眼看這位學生無力阻止，中共方麵又轉而找到傾向共產黨的陶孟和對李濟委婉相勸，李仍不買賬，決定一意孤行，並對陶曰：“如果你陶孟老能保證這批古物不在戰爭中被毀，並有科學證據說服眾人，同時能擔當起這個責任，那我就放棄。”陶孟和當然拿不出科學證據，更不敢擔當這份與江山社稷緊密相連的“國之重器”存亡之重責，於是乃罷。對此，李濟以譏諷的口氣說道：“你陶孟老不是也帶人跑到上海的租界躲起來了嗎，對於我們做的事又橫加指責，這不是五十步笑百步嗎？台灣與南京同為中國的領土，並不是外國人的領地，在整個大陸都籠罩在炮火中的非常時刻，中華民族的珍寶應該放到祖國領土最安全的地方去，這是人所共知的常理，陶孟老也不要揣著明白裝糊塗，為自己在政治上做投機取巧的打算才是。何況《左傳·宣公三年》周朝王孫滿對楚子有言：‘成王定鼎於郟，卜世三十，卜年七百，天命所也。周德雖衰，天命未改。鼎之輕重，未可問也！’中山先生締造之偉大中華民國，還沒有到玉石俱焚的時候。”[7]陶孟和聽罷，感到自己也不過是這個戰亂年代的一葉漂萍而已，打算固然有，但人微言輕，哪裏能阻止得了如此重大的事宜？遂不再強勸和阻攔。
1948年12月20日，滿載國之重寶的“中鼎”號軍艦拔錨起程，由上海進入激流洶湧的台灣海峽，向陌生、神秘的基隆港駛去。在行程中，因“船是平底的，遇到風浪，船搖搖擺擺，顛簸不定，船上的箱子又沒捆好，船向左傾，箱子便滑到左邊來，向右傾斜，箱子又滑到右邊去了，隆隆之聲，不絕於耳。海軍司令又托船長帶了一條狗。它又在那裏不住地狂吠，加以風聲、濤聲，這些押運人員直覺得是世界末日要到了”。[8]軍艦在大海裏顛簸了一個星期，直到27日才到達基隆港。後來，據隨李濟押運的那誌良聽中央圖書館館長蔣複璁說：“在古物裝上船後，又傳來幾天前在海峽，海浪打沉一條船的消息，許多老友勸李濟不要跟船走，李回答說，物在人在，免得子孫唾罵千年。從南京到基隆，文物安全抵達，老先生也差點癱倒，其精神壓力之大可想而知。”[9]
由於前方戰事吃緊，海軍一時無船可派，第二批運輸珍物包租了一艘招商局的海滬輪，該船船艙較大，僅史語所的古物、資料就裝載了934箱。1949年1月6日海滬輪拔錨起航，僅三天即到達基隆。
第三批是海軍部派來的一艘“昆侖”號運輸艦，當古物裝載時，海軍部的人員眷屬拖兒帶女呼呼隆隆地擁向船艙搶占座位。杭立武仍用老辦法請出海軍司令桂永清前來勸阻。此時國民黨軍戰事更為不利，人心越發焦灼慌亂。那誌良說：當桂永清命令眾人下船時，“大家都哭了，希望老長官原諒他們，幫他們的忙。那種淒慘的樣子，使得總司令也落了淚。他沒有辦法可想，隻有準許他們隨船去了”。[10]
該艦自1949年1月29日開出，直到2月22日才抵達基隆港。至此，五家機構共4286箱古物、資料、珍貴圖書、檔案等全部運完，無一件損壞。故宮博物院南京分院運去的珍貴文物就多達2972箱，這批文物後來存放於台北故宮博物院。而史語所僅“內閣大庫”檔案就多達311914卷（冊），其中明代檔案3000多卷（件）。這批珍寶與其他文物先借放於台北楊梅鐵路局倉庫，後轉南港史語所辦公大樓資料庫永久保存。