有機食品首先需要論證，論證則需要有標準，隻有按標準生產出來並經過論證的食品才能稱為有機食品。現在，有機食品的論證標準有幾種，如國際有機農業運動聯盟（IFOAM）的《有機生產和加工的基本標準》、歐盟《農業和有機農產品與有機食品標誌法案》、美國的《有機農業和食品標準》。由於歐盟是有機食品的主要生產者和消費者，其有機農業和產品的標準具有代表性。
歐盟於1991年7月22日開始實施《有機農業和有機農產品與有機食品標誌法案》，簡稱“歐洲有機法案”，它承接了來自100多個國家的740個團體組成的國際有機農業聯盟（IFOAM）《有機生產和加工基本標準》的指導原則。該法令統一了有機農產品和食品的生產、加工、標簽和監控標準。
歐洲有機法案規定，隻有當某一產品100%的配料、添加劑和生產過程均符合該法令（包括附錄）要求時，該產品才能在銷售標簽上注明為有機食（產）品。如果95%的農產配料為有機的，而剩餘的5%為普通配料，而且尚未經有機生產，並在附錄中列明時也可使用有機產品字樣。
但是，從1998年1月1日起，有機產品也允許有機農產配料的最低限度為70%，這並非說有機配料比重為70%～95%即可使用有機產品標簽，而是隻允許在成分說明中標明有機農產配料所占的比重。至於過渡期產品，則一般到停止使用化肥後第三個收獲季節為止，隻有為單一一種農產配料時，才可標明為有機產品，而且在收獲季節前至少12個月必須符合該法令的要求。
有機食品的生產和中國標準
由於歐盟的標準比較嚴格，因此其有機食
品是一種比較可靠的生態食品。在歐盟的標準下，生產有機食品有一些獨特的要求。總的要求是：
生產基地在三年內未使用過農藥、化肥等違禁物質；
種子或種苗來自自然界，未經基因工程技術改造過；
生產單位需建立長期的土地培肥、植保、作物輪作和畜禽養殖計劃；
生產基地無水土流失及其他環境問題；
作物在收獲、清潔、幹燥、貯存和運輸過程中未受化學物質的汙染；
從常規種植向有機種植轉換需兩年以上轉換期，新墾荒地例外；
生產全過程必須有完整的記錄檔案。
以水果為例，庭院、果園和獨株樹木如要獲有機認證，至少三年內未使用化肥、殺蟲劑、殺（真）菌劑或除草劑或其他類似物質。樹木離主要道路或其他汙染源至少50米。產品附近有使用化肥的普通農作物，該產品不得授予有機證書。鄰近市區的果園應考慮大氣汙染因素。水果從運抵倉庫時起，經加工直到最終包裝時，都必須與非有機水果嚴格分開，以防混淆。有機產品的信息必須完整，及時更新，並分別標明出入貨量、產地和供貨名單。
中國也有有機食品標準。中國國家環保總局《有機食品認證管理辦法》規定，有機食品必須符合國家食品衛生標準和有機食品技術規範要求，在原料生產和產品加工過程中不使用農藥、化肥、生長激素、化學添加劑、化學色素和防腐劑等化學物質，不使用基因工程技術。但是，在食品分類上，出現了與有機食品相類似的另外兩種食品，即綠色食品和無公害食品，加上有機食品是三大類。
這三類食品的相似點在於，三者都關注環境保護和食品安全，都要實施全程質量控製，並且必須由國家認可的認證機構認證。但是，三者的標準不一樣。無公害食品的生產允許使用高效低毒農藥和化學肥料，綠色食品則執行中國綠色食品發展中心發布的綠色食品標準。綠色食品允許限量、限品種和限時間地使用安全的農藥、化肥、獸藥和食品添加劑等化學合成物質，這被視為具有中國特色的安全食品和環保食品。
但是，國家環保總局發布的《有機食品技術規範》規定中國的有機食品標準與IFOAM的《有機生產和加工的基本標準》、歐盟“有機法案”、美國的有機食品標準完全接軌，同時也符合聯合國糧農組織和世界衛生組織製定的《食品法典》標準。
在中國目前的情況下，無公害食品是一種基本安全食品，綠色食品是有中國特色的安全環保食品，有機食品是與國際接軌的公認的安全、環保、健康食品。在中國這三者可能在長時間內並存。