李氏離開昆明到重慶後上躥下跳，喊冤叫屈，弄得蔣介石左右為難，遲遲不能對這位“有功於黨國”的“忠臣謀士”做出革職還是升遷的抉擇。而對於李氏的四處張揚與撇清，外界紛傳，但大多不以為然，個中態度，梅貽琦直接表示“便可不理”。而傅斯年在寫給夫人俞大綵的信中，更具有水泊梁山好漢風格地直呼“李宗黃該殺”！他明確表示“昆明學潮之起源，校內情形複雜，固為一因，但當局措施荒謬，極為重要”。為此，傅斯年詳細地述說了當局的荒謬經過：
11月25日晚，學生有會，地方當局（關麟征、李宗黃、邱清泉）禁止，學生仍開，遂在校外大放槍炮，幸未傷人，次日罷課。學校當局一麵向地方當局抗議，一麵勸令學生複課。乃李宗黃（代主席）所組成之“聯合行動委員會”竟於12月1日派大隊人分五次打入聯大，兩次雲大。其中一次有人在師範學院放炸彈，死者四人，鋸去大腿者一人，還有一人可成殘廢，此外重輕傷十餘人，此等慘案有政治作用者豈有不充分利用之理？四個棺材一條腿，真奇貨可居，全昆明鬧得不亦樂乎。我就是在此情況下到昆明的（4日），我對於李宗黃等之憤慨不減他人。同時也希望學校能複常軌。我的辦法，真正敢作敢為，彼時大家洶洶，居然能做到不出新事件。到了11、12日，我本有可以結束之事，忽知其不易（以有黨派鼓動），隨又轉變一種辦法，即加壓力於學生也。此時梅亦返校，我們二人請辭職，教授決議，如學生不複課，即總辭職。有此壓力，有的上課。而學生會亦漸漸下台。我走時，此局已定，有尾巴，我不讚成再讓步，由梅料理，故我先走。大致說20日上課者約十分之一，24日上課者約十分之二，26日全上課。我於24日返渝。
總括說：
（1）地方當局荒謬絕倫，李宗黃該殺，邱清泉該殺（第五軍長），關麟征代人受過。
（2）學校內部有好些不成話之事，非當年之北大、清華可比矣。
（3）此次慘案，居然告一段落，太不容易。我所辦的，除若幹共黨及CC外，尚未有責備我者，而稱頌我者甚多。
（4）學校以後之善後，我實在辦不了啦。
我之辭職未準，但聯大一職必辭，決不再去昆明。梅月涵心中如何打算，我不能了了，他專聽潘光旦等人之話尤不可解，我豈能再代他受過。北大一職，可以不辭，靜待適之回國。本當早赴北平，偏偏這些事打岔，現在北平太冷了，等過了三九陽曆二月中旬再去，方妥。此時要開政治會議，回李莊也回不來，我本辭政治協商會議，而辭不掉。當然，此時回家休息，豈不太好！一切至今困頓，皆因兩念所誤，赴延安（有此協商會議）；為北大，公私交弊，言之可歎，寂寞由你想，你如去修道院，念念默然。我一輩子忙人的事，忙到如此地步也。
政治協商會議，國外的壓力甚大，或者可有若幹結果，否則必然一事無成，我在其中，其苦萬狀，參政會同人頗有罵參加此會者，我這幾年無一時……[40]
此時的傅斯年也隻是空發議論而已，滿腔憤慨很快成為泡沫隨風飄散，“該殺”的李宗黃不但沒有人頭落地，反而毫發未損且得以另謀高就。
1946年2月13日，《中央日報》發布消息，稱：“雲南省政府委員兼民政廳廳長李宗黃，另有任務，應免本兼各職，任命該省政府委員張邦翰兼民政廳長。”14日，再發消息，稱：“黨政考核委員秘書長沈鴻烈，前奉派赴北方視察，茲聞中央對沈氏將另畀任務，該會秘書長一職，已改派李宗黃接充，業於十一日國防最高委員會通過。”
報道既出，傅斯年或許已經明白，或許仍蒙在鼓裏，蔣介石迫於社會各界壓力，固然通過行政院免除了李氏在雲南的本兼各職，表麵上給予處罰，但實際上並不想太過於打擊像李宗黃這樣一批鐵杆忠黨分子的情緒。在前期許諾的雲南省主席已無法辦到，李氏本人也不可能再有所指望的情況下，蔣隻好退而求其次，通過國防最高委員會任命李為黨政工作考核委員會秘書長，以這種方式算是為李氏挽回了一點麵子。