明城牆風光帶規劃的全部構思基於保護、利用與保護體係三項為基本出發點，根據全體保護的原則，從城牆、城門、城河三個方麵分別對城牆本體保護、環境保護、景觀視野保護，以及明城牆風光帶即城牆及城牆所依附的風景資源的綜合開發與利用編製了詳細的規劃。
1999年3月，南京市政府對《南京明城牆風光帶規劃》進行了批複，同意規劃對明城牆實行全方位保護的原則及規劃確定的保護範圍與保護方法，原則同意《南京明城牆風光帶規劃》中各級景區的規劃布局。該規劃獲2000年度江蘇省級優秀規劃一等獎，國家建設部優秀三等獎。
經過多年明城牆風光帶的建設，城牆的麵貌得到了恢複，城牆的周邊環境得到了改善。
不但將城牆修繕好，還將城牆與護城河之間的違章建築遷走，同步疏通了護城河，修砌了泊岸，建成了環城公園，顯示出城牆的雄姿，得到了國內外文物專家、城市建設專家的好評，於2004年榮獲建設部頒發的“最佳人居環境範例獎”。
1.南京城牆的保護原則 南京城牆依山傍水，結構、材質多樣，為了最大限度地保護好、維修好南京城牆，當地政府針對不同地段、不同材質、不同險情的城牆采用了多種形式的方法進行維修保護。他們製定的南京明城牆搶險維修的原則為：
第一，真實性原則：城牆的維修應嚴格遵循不改變文物原狀的要求，保護原有的建築形製、建築結構並盡可能采用原有的建築材料、原有工藝。
第二，最小幹擾原則：在保護城牆結構基本穩定的前提下，應盡可能減少對城牆的擾動，少量修繕。對已毀壞的城牆在修複時應有充分根據，並經過文物專家慎重論證。
第三，修舊如舊原則：對城牆毀壞段的修複應堅持“修舊如舊”，恢複曆史本來麵貌，同時立碑說明。
第四，環境協調原則：除了對城牆本身進行搶救性維修外，對與城牆相關的護城河也一並進行整治，恢複城河一體的曆史麵貌，保護城牆的曆史風貌。
第五，原材質原工藝原則：迄今為止，南京城牆搶險性維修均采用回收的明城磚砌築牆體、雉堞、女兒牆，由於無法使用原有粘合劑，采用混合砂漿代替，而不采用水泥砂漿。對於條石牆體，選用相同色澤、相同材質的條石為補充材料，以保持原有的風格。
第六，保存曆史信息原則：經過六百多年風雨，城牆很多地段出現局部開裂、剝落等破損，在施工中區別對待。如對局部破損、風化處進行挖補，對開裂處局部修複，盡可能避免大麵積的拆除牆體，以保存古城牆的曆史信息。尤其是曆代修繕時留下的信息，更要加以保留，以反映完整的曆史過程。
2.南京城牆的保修辦法 經過上述這些保修原則，南京城牆發生了很大變化，本體的維修長度約二十一公裏，超過現存城牆的五分之四，投入資金超過億元，這些具體的修理包括。
第一，遺址保存類修理：南京城牆的牆體很多地段已全部或大部被毀，對於此類城牆遺址，南京城牆保護部門沒做大的修繕、擾動，而是力求保持遺址的曆史原貌。
如東水關，在設計時考慮到其遺址的特殊性，對三層藏兵洞中已毀壞的上層藏兵洞不做修複，僅清理出建築遺跡，保留遺址狀態。
由於東水關是武定門北延的城牆斷頭，他們也就按照保留的曆史現狀，對城牆斷頭做防水處理，依斷麵的錯落而設計登城步道，較好地保持了曆史原貌。
再如前湖塌方處城牆的搶險維修。這段城牆高達18米，由於麵臨前湖，基礎部分被湖水衝刷出若幹空洞。
1991年夏連降大雨，導致該段城牆坍塌達六十餘米，以後在清理塌方處城磚時，意外發現在塌方處內側竟還有一段城牆，呈牆中牆的形式，經勘測考證，初步認定為1372年前修的城牆。
在2000年做該段城牆維修設計時，我國文物專家提出了遺址保護的設想，即保留內側的明初城牆牆體，對外側後修的牆體塌方處，僅對兩側斷頭做防水加固處理，並處理好沿湖的基礎，以展示兩個不同時段的城牆，保持城牆的曆史原貌。
第二，曆史信息類修理：現在，呈現在我們麵前的南京城牆並不是純粹的明代城牆，而是曆朝曆代都留下印跡的城牆。如何對待這些曆史印記，是城牆保護維修的課題之一。
神策門城牆為明南京城的北門，也是南京城牆最後完成的段落，即後湖城，在2004年，經過現場調查發現，這裏是一段很特別的城牆。
城牆牆體有明代城磚，有清代晚期城磚，甚至還有塊石牆體。城樓早已不是明代結構，而是一座清代晚期樣式的府城城樓，結構、模式都與明式建築相去甚遠，加上城樓基礎不均勻沉降，局部傾斜，本結構朽爛，已成險房。
如何對待這種現象，當時也有人提出拆除清代城樓，按明代城樓重建，以展示明南京城的宏偉；後經古建築專家提出意見，確定保留現有城樓進行不落架大修的方案，專家們指出“即使現有的城樓建的不好，但也反映了特定曆史時期的曆史信息，應該予以保留”。
石頭城的城牆，是南京最古老、最具特色的城牆。早在東吳時期，孫權就在此依山建石頭城作為水軍大本營；明初修南京城時，將六朝石頭城納入其中，形成磚石混合牆體，其中突出的一段岩石由於貌似鬼臉而被稱為“鬼臉城。”
此段城牆維修，基本保持了原有磚石結合的牆體結構，隻在具體險段做拆除重砌，對於突出牆體外的山岩，用壓力注漿方法加固，其中兩處山岩有坍塌的危險，則另樹鋼架支撐，以示區別。
由於這段城牆頂麵標高已無法確定，因此頂部除重做防水層外，不修雉堞，僅做殘牆處理。經過修繕的石頭城段城牆，也同樣較好地保存了曆史的信息。