所謂日有所思，夜有所夢，蔣夢麟此說並不虛妄，當是苦思焦慮的結果。此時的西南聯大已今非昔比，黨派滲透，各種政治勢力介入，使原本較為平靜的校園變得風起浪湧，波詭雲譎，不知什麼時候就將發生奪魂索命的血腥事件。而這個時候，蔣氏對西南聯大那些所謂的左派文人如聞一多、吳晗等輩的囂張氣焰，頗看不順眼，深感西南聯大在聞、吳等“另類”人物的暗中操縱下，已卷於黨派政治鬥爭的急流旋渦而不能自拔，血腥之氣已在整個聯大校舍彌漫飄蕩。麵對這一險象環生、處境難料的艱危情勢，蔣夢麟感到自己桑榆已晚，寒秋將至，再也無力與之抗衡和周旋了，對聯大局麵逐漸失去信心，最終產生了對傅斯年所說“聯大局麵之下無辦法，一切待將來”的頹廢之想，以及“北大沒有希望”等消極心理。在這一悲觀、頹唐的心理作用下，蔣氏開始為自己的前程打算，並考慮脫身之計。因了這諸多方麵的緣由，便有了傅斯年給胡適信中所言，蔣與北大教授之間的感情越來越“不算融洽”了。
除了以上的緣由和心理動機，還有一點令蔣夢麟心裏感到恐懼的是，時逢亂世，若遇到一個善良寬厚的明主，知識分子們尚可苟延殘喘，甚或人五人六地生存下去。而一旦遇到焚書坑儒的秦始皇帝，或比秦始皇帝還要惡劣霸道的新主子，那就不是一場“知識分子改造運動”可以了結的了。稍有不慎，即身陷囹圄，甚至遭遇滅門之災。在這曆史動蕩的轉折點上，寧肯做一個無聊的政府幕僚或幫閑，也比做一個朝不保夕、奔波忙碌的“丐幫”幫主要平穩安全得多。此次入主宋子文幕府，說不定通過宋氏家族的斡旋，還可以順梯登天摘月，撈取更大的高官厚祿，以便獲得在童年時代心向往之的家鄉那位學台“封藏在箱子裏麵的神秘禮物”。——正是懷揣這樣一個輝煌的夢想，蔣夢麟才不顧北大同人和士林好友們的竭力勸阻，甘願在宋氏小朝廷效犬馬之勞而置聯大於不顧。至於西南聯大解體之後北大何去何從，是有希望還是“無希望”，是死是活，已決心入主宋氏堂廟的蔣夢麟就顧不得許多了。
在學界一片惋惜、困惑甚至怨懟、斥責聲中，國民政府於同年8月免去蔣夢麟北京大學校長職。經蔣介石授意，政府欲任命有“大炮”之聲譽的傅斯年為北大校長，以維持局麵。