當時，薛地已在楚項梁的統治之下，叔孫通陸續跟隨項梁、項羽出仕在楚國。不過，在公元前205年，漢高祖劉邦攻入項羽所在的彭城後不久，叔孫通即向漢軍投降，追隨高祖左右。
在這之前，叔孫通仍改不掉儒者的習慣，經常穿著一身儒服，頭頂圓冠，身著長袍，並鬆鬆地紮著一條布帶。這對出身楚地農家的高祖而言，無疑是一身令其厭惡的打扮。
高祖原本就極其厭惡儒者，甚至有傳言說，若有人頭頂儒冠去晉見高祖，高祖甚至會脫下他的帽子，並在其中撒尿。叔孫通獲悉此事後，隨即改換上楚國風俗的短衣。也正因為如此，而受到高祖全心的喜愛。
叔孫通投身漢軍之際，百餘名弟子也跟隨先生投奔漢軍。
隻不過，他不但沒向高祖推薦任何一名弟子，還盡是推舉一些原為盜賊或無賴之人。
弟子們一有機會，便聚在一起互訴不平：“我們奉事先生為師多年，雖蒙上天垂憐，得以投身漢軍，但先生盡是薦舉那些無賴之徒，從不考慮我們的將來。這到底是什麼原因？”
叔孫通安撫眾弟子道：“請你們等待時機的到來。如今是漢王賭命爭奪天下之際。正因為如此，中意之人，大多是身強力壯之士。不諳兵器用法的學者想要出人頭地，還言之過早。”
叔孫通薦舉勇猛之士的功績受到肯定，被任命為博士，並賜以“稷嗣君”的稱號。