對於一個新生的國家來說，最重要的是要有一個能夠保持國家政治穩定的具有權威的政府。巴基斯坦獨立後11年裏無休止的政治混亂，使人民感到厭倦。當政客們無力解決國家麵臨的問題時，軍人登上了政治舞台。
1958年10月，貝娜齊爾·布托5歲的時候，她的祖國發生了一場重大的政治變革。自1951年起一直擔任陸軍總司令的軍方最高領導人穆罕默德·阿尤布·汗，把伊斯坎德爾·米爾紮總統趕下台，對全國實行軍法管製，自任總統，開始了他對巴基斯坦長達十年多的統治。
阿尤布·汗統治時期，巴基斯坦政局出現了十年的相對穩定，經濟發展成就顯著。也正是從這個時期開始，貝娜齊爾·布托的父親佐·阿·布托初露鋒芒，仕途上一帆風順，平步青雲。
1958年10月，阿尤布·汗政府建立伊始，剛到而立之年的佐·阿·布托就受到阿尤布·汗總統的賞識，被任命為政府的商業部長，成為當時巴基斯坦曆史上最年輕的內閣部長。以後布托又先後擔任過少數民族事務部長，國家建設和新聞部長，燃料、電力和天然資源部長，克什米爾事務部長，1963年1月至1966年6月任外交部長，被阿尤布·汗總統視為親信和知己。
1962年10月，巴基斯坦政府與中國政府就邊界問題在北京開始舉行談判。佐·阿·布托擔任外長後，於1963年2月26日訪問中國，受到毛澤東主席、劉少奇主席、周恩來總理的親切接見，並與周恩來總理、陳毅副總理舉行了會談。3月2日，布托外長在北京與中國副總理兼外交部長陳毅分別代表兩國政府正式簽訂了《關於中國新疆和由巴基斯坦實際控製其防務的各個地區相接壤的邊界協定》。邊界協定的簽訂是中巴友誼的一個重要的裏程碑，標誌著中巴關係發展到一個新的、更高的階段，是不同社會製度國家之間友好地解決相互關係中的問題、推誠相見的光輝範例。佐·阿·布托先生為發展巴中兩國的友好關係作出了貢獻。
佐·阿·布托仕途上的成功與繁忙並沒有影響他對子女們的熱心和教育，他無論在世界上什麼地方，總要打電話詢問孩子們的學習情況。叮囑他們一定要把學習抓好。為了對貝娜齊爾進行全麵的培養，布托總是鼓勵她多了解一些世界，並不時帶她外出旅行或出席各種活動，以增長見識，接受政治和外交的熏陶。
1963年11月22日，美國第三十五屆總統約翰·肯尼迪在得克薩斯州達拉斯市遇刺身亡。這一震驚世界的事件發生時，貝娜齊爾正好與她父來一起乘坐外長的私人專列旅行。布托得到消息後，立刻叫醒熟睡中的貝娜齊爾，急切地告訴她美國總統被刺殺的消息，並讓貝娜齊爾坐在他身旁，與他一同聽取有關約翰·肯尼迪遇害的最新公報。貝娜齊爾當時隻有10歲，雖然她還不能完全弄懂這件事情的含意，但政治的殘酷卻在她幼小的心靈裏留下了陰影。16年後，她的父親作為政治家也死於非命，貝娜齊爾更親身體驗到了政治鬥爭的無情。
佐·阿·布托為了讓子女們了解世界，增長見識，也時常讓他們見一見來巴基斯坦訪問的外國代表團。
1964年2月，周恩來總理和陳毅副總理率中國政府代表團對巴基斯坦進行友好訪問。作為外交部長，佐·阿·布托全程陪同中國代表團。自從一年前他代表巴基斯坦政府在北京與中國政府簽訂了中巴邊界協定，他便與中國領導人建立了友好的個人關係。在那次訪問中，毛澤東主席親切地接見了他，並把一項解放帽作為個人禮品送給他。布托先生十分珍視這一禮物，把它掛在自己的更衣室裏，並且經常在孩子麵前稱讚中國革命和它的領導人毛澤東。這次當周恩來總理和陳毅副總理來訪時，布托便邀請他們到家裏坐客，把全家介紹給客人，並設家宴款待貴賓。貝娜齊爾這時隻有11歲，為了見她父親所稱的“中國的重要人物”，她特地穿上了父親從紐約給她買回來的最漂亮的衣服。周恩來總理學識淵博，和藹可親，貝娜齊爾很快就喜歡上了這位中國總理，並在以後的歲月裏一直保持著對周恩來總理和鄧穎超的友好感情。臨別前，周恩來總理和陳毅副總理夫婦與布托全家合影留念，貝娜齊爾就站在周恩來總理和陳毅副總理的中間，留下了珍貴的曆史鏡頭。
1965年，正在巴基斯坦北部茉莉山區一所住宿學校學習的12歲的貝娜齊·布托，親身經曆了第二次印巴戰爭。與印度的關係、從巴基斯坦獨立起直到貝娜劑爾·布托當政的今天。一直是巴基斯坦外交上的最重要的課題，第二次印巴戰爭與發生在1947年10月的第一次印巴戰爭一樣，都是圍繞克什米爾的歸屬問題而發生的。
克什米爾全稱查謨和克什米爾，位於喀喇昆侖山這南的喜馬拉雅山區，地勢高峻，是中亞細亞的心脅，與印度、巴基斯坦、阿富汗和中國接壤，具有極端重要的戰略意義，麵積21萬平方公裏，現有人口500多萬。
在英國人統治印巴次大陸時期，查謨和克什米爾是英屬印度最大的土邦之一。1947年，英國推出印巴分治的“蒙巴頓方案”。根據方案將英屬印度分為印度和巴基斯坦兩個國家，分別建立在印度教徒占多數的地區和穆斯林占多數的地區。方案中明確規定了由英國人直接統治的11個省份的歸屬，但對於由印度王公統治而英國保有宗主權的土邦，則規定由它們自行決定加入印度或巴基斯坦，或是成為獨立的國家。因此，土邦的歸屬成為印巴兩國政府鬥爭的焦點。特別是查謨和克什米爾土邦，與印巴兩國都接壤，戰略地位險要，對印巴兩國的國防上都有重要的價值，因此它的歸屬問題成為印巴兩國矛盾的焦點，兩國都勢在必得。
查謨和克什米爾居民中，77％是穆斯林，20％信奉印度教。但由於土邦的上層統治者信奉印度教，因而土邦內部穆斯林群眾與上層的王公貴族之間由於宗教信仰不同而對歸屬問題產生嚴重分歧。發生了激烈的衝突，並導致印度和巴基斯坦兩國卷入衝突，於1947年10月發生第一次印巴戰爭。
第一次印巴戰爭延續達15個月之久。1948年8月和1949年1月，聯合國印巴委員會先後通過關於克什米爾停火和公民投票的決議，印巴雙方均表示接受。1949年l月雙方正式宣布停火，7月劃定了停火線。戰後，巴基斯坦實際控製地區約占克什米爾地區總麵積的2/5，人口約占1/4；印度實際控製地區約占總麵積的3/5，人口約占3／4。此後印巴兩國關於克什米爾問題的爭執一直懸而未決，成為兩國關係的隱患。
1965年，印巴兩國圍繞克什米爾問題關係又趨緊張。8月，克什米爾印占區的穆斯林，為反抗印度的統治和教派迫害，發動了大規模的武裝抵抗。印度政府派出大批軍警對反抗的穆斯林群眾進行鎮壓，並公然破壞印巴兩國1949年劃定的停火線，派軍隊入侵巴基斯坦實際控製區，對巴基斯坦進行武裝挑釁。
8月25日，印軍向巴基斯坦控製區的烏裏地區發動大規模進攻。巴基斯坦軍隊在奮起抵抗印軍進攻的同時，向烏裏地區以南的印占克什米爾的查摸地區發起反擊，直逼查謨城下。印軍為解查謨之危，便把戰火引向克什米爾地區以外。9月6日晨，印軍越過邊界，大舉進攻巴基斯坦的拉合爾和錫亞爾科特地區，由克什米爾爭端引發的第二次印巴戰爭全麵爆發。
戰爭爆發後，9月7日至9日，印軍進一步擴大戰火，又先後進攻東巴的卡裏幹則和西巴的海德拉巴地區，雙方軍隊展開激戰。為配合地麵戰鬥，印巴雙方還出動空軍相互襲擊對方的空軍基地和重要城鎮。印度空軍還空襲了巴基斯坦的臨時首都拉瓦爾品第，並在拉瓦爾品第、卡拉奇和東巴的吉大港等地實施空降作戰。巴基斯坦軍隊則進行了英勇的反擊。
在戰爭激烈進行的時候，作為巴基斯坦伊斯蘭共和國外交部長的佐·阿·布托，率團飛往聯合國，在國際講壇上闡述巴基斯坦政府對克什米爾問題一貫的原則立場：即通過談判解決爭端，按照聯合國以往的決議，通過舉行全民投票讓克什米爾人民充分享有自決權，自由決定其未來。佐·阿·布托強烈譴責印度對巴基斯坦的侵略，呼籲同際社會采取行動製止印度的侵略行徑。布托在聯合國內外的外交活動，為巴基斯坦爭得了廣泛的同情和支持，為聯合國安理會最後通過停火決議，使印巴雙方結束戰爭作出了不懈的努力。
年僅12歲的貝娜爾·布托，也經受了戰爭的鍛煉。當時她和8歲的妹妹薩娜姆·西瑪·布托正在巴基斯坦北部茉莉山區的一所住宿學校學習。由於茉莉山正好位於一條從克什米爾通往巴基斯坦內地的道路上，因此它極有可能遭到印軍的進攻。為了預防不礎嘛和瑪利亞女修道院的修女們讓學生們作好充分的準備，建立了掩蔽所，並進行防空演習、當時這所學校裏有很多政府官員和高級軍官的女兒，為了避免一旦落入印軍手中暴露身份，貝娜齊爾和這些同學們互相以假名相稱，並把這當成一種樂趣。她們既對戰爭的威脅恐懼不安，又對可能發生在眼前的戰爭情景進行種種幻想。
令她們感到慶幸的是戰火並沒有燒到她們學校。9月23日，聯合國安理會通過決議，使印巴雙方宣布停火。燃燒了近一個月的戰火終於停息了。
戰後、在蘇聯部長會議主席柯西金的“斡旋”和倡議下，巴基斯坦總統、陸軍元帥阿尤布·汗與印度總理拉爾·巴哈杜爾·夏斯特裏於1966年1月4日至10日在蘇聯南部城市塔什幹舉行會晤。經過談判，雙方就解決兩國武裝衝突與恢複正常的和平關係等問題達成協議。1月10日，印巴雙方共同簽署了《塔什幹宣言》。宣言共九點，主要構容是印巴兩國同意遵照聯合國憲章，不使用武力而是通過和平手段解決爭端；在1966年2月25日以前，雙方把全部武裝人員撤回到1965年8月5日前各自所在的陣地；兩國關係要建立在互不幹涉內政原則的基礎之上；雙方不搞旨在反對另一方的宣傳。采取切實措施恢複兩國間的經濟貿易關係，交通和通訊聯係以及文化交流；雙方互相遣返戰俘；繼續進行多種級別的對話以討論兩國間的有關問題。