曹真、司馬懿一同帶大軍四十萬來到陳倉城內，看見城內沒有一間房子，於是問當地人是怎麼一回事。當地人告訴他們：諸葛亮退兵的時候，下令燒掉了所有的房屋。
曹真要派兵進攻陳倉口。司馬懿勸阻：“千萬不要出兵。我昨夜觀看天文，這個月內這裏有暴雨。如果深入敵軍重地，能夠一舉打敗敵軍那是最好不過了，但是如果被敵軍抵擋住，人馬受苦，要退回來就很難了。我們隻能先守住陳倉，在城中搭建草房，防備陰雨。”
曹真答應不出兵，堅守陳倉城。
不到半月，天降大雨。大雨一直下個不停，陳倉城內外漲起了大水，軍器全部都濕透了，軍隊不能安心生活，晝夜不得安寧。魏軍內部怨聲載道。大雨一連下了三十天，馬沒有草料，死了很多戰馬，軍心大亂。
曹睿在洛陽很快知道了這件事情。馬上下詔命令曹真、司馬懿收兵回朝。
曹真和司馬懿商量：“現在軍無戰心，都有撤退的心意，怎麼辦？”
司馬懿說：“我們還是撤退吧！”
曹真說：“如果諸葛亮派兵追殺，又該怎樣對付？”
司馬懿說：“我們先埋伏兩支軍隊在後麵掩護，然後再撤退。”
正在議論大事的時候，欽差來傳送聖旨。二人馬上命令前軍在後麵，後軍在前麵，慢慢撤退。
諸葛亮算到大雨馬上就要停，於是命令大軍駐紮到赤坡隨時進攻魏軍。蜀軍各級將領在赤坡開會。諸葛亮說：“我料到魏軍一定會撤退，我們如果派兵追趕，一定會中他們的埋伏，先讓他們走幾天再說。”
這時王平回來報告：“魏軍已經撤走了。”
諸葛亮不準王平追趕魏軍。
各級將領都一起對諸葛亮說：“魏軍被大雨折騰了一個多月，不能再駐紮下去，所以才撤退，正是追趕的大好時機。丞相為什麼不追殺魏軍？”
諸葛亮說：“我已經說過，司馬懿足智多謀，他肯定早有準備，才撤兵而回。我軍如果追趕，肯定中計。讓他們走遠，我再派兵從斜穀出發攻取祁山，魏軍肯定是防不勝防。”
將領們說：“攻占長安有很多條道路，丞相為什麼隻從祁山出發？”
諸葛亮說：“祁山地勢險要，直接可攻取長安，隴西各路兵馬一定要經過此地；祁山前麵臨近渭濱，後靠斜穀，左出右入，可以埋伏重兵，這是兵家必爭之地。我所以先攻占祁山，是得地利。”
將領們都拜服諸葛亮深謀遠略。
諸葛亮命令魏延、張嶷、杜瓊、陳式出兵箕穀；馬岱、王平、張翼、馬忠出兵斜穀，蜀軍聚集在祁山。諸葛亮命令關興、廖化為先鋒，進攻魏軍。
曹真、司馬懿在後麵監督軍隊，命令手下去探察陳倉古道蜀軍情況，回報告知蜀軍沒有追趕。魏軍又撤退幾天，後麵的伏兵都收兵而回，都說蜀軍追趕魏軍。
曹真說：“連綿秋雨，棧道斷絕，蜀軍怎麼能夠知道我軍撤退。”
司馬懿說：“蜀軍馬上就會追來。”
曹真問：“你怎麼知道？”
司馬懿說：“這幾天天氣晴朗，蜀軍不追來的原因是他們一定知道我軍有伏兵埋伏在道路上，故意讓我軍遠去。等我軍全部撤出了祁山，他們卻去攻奪搶占祁山。”曹真不信。
司馬懿問：“你怎麼不相信我說的話？我料到諸葛亮一定從箕穀、斜穀殺出。我和你各守住一個穀口，以十天為期限。如果十天後沒有蜀軍攻來，我會用紅粉塗麵，穿著婦女的衣服，來軍營請罪。”
曹真說：“如果蜀軍會趕來追殺，我願意將天子送給我的玉帶、寶馬送給你。”
於是曹真帶兵守在斜穀口；司馬懿守在箕穀口。
司馬懿手下有一個部將埋怨司馬懿指揮失利。司馬懿為了安定軍心，馬上查出，一刀殺死了這個部將。
陳式、魏延、杜瓊、張嶷共帶兩萬軍隊來攻箕穀。這時參謀鄧芝趕到。陳式等四將問鄧芝有什麼事，鄧芝說：“丞相有令，如果進攻箕穀，一定要提防魏軍埋伏，不要輕敵。”
陳式說：“丞相為什麼那麼愛疑神疑鬼的？我料到魏軍飽受大雨折騰，衣甲軍器全部濕透，一定急著撤退，怎麼會有埋伏？現在我軍大舉追趕，可以大獲全勝，怎麼又讓不要出兵？”
鄧芝說：“丞相神機妙算，一向料事如神，你敢違抗軍令嗎？”
魏延想起當日諸葛亮不聽他的計謀，也跟著說道：“丞相如果早聽了我的計謀，直接從子午穀殺出，到了今天，不要說長安城，就是洛陽城也攻取了！現在又堅決要從祁山出兵，有什麼好處？既然命令出兵進攻，怎樣又下令停止進攻？這不是號令不明嗎？”