1941年，胡思杜投奔在美當大使的胡適進入美國學校讀書，1948年夏回到國內，8月30日到北平圖書館報到，成為北圖的一名職員。據胡適辦公室不掛名的秘書鄧廣銘回憶說：“當時胡思杜不願意隨胡適南飛，他剛從美國回北平不久，對國內這幾年的情況不熟悉。他說：我又沒有做什麼有害共產黨的事，他們不會把我怎麼樣。結果胡適夫婦就把他留下來了。”[21]因事涉緊急，胡適無法也無力在短時間內做通這個腦後長有反骨的兒子的政治思想工作，眼見胡思杜周身充溢著一股年輕氣盛，不知天高地厚的牛烘烘的叛逆氣味，胡適夫婦頗感無奈，隻好強壓怒火，按照天要下雨娘要嫁人，或者兒要守家的古訓——隨其便了。胡適對兒子說了幾句不要再像在美國讀書時那樣一整天出去吃喝嫖賭，正事不幹，除了工作，要好好蹲在家中照看家產與書籍之類的話，便告辭而去。未久，胡適驅車來到鄧廣銘家中，急切地詢問能否找到陳寅恪，並謂昨日南京政府來電，說今日派專機抵達南苑機場，“搶救”胡與陳寅恪等著名教授離平。胡打電話至清華問詢陳氏的情況，告之已回城內，但不知具體落腳何處，因而要鄧廣銘想辦法尋找。
1943年年底，陳寅恪辭卻傅斯年邀請，自重慶攜家繞過南溪李莊，徑直赴成都燕京大學任教。到校後，與早些時候由史語所轉赴燕大任教的李方桂一家同住學校租賃的民房，生活艱難。時陳寅恪身體極度虛弱，右眼失明，上課之後回到家中，仍在昏暗的燈光下用唯一的左眼緊張地備課和研究學術。1944年春，陳寅恪上課地點改在華西大學文學院，一家隨之遷入華西壩廣益宿舍，居住條件稍有改善。因物價仍在飛漲，陳家柴米不濟，夫人唐筼時常犯心髒病，可謂饑病交迫，令人心焦。在此種情形中，陳氏每個星期都要身穿長衫、夾著包袱到教室上課。因生活困苦，營養不濟，陳寅恪左眼視網膜剝離加重，終致失明。這年11月23日，陳寅恪給傅斯年與李濟的信中寫道：“弟前十日目忽甚昏花，深恐神經網膜脫離，則成瞽廢，後經檢驗，乃是目珠水內有沉澱質，非手術及藥力所能奏效，其原因是滋養缺少，血輸不足（或其他原因不能明了），衰老特先，終日苦昏眩，而服藥亦難見效，若忽然全瞽，豈不大苦，則生不如死矣！”[22]
關於陳寅恪失明的經過，陳寅恪女兒流求回憶說：“一個早上，父親突然發現兩眼一片漆黑，失明了。先叫我通知他當天不能上課，隨後住進存仁醫院。”又小彭筆記：“父親在存仁醫院由眼科醫生開刀。聽父親說，在成都開刀時手術不怎麼理想，視網膜皺在一起，以後雖到英國醫治，已無法再弄平。”[23]1945年2月，陳寅恪作《目疾久不愈書恨》表達自己憤懣哀惋之情。詩曰：
天其廢我是耶非，歎息萇弘強欲違。
著述自慚甘毀棄，妻兒何托任寒饑。
西浮瀛海言空許，北望幽燕骨待歸。
先君柩暫厝北平，待歸葬西湖。
彈指八年多少恨，蔡威唯有血沾衣。[24]
詩中的“西浮瀛海言空許”句，指幾次欲赴英講學而未成行，這個心願直到抗戰勝利之後方才得以實現。
1945年秋，英國皇家學會與牛津大學為實現以前的承諾，再次邀請雙目失明的陳寅恪赴倫敦，由英國醫生療治目疾，希望治好後留牛津講學。陳氏接受邀請，由成都起程經昆明，轉印度，乘水上飛機赴英，進入對方安排的醫院接受治療，但手術最終失敗。陳夫人唐筼於1946年2月19日在成都致信傅斯年求援，並談及史語所事，信中說道：“寅恪本有意隨郭子傑兄之伴赴美國，看更有無其他方法補助左眼之模糊，又恐所帶之款不夠，此事正在躊躇中，請先生與騮先先生、立武先生一談如何？”又說：“元白詩箋證稿筼已請人著手抄寫，俟寅恪歸來，再刪改後即可付印。此項抄寫費是否可出自史語所？大約三萬左右（並未詳細計算）。史語所何日出川？有何計劃否？燕大成都方麵整個的關門結束，教授之去留以北平、燕大之聘書而定，受聘者始能談到回平的話。北平方麵已屢來信拉寅恪（哈佛研究院隻是研究工作），而寅恪尚無答複。先生之意如何？望有信直接寄英，以助其考慮。”[25]
正在重慶和昆明之間為處理西南聯大學潮焦頭爛額的傅斯年接信後，做何努力與答複不得而知，但從後來的情況看，籌款之事似乎沒有多大成效。在倫敦醫病的陳寅恪，先是由著名眼科專家Sir StewardDuke-Elder負責診治，第一次手術後有進步，但眼睛吸收光線尚無好轉，仍模糊。第二次手術想粘上脫離之部分，失敗。但情形似比出國時好一些，醫告無須再施手術。陳寅恪尚存最後一線希望，遂請在國外訪學的熊式一教授，把英倫醫生的診斷書寄給時仍在美國的老朋友胡適請求援助。胡托人將診斷書送往哥倫比亞眼科學院谘詢，對方告之亦無良策，無法手術，胡適“很覺悲哀”，百忙中隻好托在美訪學的全漢昇帶了1000美元給陳，以示關照。1946年4月16日，胡適在日記中寫道：“寅恪遺傳甚厚，讀書甚細心，工力甚精，為我國史學界一大重鎮，今兩目都廢，真是學術界一大損失。”[26]