按住院床日付費製度是指在住院治療中，根據病情嚴重程度和治療進展情況，對疾病進行分類和分段，在嚴格測算基礎上，製定各級（類）醫院、各類疾病和各時間段的每床日付費標準，病人出院後按實際發生費用和規定補償比（補償政策）與醫療機構結算，經辦機構以實際住院天數的規定付費標準和實際補償比與醫療機構結算的一種付費製度。
基金支付額大於醫院實際墊支額的，大於部分歸醫院所得；基金支付額小於醫院實際墊支額的，原則上由醫院負擔。市經辦機構按月對各定點服務機構住院費用進行審核，並按基金應支付額的90%-95%比例撥付，年終考核後進行決算。
三、支付方式改革的實施要點
（一）製定方案，全麵覆蓋
2011年下半年開始，通過信息管理係統，挖掘曆年數據信息，結合2012年度基金總量、補償方案和主要經濟指標增長幅度，製定形成了《常熟市居民基本（農村合作）醫療保險支付方式改革2012年實施方案（試行）》。本市定點服務機構2012年開始，門診實施總額預付，住院實施按床日、按病種付費混合支付方式。支付方式改革醫療機構覆蓋率達到100%、住院病例覆蓋率達到100%。實施方案的製定，堅持和貫徹了結合實際動態調整原則、兼顧多方利益確保持續發展原則、強化質量監管保證服務水平原則的三項基本原則。
（二）宣傳培訓，加強監管
全市加強支付方式改革的組織領導，做好宣傳改動，強化定點醫療機構考核。在具體實施推進中，堅持結合實際，對支付標準進行動態調整；堅持激勵與約束並重，合理確定基金支付水平，充分調動醫務人員積極性，使醫療機構獲得合理補償；堅持強化質量監管，確保實施支付方式改革後醫療機構服務內容不減少，服務水平不降低，實現優質服務和控製費用不合理上漲的雙重目標等基本原則。
（三）係統改造，費用結算
支付方式改革實施後，市農村合作醫療管理中心和蘇州嘉華軟件公司共同努力，軟件研發經數十次測試和現場驗證取得成功，2012年3月，支付方式結算軟件投用，市居民基本醫療保險管理中心在每月5日前下撥當月門診總額包幹資金，同時結付前一月度按床日付費支付基金。
門診總額包幹資金、按床日付費結算應支付基金大於醫院實際墊支額的，大於部分醫院留用。 2012年，門診總額預付包幹資金大於醫療機構補償墊支10.40萬元， 28家定點服務機構（含管理的社區衛生服務站）包幹資金大於補償墊支，占62.22%；提供住院業務的43家定點服務機構，22家基金支付額大於補償墊支額，占51.16%。
（四）嚴格考核，適度調節
為了保證改革有序推進，市衛生局、市居醫（農合）辦製定《常熟市居民基本（農村合作）醫療保險支付方式改革考核辦法（試行）》，明確了考核對象、內容、指標、周期、考核結果使用。
我市支付方式改革實施方案還明確，每年提取一定量的調節資金，在嚴格考核基礎上，統籌用於定點服務機構主動承擔責任、認真履行職責、出現收支差額的調節處理。