原本“該殺”的李宗黃搖身一變，突然成了麵貌一新的黨國大員，這一戲法的演變，勢必導致昆明學界新一輪反彈。聯大學生會得此消息，立即派代表向校方質問，但正如馮友蘭後來在《自述》中所言：“教授會說，我們保證的是使關（南按：實乃李）去職，隻要他去職就可以了，至於是升是降，我們並沒有保證。有人提議開教授會，但沒有成為事實。”[41]據馮氏說，讓學生先複課，然後再懲凶的點子是他與聯大訓導長查良釗出的，後來教授會的答複也有自己一分子。通觀馮友蘭為人處世的一生，像這樣的圓熟中夾雜著狡猾的辯解是極有可能的，若出自別人的計謀反而有些不可思議了。隻是馮友蘭等人這一圓滑的說辭，令聯大學生會大小頭目甚感惱怒，遂下決心以牙還牙，以眼還眼，再度發動學生示威遊行，進行反擊和報複。
2月15日，梅貽琦乘機飛渝辦理清華複員事務，西南聯大一時群龍無首。趁這一空隙，昆明學生聯合會主席、中共地下黨員吳顯鉞，秘密聯合由中共地下組織操控的文協昆明分會、中蘇文協昆明分會，連同民主同盟主辦的民主周刊社等十團體，糾集15000餘人於2月17日在聯大新校舍廣場召開討伐大會。會議由聞一多任主席，褚輔成、錢端升、費孝通、吳晗等人出席大會並慷慨發言，強烈要求政府立刻嚴懲昆明“一二·一”慘案主使者關麟征、李宗黃、邱清泉等軍政大員。為了加重會議的分量和砝碼，會議組織者專門把炸斷一條腿的繆祥烈用棍子抬上主席台，以現身說法激起眾人的反政府鬥誌。經過聞、吳等幾位另類派教授一招一式鼓動煽情與繆祥烈聲淚俱下的現場控訴，入會者情緒很快被激發調動起來，演講尚未結束，就有人急不可耐地蹦到主席台振臂呼喊“打倒李宗黃”“殺關麟征、李宗黃以謝天下”“立即改組政府”等口號，同時提出遊行示威以壯聲色。中共地下黨員吳顯鉞等學聯領袖見火候已到，順勢鼓動，表示響應。於是，整個會場如同決堤的潮水，人群“轟隆”一聲擁出聯大校園，於昆明大街小巷呼嘯開來。
由於盧漢對李宗黃這個冤家對頭出任新職同樣大為不滿，沒有派軍警阻止，昆明街頭洶湧翻滾的人潮急浪洶湧向前。大潮滾過處，留下了一堆堆用各色紙張書寫的宣傳口號與標語。當眾人空著肚子雙腿發軟全身打晃兩眼發花回到校園時，夾雜在隊伍中滿麵塵土的聞一多於興奮之中，不無得意地用沙啞的聲音對身旁的人說道：“軍警特務哪裏去了？他們是學乖了，還是泄氣了？”其實他哪裏知道，大權在握、重兵雲集的地方當局，怎有突然吃素、泄氣的道理？倘無隱情，何以至此？聞一多此言，實在是不諳官場之道的書生意氣。
就在聞、吳等人支持鼓勵昆明學生紛紛擁向街頭之時，遠在重慶的梅貽琦先後會晤了傅斯年與朱家驊。當時正患胃病躺在自家寓所床上的朱家驊，盡管不知聞一多等此刻正在千裏之外的昆明遊行隊伍中狂呼尖叫，風頭正健，但當談到聯大近日形勢時，朱家驊甚表憂慮，認為“張、聞、潘等之舉動謂殊於清華不利”[42]，並特地專門向梅貽琦提出警示。
2月26日下午晚些時候，馮友蘭以西南聯大文學院院長的身份向重慶教育部拍發密電，謂學生將於27日舉行罷課，催梅貽琦速返昆明籌劃應對之策。當教育部譯電員將電文翻譯完畢已是晚上7點，時梅貽琦正同翁文灝、傅斯年等人參加外交協會舉辦的一個宴會，在教育部當值的杭立武立即持電文駕車跑到宴會場所，匆忙把梅拉出告之昆明情形，並促梅速返。梅聽罷大驚，“雖覺或非嚴重，而又感在渝任務未完，但隻好決計歸去，（因為）此責他人亦難負也”。乃“急至朱寓稍留”，而後即返中央研究院招待所收拾行李，次日一早乘機返回昆明。[43]
梅貽琦風風火火地趕回昆明聯大，得知學生會已決定將罷課時間推遲兩天，盡管梅對找上門來的學生會代表“嚴予告誡，倘如此行動，尤屬不合，學校更難予同情”等，但僵持到3月4日，罷課風潮還是發生了。無可奈何的梅貽琦在當天日記中寫道：“今日聯大及昆市其他校學生罷課一日，以表示對於李案處置之不滿，此舉誠非全無理由，然亦隻能聽之，更望勿生其他事端耳。”[44]畢竟國民黨最高當局在此事處置上太不明智且有些過分，作為聯大最後一根支柱的梅貽琦自然不能跟著他們糊塗下去，在沒有更好的應對措施的情況下，對罷課風潮采取聽之任之的態度則不失為明智之舉。