建立後，推出了自己不同於巴基斯坦以往其它政黨的獨具特色的綱領。黨綱首先把信仰伊斯蘭教作為人民黨和巴基斯坦國家的最高指導思想，宣傳穆斯林為了伊斯蘭事業可以貢獻自己的生命，在全國徹底實行伊斯蘭教所規定的民主、自由、平等、容忍和社會公正的原則；在經濟上主張實行社會主義，對工業和金融業等實行國有化。在農村進行土地改革，使無地和少地的農民獲得土地；實行勞工、教育和婦女改革，從而實現社會平等，結束貧窮、饑餓和剝削，使每個人都有自己所需要的麵包、衣服和住房；在政治上主張建立議會民主製，擴大公民的民主權利，公民在法律麵前一律平等，地位和機會人人均等。
作為一位傑出的政治家，佐·阿·布托善於抓住人民群眾關心的問題，提出的綱領口號切中時弊，因而深受人民的歡迎。他還針對巴基斯坦社會發展落後，交通、通訊不發達、文盲眾多的特點，深入窮鄉僻壤，向中下層群眾進行宣傳，成為巴基斯坦與下層群眾直接對話的第一位政治家。布托在人民中的威望越來越高，人民黨的聲勢也越來越大，參加者日眾。布托在卡拉奇克裏夫頓70號的家也成了人民黨的支部辦公室，每天都有許多人來排隊報名參加人民黨。為了幫助父親的政黨工作，隻有14歲的貝娜齊爾和11歲的妹妹薩娜姆·布托也都報名加入了人民黨，成為人民黨最年輕的黨員。1986年5月，當貝娜齊爾·布托當選為人民黨並列主席時，雖然隻有33歲，但卻是具有與人民黨存在一樣長時間黨齡的老黨員了。她親身經曆了人民黨的全部曆程，所以在她父親死後，她能成為人民黨當之無愧的領袖。
1968年10月，西巴的大學生舉行和平示威，要求進行教育改革，減少學費，改革考試製度，改善學習條件，廢除限製學生活動的各種法令。由於當局不答應學生們的要求，逐漸釀成暴力活動，並波及到各個行業。工人罷工，農民暴動，各反對黨公開反對阿尤布·汗政權，軍隊也發生動搖，形成了全國性的打倒阿尤布·汗運動。麵對人民民主運動的高漲，阿尤布·汗政權采取高壓政策，1968年11月，逮捕了主要反對黨人民黨主席布托及其它反對派政治家。當局的這一行動如火上澆油，導致全國性的社會動蕩，政局更加惡化。
這時，貝娜齊爾即將完成中學學業，麵臨中學畢業綜合考試和每年12月舉行的大學升學考試。為了讓她安心複習功課，順利通過考試；貝娜齊爾的母親努斯拉特·布托夫人將她一個人留在卡拉奇克裏夫頓70號的家裏溫習功課，自己帶著三個孩子趕往拉吉爾，向高級法院起訴，要求當局無條件釋放自己的丈夫。努斯拉特還冒著危險，組織和率領數以萬計的群眾上街遊行示威，要求釋放布托。
佐·阿·布托雖身陷囹圄，但仍牽掛著長女的學業和前途。他從監獄裏給貝娜齊爾寫信說：“我知道你讀了大量的書，但你應該多讀一點文學和曆史，你要讀什麼書家裏都有。讀一讀關於拿破侖·波拿巴的書，他是現代曆史上最先關的人。讀點關於美國革命和亞伯拉罕·林肯的書，讀一下約翰·裏德寫的《震撼世界的十天》和有關俾斯麥、列寧、阿塔土爾克①以及毛澤東的書，讀點印度古代史，尤其要讀伊斯蘭教的曆史。”
布托為女兒開列的書目，都是改變了世界曆史的人物的傳記以及本民族曆史和宗教方麵的書。他想讓女兒從對曆史的學習中，汲取營養，總結曆史的經驗教訓，以史為鑒，培養和鍛煉自己的政治才幹，樹立遠大的政治抱負。他在信中又不無預感地鼓勵女兒說：“我非常自豪能有這麼一個聰明的女兒，15歲就考大學了，比我那時還小三歲。照這個速度，你或許會成為總統的。”
知女莫若父，布托的這個預言20年後果真成為現實。1988年12月，貝娜齊爾·布托年僅35歲，便當選為巴基斯坦的政府總理，比她父親擔任總統時還小八歲。由於佐·阿·布托執政後於1973年修改憲法，將總統製改為兩院議會製，總理成為握有實權的政府首腦。所以他在預言中所說的總統與貝娜齊爾後來擔任的總理實際上是一回事。
為了減輕對獄中父親的擔心，貝娜齊爾埋頭學習，跟每天來家輔導的老師一次又一次地複習功課。晚上則和菲菲、薩米婭、法蒂瑪等朋友到離家不遠的信德俱樂部玩耍。貝娜齊爾以緊張的學習和玩耍來迫使自己不去想獄中的父親，但這很難做到，她越來越渴望同家人團聚。妹妹薩娜姆打來電話，告訴她，母親為抗議當局監禁父親，每隔兩三天就組織婦女舉行一次遊行。有好幾次警察用竹棍驅散了遊行隊伍。為防止阿尤布·汗的防暴警察施放催淚彈，母親讓每位示威者帶上塑料袋裝濕毛巾。這令貝娜齊爾又為母親擔心。
1968年12月，各地騷亂風起雲湧，示威者都要求阿尤布·汗辭職，釋放布托和其他政治犯。就在這如火如荼的日子裏，貝娜齊爾在卡拉奇克裏夫頓區的梵帝岡使館參加了大學的入學考試。她報考的是聞名世界的美國哈佛大學的拉德克利夫學院。
考試結束後，貝娜齊爾如釋重負，她立即回到家人身邊，準備為營救父親而戰鬥。使他們意外的是阿尤布·汗正在此時釋放了人民黨的領導人。
在慶賀勝利的遊行中，貝娜齊爾同父親乘坐敞蓬汽車在遊行的人群中緩慢行駛。人們高呼“布托萬歲！”“再推一把，牆就倒了！”布托鼓動他的支持者。正在此時，一個殺手向布托開了槍。布托對貝娜齊爾和薩娜姆喊道：“蹲下去！”萬幸的是殺手的手槍卡殼了，憤怒的群眾將凶手打得死去活來。這次有驚無險的經曆一連幾個月索繞在貝娜齊爾的心頭，她第一次領略了政治的殘酷。
為了繼續推動反阿尤布·汗運動的發展，布托等人民黨領導人進行了絕食鬥爭。大批群眾對絕食鬥爭從道義上、政治上給予堅強的支持，他們紛紛要求阿尤布·汗辭職。
席卷全國的抗議浪潮終於迫使阿尤布·汗於1969年3月25日下台。他將權力移交給陸軍參謀長葉海亞·汗。巴基斯坦依然處於軍法管製之下。
1969年4月，貝娜齊爾收到美國哈佛大學拉德克利夫學院校方的來信。校方提醒布托，說貝娜齊爾剛16歲，太年輕了，建議她等一年再去上學。但布托堅持要貝娜齊爾立即入校，並請在美國的朋友、哈佛大學經濟學教授、美國前駐印度大使約翰·肯尼思·加爾布雷思從中幫助。校方終於同意貝娜齊爾1969年秋入校。
1969年8月底，年僅16歲的貝娜開爾告別了克裏夫頓70號，在家人的護送下飛往美國哈佛大學拉德克利夫學院求學。