認識與把握建立兩岸軍事安全互信機製的兩岸關係特色，不僅將直接決定這一機製的能否建立，而且還將決定建立這一機製對於兩岸關係和平發展進程的影響。陳水扁執政時期，一度熱衷於要與大陸建立“軍事互信機製”，台灣相關部門為此進行了一些研究，台灣的年度“國防報告書”也對此有所論述，但最後“無疾而終”。陳水扁出於推行“台獨”的目的，企圖通過建立所謂的“軍事互信機製”，以處理兩岸之間單純軍事關係的方式，保證“一邊一國”之間的所謂“軍事穩定”，實際上就是企圖消除大陸方麵針對其“台獨”行徑的“軍事威脅”。陳水扁的圖謀理所當然地不能實現，從反麵顯示了；僅從單純的軍事關係著眼，脫離兩岸關係大局，不可能建立兩岸軍事安全互信機製。馬英九執政以來，兩岸關係進入和平發展曆史新時期，台海局勢得到前所未有的緩和。在這個背景上，台灣方麵對於建立兩岸“軍事互信機製”的關注不斷減少，在2013年度的“國防白皮書”中，僅一句話涉及這一問題。馬還一再表示這一問題“沒有急迫性”。顯然，台灣方麵仍然從單純的兩岸軍事關係看待建立兩岸軍事安全互信機製問題。實際上，盡管台海局勢已大為緩和，但在台灣仍然存在對大陸相當廣泛的疑慮、畏懼，甚至一定程度的敵意，這對於兩岸關係和平發展進程的鞏固和深化形成了不可忽視的幹擾。馬英九當局對於建立兩岸軍事安全互信機製的消極態度，明顯不利於消除台灣方麵對於大陸的疑慮、畏懼和敵意。這進一步顯示了，建立兩岸軍事安全互信機製與兩岸關係和平發展進程的密切關係。但是，認識和把握建立兩岸軍事安全互信機製的兩岸關係特色，並在此基礎上建立這一機製，對於兩岸都是全新的課題。顯然，隻能堅持兩岸共同努力、進行實踐、摸索路徑、總結經驗，爭取比較順利地建立起這一機製，並在兩岸關係和平發展進程的鞏固、深化中發揮其重要的積極作用。
二、不僅是建立兩岸具體的“軍事互信”，更是建立兩岸廣泛的“安全互信”和“政治互信”
可以預料，未來建立的兩岸軍事安全互信機製，肯定包括一係列具體的“軍事互信”措施，例如，通報軍隊和重武器部署調整，視察軍事演習等等。因為這些都是“軍事互信”必然具有的內涵，也正是已建立的各種軍事互信機製的主體內涵。但同時還可以預料，未來建立的兩岸軍事安全互信機製，將包括更廣泛的“非軍事的”安全互信，甚至政治互信措施，例如，共同救助海難、共同護漁，以及共同維護海洋權益等等。這些並不是一般意義的“軍事互信”措施，但卻必然是未來建立的兩岸軍事安全互信機製重要的、甚至是主要的內涵。所以，建立兩岸軍事安全互信機製，不僅是建立兩岸具體的“軍事互信”，更是建立兩岸廣泛的“安全互信”、“政治互信”。這是建立兩岸軍事安全互信機製一個重要的兩岸關係特色。正因為這一特色，大陸方麵認為，應建立的是“兩岸軍事安全互信機製”，而不是一般所謂的“軍事互信機製”。