另據小彭筆記載：陳寅恪“到英國後，由於第二次世界大戰方結束，營養很差，雖用電針貼合視網膜，由於網膜皺在一起，無法複原”[27]。自此，陳寅恪雙目完全失明，一代史學大師將在黑暗中度過餘生，其悲苦之狀，令人浩歎。陳氏為此寫下了“一生負氣成今日”與“殘餘歲月送淒涼”之句，[28]表達了自己悲觀茫然的心境。
同年3月16日，唐筼再次致信傅斯年，謂陳寅恪“本擬赴美洲一行，今以種種不便，旅費亦不敷用，遂決定等船及覓伴歸國”。同時提到“寅恪有書籍四箱，擬托曆史語言研究所複員時同運至南京。事前筼可托五十廠便車先帶至重慶，但不知可交與何人？乞先生酌，指定某處某人可接洽，並代為保管者”。最後又提及：“寅恪來書雲：對燕大事已辭謝，大約欲回清華或回史語所專事著作。”[29]
傅接信後，當即做了回複。就書箱之事，專門致信李莊指示由史語所文書兼圖書管理員那廉君負責辦理。而此時陳寅恪正在回國的輪船上。對這段經曆，陳氏在清華時代的高足楊聯陞曾有過一段回憶：“來美國留學之後，曾於1946年4月19日與周一良兄（當時青年學人中最有希望傳先生衣缽者）同隨趙元任先生夫婦，到紐約卜汝克臨26號碼頭停泊之輪舟中，探望先生。時先生雙目幾已全部失明，看人視物，僅辨輪廓。因網膜脫落，在英經其國手名醫，用手術治療無效。（先生曾膺牛津大學中文係講座之聘，實未就職，但借此前往就醫。）置舟回國，道出紐約，原擬再試醫療，後聞美國名醫，亦無良策，遂決定不登岸。是日午後約3時半，先生在艙內初聞韻卿師母、元任先生呼喚之聲，頓然悲哽。但旋即恢複鎮定，談話近一小時。對一良與聯陞近況，垂詢甚詳。時二人皆已在哈佛先後完成博士學業，即將回國任教。……此為聯陞在國外拜謁先生惟一之一次，亦為畢生最末之一次。”[30]前去拜訪的趙元任夫人楊步偉後來回憶說：陳寅恪“睡在船艙床上，對我說，‘趙太太，我眼雖看不見你，但是你的樣子還像在眼前一樣’。這是（我們）最後一次見麵”[31]。此情此景，令趙元任夫婦泣然泣下。自此，陳趙兩位原清華國學院導師，中央研究院史語所一、二組主任，中國曆史、語言學界的泰山北鬥，紐約一別竟成永訣。而此次訣別，也意味著陳趙二人與史語所的緣分已盡，各奔東西。陳寅恪為此留下了“人生終古長無謂，幹盡瀛波淚未幹”[32]的詩句以示心跡。
1946年5月底，陳寅恪返國抵南京，暫住妹夫俞大維公館。未久，夫人唐筼攜三個女兒由成都抵京，一家人算是得以短暫團圓。6月12日中午，由昆明來南京教育部辦理清華複員事宜的梅貽琦專程赴俞大維公館拜望陳寅恪，並請陳回到複員後的清華繼續任教，陳表示可以考慮。8月，傅斯年告別複員後的北大南飛，在京停留期間專程拜望陳寅恪夫婦，並勸陳氏不要再回清華，留在南京一邊休養一邊等待史語所自李莊複員回遷，繼續擔任本所一組組長與專職研究員職位，生活、住房等一切事宜，皆由傅氏負責安排妥當。麵對傅氏的盛情，陳寅恪答應可做詳細考慮，但自己則傾向於回北平清華園。傅知彼對清華園與清華同事尚有一份難以割舍之情，不再強勸，隻囑陳再做考慮，告辭而出，趕赴李莊。幾天後，陳寅恪接到了梅貽琦寄來的聘書，決心重回清華任教。
1946年10月，陳寅恪安頓女兒流求、小彭在南京讀書，與夫人及小女美延赴上海，乘船轉道赴北平，重返闊別九年的清華園，暫住清華園新林院52號，抗戰爆發時在天津離去的工友陳忠良也回到了陳家，生活等諸方麵算是安頓下來。同戰前課程安排一樣，陳氏仍任清華中文、曆史兩係合聘教授，外兼已複員的燕京大學研究院導師。時已由美國歸來並出任北大校長的胡適多次前來拜望陳氏一家，並想方設法幫助解決生活中的困難。陳寅恪因已雙目失明，教學研究皆需助手查閱誦讀所需書籍資料及抄寫講稿，遂與清華校方協商，向北大秘書長、史學係主任鄭天挺求助，請王永興前來協助。陳寅恪在致鄭氏的專函中寫道：