14日下午5點，梅貽琦特約聞一多談話，想從側麵摸清“罷聯”與中共地下組織方麵的反應。二人交談後，梅對聞的言行頗為失望，當晚在日記中寫道：“一多實一理想革命家，其見解、言論可以煽動，未必切實際，難免為陰謀者利用耳。”[8]
15日晨，蔣介石侍從室幕僚唐縱奉命電話昆明梅貽琦問學潮情形，“如果不能如期複課，其不上課之學生一律開除，政府無解散學校之名，而貫徹處理學潮之決心”。[9]梅得電後不敢怠慢，迅速與常委會全體召集學生代表在清華辦事處談話，先由梅說明學校規定17日上課之緣由，及屆時不上課後果之嚴重。繼由傅斯年、馮友蘭、潘光旦、陳序經、周炳琳等名重一時的大牌教授發言，強調學生不僅應顧及為死難學生申冤，而且亦應為學校前途著想的道理。會後，耐不住來回拉鋸之痛苦的教育部次長朱經農離昆返渝彙報。
朱家驊為打消傅斯年的焦慮，防其一怒之下做出立即宣布“解散聯大”的下策，在聽完朱經農彙報後，於當日（15日）向傅斯年拍發電報，雲“李事照弟看法，早已不成問題，主席似亦深知其人此次事件，亦知其處理失當，言行不妥，唯因當時不能全昭真相”。但處理李宗黃之事“似不能於複課以前再有舉動”。同時強調，此“亦屬情理之常故”，隻要“能按期複課，此後問題均能順利解決，因其他重要各方亦如此看法，並都主張將來李應必去”。又，“此事已與月涵兄言之，日來觀察，更證明李去稍緩，無甚難處，兄可將此意暗示教授以解其憤”。[10]
然而，朱家驊的看法隻能是他自己隔衣撓癢、瞎子摸象般琢磨猜測得出的判斷，與蔣介石內心所想，還隔著一個雖有些幹癟但尚鮮活的肚皮，所謂人心隔肚皮是也。在政治鬥爭中，蔣畢竟比朱與傅等輩站得更高，看得更遠，視野更加博大宏闊。他清晰而明了地意識到，無論現在還是將來，在何時何地，共產黨才是他真正的心腹大患。遙想當年，在“九一八”沈陽事變爆發前的1931年8月22日，蔣介石在南昌發表講話，謂：“倘中國亡於帝國主義，我們還能當亡國奴，尚可苟延殘喘；若亡於共產黨，則縱肯為奴隸亦不可得。”[11]蔣處理國內一切紛爭的基本立場，從來都是以是否有礙於其統治權威作為衡量的標準。昆明學潮爆發，他斷定肯定是共產黨陰謀所致，因而在處理李宗黃問題上，除了私人交情與當初的許諾，還有一個不便向外人道的隱秘情結，那就是絕不能讓共產黨撈到便宜。
於是，12月15日下午，蔣介石電諭朱家驊，聲稱“此次昆明學潮情形複雜”，責令西南聯大和雲南大學將“其中主謀及領導分子希速查明具報為要”。[12]在國民黨中樞混跡多年的朱家驊自然掂得出這個電諭的分量，遂立即將此電轉發西南聯大和雲南大學，待弄清基本情況後，於當夜電複蔣介石，報告說：“學潮主謀及領導分子，聞各校教授中態度激烈者為聯大教授聞一多、潘光旦、吳晗及雲大教授潘大逵、尚健庵、楚圖南等，整個首要分子名單，已電令各校當局密查具報，除俟查明立即呈報外，謹先電陳。”[13]
就在聯大主持者與教授們慌亂之時，突然又接雲南省政府主席盧漢派人轉來的蔣介石給傅斯年的電報，電文稱：“亥文電誦悉，昆明學潮賴協力疏導漸趨好轉，良以為慰。中在平無時不以學生為念，至盼本既定方針加倍努力，務求如期複課，中正亥。”這封電報表明，對於此次學潮，蔣介石也是顧慮重重，搖擺不定，目前采取軟硬兼施的策略，並不想把事情做絕。傅斯年與梅貽琦等稍感寬慰的同時心中也更有了一點底，對學潮處理亦提高了信心。
就在重慶與昆明之間密電頻傳過程中，遠在延安窯洞的毛澤東，於12月15日為中共中央起草的黨內指示《一九四六年解放區工作的方針》明確指出：“目前我黨一方麵堅持解放區自治自衛立場，堅決反對國民黨的進攻，鞏固解放區人民已得的果實；一方麵，援助國民黨區域正在發展的民主運動（以昆明罷課為標誌），使反動派陷於孤立，使我黨獲得廣大的同盟者，擴大在我黨影響下的民族民主統一戰線。”[14]自此，中共中央南方局對昆明學潮地下組織者和領導者加強了聯係與指導。