南京城牆在解放後有很多地段被拆除，留下的城牆也有多處被拆出缺口，以方便交通。在對這些地段進行維修時，考慮到幾十年來這些缺口已成為市民交通的需求，在施工中處理成為通道，即保證了城牆的連貫、溝通，又滿足了市民出行交通的需要。如西幹長巷、琵琶洲等地段。
第三，景觀展示類修理：部分地段的城牆位於風景名勝區，本身就是重要的旅遊資源，對這些地段的城牆維修，南京城牆保護部門注意查找曆史依據，結合景區規劃，力求複原、恢複城牆的曆史風貌。
東、西幹長巷段城牆位於中華門兩側，是南京城牆中最壯觀、最堅固的地段。這段城牆外側為寬闊的外秦淮河，內側為人文薈萃的內秦淮河，城牆最高處達二十餘米，全部采用條石砌築，隻有頂麵用城磚砌雉堞、女兒牆、海幔。
結合南京市外秦淮河綜合整治規劃，南京城牆保護部門對此段城牆做複原修繕，全線約兩公裏長城牆的缺口用框架修補，頂麵用城磚恢複雉堞、海幔。修繕後的城牆與外秦淮河、環城綠地形成反映南京古都風貌的最佳景點，受到專家及市民的好評。
獅子山、小桃園一線城牆為南京城北大江風貌區的重要景觀，這段城牆全部為包山牆，內側為獅子山、紅土山、八字山、丁山等一係列山岡。在維修這段城牆時，南京城牆保護部門按照城牆原貌進行恢複，疏浚護城河，建成了以城牆為主體的一係列公園：獅子山公園、繡球公園、小桃園公園等。
九華山至玄武門段城牆處於鍾山風景區邊沿，也是按照原樣恢複城牆的景觀。維修後的這段城牆成為南京山水城林最佳觀景點，黨和國家領導人相繼登城觀賞，取得了良好的社會影響。
第四，原狀保存類的修理：南京城牆有很多地段受到了較大的破壞，而又缺少足夠的曆史資料，或者本身具有特別的價值，不宜做大的修繕，對於此類城牆，南京城牆保護部門一般做原狀局部小修。
新民門為南京城牆從獅子山轉向金川門的重要節點，為民國時期修建。現門兩側的城牆都已被拆除，門本身為現代形式，磚混結構。
近年來，有不少人提出此門非明代原物，建議拆除，專家認為，新民門雖然是民國時期新開，結構、外觀也非明代風格，但這畢竟是南京曆史上一個時期的代表，同時它還是明城牆走向的一個重要標誌，應予以保留。
漢西門甕城原來被占用成為庫房，僅保留兩道城門，甕城內部的城牆已拆除，在維修時，南京城牆保護部門保留了兩座城門和原有城牆，不恢複已拆除的城牆，改成漢中門遺址公園，原汁原味地展示已經留下曆史遺憾的甕城。
對太平門至中山門段城牆維修，同樣采取這個原則。對城牆的破損、開裂、臌脹處進行修補、加固，重點解決城牆的防水、排水問題，對頂部的雉堞、女兒牆不做恢複，保持文化信息現狀，保留曆史滄桑感。
第五，現代工藝加固類修理：在南京城牆搶險維修中，南京城牆保護部門沒有完全拘泥於“修舊如舊”的原則。對於一些受到嚴重破壞的地段，在保持城牆原貌的前提下，利用現代工藝、現代材料對城牆做結構加固和補強，以維持城牆的結構安全和景觀。
中山門是民國時期為運送孫中山先生靈柩於1929年在明朝陽門基礎上重建的。
由於中山門頂部城樓未建，加之抗戰時又受到日軍炮火轟擊坍塌，汪偽時期僅對其進行了簡單修繕，導致這座城門存在嚴重險情，20世紀90年代修公路隧道又加劇了中山門牆體外傾、沉降，耳室變形，直接威脅到南京城東市民的交通和文物安全。
2003年，南京城牆保護部門在製訂中山門維修方案時，在保證城門牆體、拱券安全的前提下，製訂了卸載、加固城門的方案，即卸除城門拱券頂部上千噸回填土，代之於混凝土框架，對拱券裂縫壓力注漿，對局部牆體重砌。這樣做，既解決了中山門的險情，也使文物的外觀未受影響，以至許多市民看後竟不相信已經修過。
在九華山至解放門城牆施工時，針對城牆上六七處因為拆城取磚形成的大缺口，南京城牆保護部門采取了內部設混凝土框架，外貼城磚的方法，既解決了沒有足夠的城磚回填的現狀，又為這段城牆解決了展覽、服務、休息的空閑，形成了臨湖、九華、台城等幾個展廳。
這種方法在2000年召開的“中國古城牆保護研討會”上得到與會專家學者的肯定。以後在集慶門和東、西幹長巷城牆施工中也有采用。
對於城牆搶險維修中常見的牆體開裂、臌脹現象，南京城牆保護部門采用水泥漿壓力注漿的方法，在不破壞原有牆體的前提下，加固了內部結構。
明代建造城牆時，頂麵防水是采用多層城磚加粘合劑交替砌築的方法，形成堅固的海幔，當前南京城牆絕大多數頂部的海幔都已毀壞，無法起到防水作用，雨水由頂麵滲入牆體導致芯牆填土臌脹擠壓磚牆體，產生裂縫、臌脹。針對在城牆施工中無法采用明代粘合劑的現狀，為加強城牆頂部防水，南京城牆保護部門采用鋼性、柔性防水層共用的方法，收到很好的效果。
鋼性防水層是指在施工時，用鋼筋混凝土現澆一層防水層，柔性防水層即是在剛性防水層之上鋪設PVC材質的防水卷材，再在其上用城磚鋪設海幔。通過這種方法，再沒有出現過頂麵滲水的現象。
總之，通過對古城牆的保護、維修，人們既可以近距離的與城牆以及城牆的曆史“對話”，又可以在城牆上攬觀古都南京今日的風采，還可以了解到南京城千百年的曆史滄桑巨變和明代都城南京昔日的輝煌。
隨著對南京明城牆保護的法製化，製度化，城牆本體的社會價值和曆史價值會不斷擴大，其社會效益和經濟效益也會不斷顯現出來。