就在五家機構的古物、圖書、檔案等倉皇運台的同時，翁文灝見國民黨大勢已去，遂決定獨自開溜，於1948年11月26日辭行政院長職，由孫科繼任並重新組閣。混亂中，原決定中央研究院各所人員全部遷台的計劃竟沒有幾人響應，多數人員仍要在南京、上海“靜觀待變”。陶孟和等人則明確反對遷台，堅持要留在大陸，靜候共產黨軍隊到來接收。11月30日，陶孟和參加在京人員談話會時，見不可一世的國民黨大佬與一群公公婆婆即將倒下，感到自己終於可以吐一口惡氣，倒一倒若幹年來肚中的苦水了。遂腰杆子突然硬將了起來，毫不客氣地對朱家驊說：“搬不搬要同全所同人商量，以多數人意見為依歸。”[11]12月9日，麵對朱家驊的催促，陶氏以所務會已開過，“全所人員多一票”決定不遷回複。朱氏聽罷又急又怒，當場以“出席人員中包括助理研究員，不符合規定”為理由，強行令全所搬遷，但陶卻置之不理，並以各種辦法拖延。麵對朱家驊步步緊逼，陶孟和給社會學所的同人打氣說：“朱家驊是我的學生，我可以頂他，他不敢把我怎麼樣。”[12]意思是你們這些小的們不要怕，一切事由我這棵大樹頂著。1949年5月，竺可楨由杭州潛往上海，聽任鴻雋、陳衡哲夫婦說：“陶孟和頗讚成共產，近來大發議論，於首都陷落前赴京……”[13]此時的陶孟和決心拉著手下弟兄離開即將崩盤的梁山泊聚義廳，棄暗投明，接受新一輪“招安”，因而朱家驊的一切努力皆成徒勞。
在中央研究院各研究所中，隻有傅斯年主持的史語所在遷台事宜上表現得較為積極，但真要離開生於斯、長於斯的家園，其彷徨、猶豫、痛苦也在心頭縈繞不去。據陳槃回憶：“當首都倉皇之日，時有陳布雷、段錫朋二氏之歿，師（傅斯年）因精神上大受刺激，悲觀之極，頓萌自殺之念。而師卒未於此時殉國者，賴傅夫人愛護防範之力也。”[14]陳氏之說後來得到了俞大綵的證實。當時俞正準備陪母親去廣州、香港就醫，傅斯年的弟弟傅孟博暗中勸俞不要離開，俞大綵說：“那時我的母親患嚴重心髒病住院，大姐大絪，以南京危在旦夕，決奉母先飛廣州，轉香港就醫，她要我同行，與她共同隨機照顧病母。我慮及孟真舊病複發，加以他感時憂國，情緒極劣。母親重病在身，長途飛行，極堪憂慮，左右為難，不知何所適從，商之於孟真。他毫不遲疑地說：‘你母親病情嚴重，此行如有不測，你未能盡孝，將遺恨終生。你非去不可，不要顧慮我。’我略整行裝，準備隔日啟程，當夜孟博趕來痛哭流涕，責備我不該離開孟真。他說：‘你難道不知道哥哥隨身帶著一大瓶安眠藥，一旦匪軍攻入，他便服毒自盡麼？那時，你將何以自處？’骨肉情深，感人肺腑，我們相對涕泣，我便放棄了廣州之行。”[15]
陳槃的回憶當是可信的。與傅氏一度友善的北大教授，汪偽國民黨中央常委兼宣傳部長，1941年後為蔣介石侍從室秘書、《中央日報》總主筆的陶希聖，也曾有過類似的回憶。陶說：“在徐蚌戰事失利之後，我到雞鳴寺去看孟真；曆史語言研究所的圖書都在裝箱，他的辦公房內也是箱篋縱橫。他告訴我說：‘現在沒有話說，準備一死。’他隨手的小篋裏麵藏著大量的安眠藥片。”[16]
傅斯年之所以沒有自殺，除了夫人看護有加，與傅本人心中牽掛著史語所同人和他的故舊親朋亦有極大關係，也正是這一條若隱若現的鎖鏈，最終拴住了他的心並延長了其生命。對此，陳槃還有一段關於傅斯年和中央研究院史語所人員赴台內幕研究中絕對不可忽視的記錄：
自三十七年冬，首都告急，群情惶急，不知何以為計。
一日，師（傅斯年）召集同人會議，慘然曰：“研究所生命，恐遂如此告終矣！餘之精力遂消亡，且宿疾未愈，雖欲再將研究所遷入適當地區，使國家學術中心維持得以不墜，然餘竟不克荷此繁劇矣。今當籌商遣散。雖然如此，諸先生之工作，斯年仍願盡最大努力，妥為介紹安置。”
同人此時，以學術自由之環境已受威脅，於多年生命所寄托之研究所，亦不勝其依戀可惜。一時滿座情緒，至嚴肅悲哀，有熱淚盈眶者。
師於是不覺大感動，毅然曰：“諸先生之貞誌乃爾，則斯年之殘年何足惜，當力命以付諸先生之望耳。”