剛剛重掌帥印的麥克萊倫還沒有來得及對連續吃了兩次敗仗的軍隊進行重組，便不得不重上戰場。李將軍在第二次孟納薩斯戰役結束後不到一周，便率領缺少裝備但士氣高昂的北維吉尼亞軍團入侵馬裏蘭。以他對麥克萊倫的了解，李將軍認定這位昔日的下屬起碼要花20天才能趕到，這段期間李和他那支寡不敵眾的部隊可以補充給養，然後在有利地形進行決戰。可是這一次麥克萊倫一反常態，行動迅速，在李將軍決定轉戰賓州的四天以後，就趕到了被李遺棄的營地。
趕到佛雷特裏克的麥克萊倫對下一步的行動並沒有計劃好，直到手下在街上把一張紙交到他手裏——李將軍的詳細行動計劃被遺失在營地裏，現在在麥克萊倫手中，他馬上知道該怎麼辦了。對抗敵人入侵的麥克萊倫麵前有一個千載難逢的機會——隻要馬上出發，翻過南山，李將軍那支本來就弱小而且兵分兩路的部隊就逃脫不了滅亡的命運，年輕的“拿破侖”將成為內戰的終結者。
在先鋒部隊已在山口之時，麥克萊倫居然16小時按兵不動，給了李將軍調兵搶先占領南山山口的時間。等麥克萊倫擊敗守軍，越過南山，再度猶豫不決時，傑克森已經在渡口完勝，連夜會師安特提姆，千載難逢的機會就這樣白白地流失了。美國曆史上最血腥的那天，麥克萊倫依舊有好幾次機會粉碎李將軍和他的北維吉尼亞軍團，可惜這位優秀的組織專家在指揮戰鬥上是庸才。麥克萊倫直到臨死，一直以這一天作為他生命最值得驕傲的日子，不管怎麼說，他最終將敵人趕回維吉尼亞。不僅使主戰的共和黨在中期選舉中獲勝，而且給了林肯一個盼望已久的理由，簽署了對內戰結局至關重要的廢奴宣言。
安特提姆戰役之後，林肯和麥克萊倫之間也有分歧，除了偏向蓄奴製的麥克萊倫在林肯簽署廢奴宣言幾周以後，才出於軍人服從命令的本分，發表了簡短的支持聲明以外，兩人的分歧主要在下一步的行動上。林肯親臨前線要求麥克萊倫立即渡河進攻，而麥克萊倫則百般拖延。
“將軍，如果你不想用部隊的話，我要借用一下。”1862年11月，林肯免除了麥克萊倫的職務。
麥克萊倫被解職後，自己放棄了申訴的機會。低調的麥克萊倫在政界有許多支持者。從政見上，包括當時的副總統在內的許多高官都和麥克萊倫一樣，對林肯廢奴持不同觀點，北方要求和平的勢力一直很大。如果他返回華盛頓活動一下，是很有可能讓林肯收回成命的，何況他還有好幾個州的支持。
此外，麥克萊倫的年代，美軍剛剛開始從各州民兵向聯邦軍隊轉化。在內戰中下級對上級的效忠是現代人不敢想象的，在很大程度上甚至可以說是統帥個人的部隊。如同北維吉尼亞軍團後來純粹是為李個人而戰一樣，波托馬克軍團可以說是麥克萊倫的部隊。在美軍曆史上，包括華盛頓在內，沒有一個統帥像麥克萊倫那樣受士兵的擁戴，隻有他開口，十萬大軍的呼喊必定在華府引起地震。他手下的將軍們，無論是繼任的伯恩賽德，其後的胡克和梅德，隻要麥克萊倫在，絕對沒有領軍的膽量。如果麥克萊倫有二心，美國曆史上就會出現軍人威脅政治的局麵甚至兵變。
盡管麥克萊倫也許不是一個合格的統帥，但他是一個合格的軍人，能夠把國家利益置於個人和黨派利益之上，至少在這個時候。麥克萊倫把軍權交給不知所措的伯恩賽德，在上萬名士兵的歡送中策馬而去，沒有進華府，而是徑直返回新澤西的家中，平靜地等待國家的下一次征召。
美國曆史上第一次總統與統帥的矛盾就這樣以軍人無條件的服從結束，盡管麥克萊倫是一個非常糟糕的將軍，但是從人格上，他在1862年11月7日表現的偉大的服從，給後來的美國軍人，包括傲慢自負的麥克阿瑟作出了表率，樹立起軍人必須遵守的信條。從那一天起，美國聯邦軍隊不再是任何人的軍隊，而是國家的軍隊。
我們從這位被總統解除軍權的總司令麥克萊倫身上，能夠體會到軍人無私地為了國家服務的原則。從麥克萊倫到麥克阿瑟，一代又一代美國軍人為國家而戰，為國家而犧牲，為國家而無條件地服從，美國正是因為有這樣的軍人而逐漸強大起來的。