蔣氏回憶的最後一個細節特別令人難忘，在如此艱危的情形中，蔣介石居然連一箱珠寶也記得清楚並掛在心上，可見他對這批立足之本的重視程度，真是考慮得細致入微。除把價值約10億美元的黃金和銀圓連同蔣經國後來披露的當時不為外人所知的珍寶秘密運台外，根據國民政府訓令，科學教育界能搬遷的人、財、物盡量搬遷，先以台灣大學為基地，而後慢慢站穩腳跟，以達“求生存、圖發展”的目的。因台灣大學原校長莊長恭履任半年就攜眷悄然向當局呈請辭職開溜，國民政府決定由傅斯年接任台大校長，著力經營關乎科學教育這一立國之本的重要基地。經蔣介石批準，朱家驊和傅斯年多次晤談，傅勉強表示從命，欲“跳這一個火坑”。
1948年11月10日晚，國民政府行政院長翁文灝以故宮博物院理事長身份，召集朱家驊、王世傑、杭立武、傅斯年、李濟、徐森玉等故宮和中博兩院理事在官邸舉行談話會，決定先把當年運往倫敦展覽的500箱精品文物運往台灣，同時將中央研究院史語所、中央博物院籌備處、中央圖書館等機構的主要文物和圖書一並運往台灣，並由朱家驊向蔣介石呈報，爭取海軍派軍艦押運。
11月26日，在南京國民黨中常會擴大會上，C.C.派骨幹分子陳立夫等人猛烈攻擊教育部長朱家驊鎮壓學潮不力，當場要其下台。朱氏心力交瘁，吐血病倒，但在胡適、傅斯年等人的強力支持下，仍咬牙苦撐，堅不去職。幾天後，朱家驊從病床上爬起來，奉命召開“中央研究院在京人員談話會”，由總幹事薩本棟主持，分別召集在京的七個研究所負責人及相關人員參加。出席會議的有傅斯年、李濟、陶孟和、薑立夫、陳省身、張鈺哲、俞建章、羅宗洛、趙九章等，會議緊急商定了幾條應對措施：立即停止各所的基建、擴建工程，原備木料全部製成木箱以備搬遷之需；各所盡快征詢同人意見，做好遷台準備。眷屬可自行疏散，或於十日內遷往上海，可能出國者盡量助其成；南京地區文物、圖書、儀器、文卷等先行集中上海，由安全小組封存，伺機再南運台灣。會議之後，各所組織人員攜公私物資陸續向上海撤退，“靜觀待變”。
於是，故宮博物院南京分院、中央博物院籌備處、中央圖書館、中央研究院曆史語言研究所、外交部檔案室等五機關聯合組成統一機構，將所藏的珍貴文物、圖書和曆史檔案、外交檔卷等裝箱運往台灣。本次遷運，由教育部次長、故宮博物院理事會秘書、中央博物院籌備處主任杭立武全權指揮。
待一切準備就緒，由蔣介石特批，海軍司令部派來“中鼎”號運輸艦與一個排的官兵協助裝運。此時整個國統區已是人心惶惶，流言四起，慌亂無計，紛紛設法出逃。據當時參加裝運的南京故宮博物院人員那誌良回憶說：“海軍部人員聽說有船開往台灣，大家攜家帶眷帶了行李，趕來搭便船，船上擠滿了人。我們覺得對文物安全是有問題的，由杭立武先生找來海軍司令桂永清解決這事。他上了船，百般勸慰，說另有船疏散眷屬，他們才相繼下船。”[5]
此船共裝運五家機構運來的古物、標本、儀器、曆史檔案、外交文書等772箱，由李濟擔任押運官，全程負責運輸、裝卸事宜。這時的李濟已辭卻中央博物院籌備處主任之職，以故宮博物院理事與史語所考古組主任的身份擔負這份重任。在搬遷之前，中共方麵已得到消息，急派中共地下黨員、李濟的一個學生出麵勸阻，但李並未聽從，並告訴對方：“保護這批古物是我的職責，自盧溝橋事變之後，我已護送這批珍寶跋涉了大半個中國，終得以保全。現在我同樣不能眼看著祖宗留下的國寶毀於戰火。國共之戰我管不了，但如果我能保全這批文物而撒手不管，是為不忠不孝，同樣對不起後世子孫。”[6]